施州，隋朝为清江郡，后改称施州。明朝初年仍称施州。洪武十四年(1381)改置施州卫军民指挥使司，隶属湖广都司。施州卫军民指挥使司统领一个军民千户所，即大田；统领三个宣抚司，分别是施南、散毛、忠建；统领八个安抚司，分别是东乡五路、忠路、忠孝、金峒、龙潭、大旺、忠峒、高罗；统领七个长官司，分别称为摇把峒、上爱茶峒、下爱茶峒、剑南、木册、镇南、唐崖；统领五个蛮夷长官司，分别是镇远、隆奉、西评、东流、腊壁峒。还有一个容美宣抚司，也在施州境内，统领有四个长官司，它们分别是椒山玛瑙、五峰石宝、石梁下峒、水尽源的通塔平。
当初，明太祖称吴王时，是甲辰年(1364)六月，当时的湖广安定宣抚使向思明派遣长官硬彻律等人，带着元朝所授予的宣抚官印来见明太祖，请求太祖改授其他官衔。明太祖便命令在安定等地仍设置二个宣抚司，让向思明和他的弟弟向思胜充任。又在怀德设置军民宣抚司一名，让向大旺充任；设统军元帅二名，让南木、潘仲玉充当。在抽拦、不用、黄石三个峒，各设置长官一名，让没叶、大虫、硬彻律充当。在..坪峒设置元帅府一个，让向显祖掌管。在梅梓、麻寮二峒，各设置长官一名，让向思明、唐汉明充任。这些人都是新投降太祖的。丙午年(1366)二月，容美峒宣抚使田光宝派遣其弟田光受等人，携带元朝皇帝所授予的宣抚官印来见太祖。明太祖任命田光宝为四川行省参政，行使容美峒等地军民宣抚司的职责，并仍设置安抚元帅治理这些地方。同时，明太祖还在太平、台宜、麻寮等十个寨中设立长官司。
洪武四年(1371)，宣宁侯曹良臣带兵攻取桑植，容美峒元朝施南道的宣慰使覃大胜的弟弟覃大旺和副宣慰覃大兴、田光宝的儿子田答谷等人都来朝见，缴纳上元朝所授给的金虎符。明太祖命令施州宣慰司为从三品官，东乡等长官司为正六品官，其职权待遇属于流官。五年，忠建的元帅墨池派其儿子驴吾率其部下的溪峒元帅阿巨等人来归降，缴纳上元朝皇帝所授予的金虎符、银印、铜章和文告。明太祖下令设置忠建长官司和沿边溪峒长官司，任命墨池等人为长官。该年二月，容美峒宣抚田光宝又派其儿子田答谷来朝见皇帝。征南将军邓愈平定了散毛、柿溪、赤溪、安福等三十九峒，散毛宣慰司都元帅覃野旺缴纳了伪夏所授予的印信。
洪武十四年(1381)，江夏侯周德兴带兵征讨水尽源、通塔平、散毛各峒，设置了施州卫军民指挥使司。十五年，设置施南宣抚司，隶属于施州卫。十七年，散毛、沿边安抚司安抚覃野旺的儿子起剌来朝见皇帝，被任命为本司佥事。景川侯曹震向皇帝进言道“：散毛等峒的蛮族时常抢劫成为百姓的祸患，现已命令施州卫和施南宣抚覃大胜招抚他们。如果他们顽固不受招安，请求发兵讨伐他们。”
洪武二十二年(1389)，明太祖任命忠建宣抚田思进的儿子田忠孝代替其父亲的职务。此时的田思进年纪八十有余，乞求辞官，所以才有这项任命。第二年，凉国公蓝玉攻克散毛洞，活捉了剌惹长官覃大旺等一万多人，朝廷便设置了大田军民千户所，隶属于施州卫。因为蓝玉上奏给皇帝说散毛、镇南、大旺、施南等峒的蛮族人一会儿叛变一会儿又顺服没有常规，而黔江、施州卫的军队离这些地方又远，很难应急救援，散毛洞又与大水田相连，应该在这些地方设置千户所来守卫，于是便改散毛为大田，任命千户石山等统领一千五百名土兵，在大田设置千户所镇守该地域。此时忠建、施南反叛的蛮族在龙孔结寨，蓝玉派遣指挥徐玉带兵攻打，活捉了宣抚覃大胜，其余的蛮族都撤退逃走。蓝玉又分兵搜捕他们，杀死俘获男女达一千八百多人。他们把覃大胜及其党徒八百二十人一起戴上桎梏解送到京城，在闹市中车裂了覃大胜，其余的人则发给他们一定的粮食衣服派他们去戍守开元。
永乐二年(1404)又设置散毛、施南二个长官司。在此之前，洪武初年，各土司长官凡投降明朝的，都授予原来的官职官衔。蛮族中的苗人吴面儿发难以后，各土司地区多遭荒废，土司长官也不再承袭了。至此，前土官的儿子覃友谅等人以招回蛮族百姓为由，请求仍然设置治所。因为其户口少，只好降级为长官司，隶属于大田军民千户所。任命覃友谅为散毛长官司长官，覃添富为施南长官司长官。
永乐四年(1406)，把施南、散毛仍改回宣抚司，这是因为覃友谅、覃添富来朝见皇帝的结果。任命田应虎为龙潭安抚。此时田应虎来朝见皇帝，说他的祖父从宋朝、元朝以来，都是安抚。自蛮族叛乱后，把他的地盘并入散毛，现在相隔太远很难治理，乞求皇上允许他仍回原地当安抚。皇上答应了他。此时高罗的安抚田大民说，他已招回蛮族百姓四百多户，乞求朝廷归还原职位的治所。木册长官田谷佐、唐崖长官覃忠孝，都说自己的祖先世代都是安抚，洪武年间明朝大军平定蜀地时，百姓都受惊逃散了，因而治所也就废了，现今田谷佐等人已招集了百姓三百多户，请求继承安抚的职位，皇帝答应了他们。五年，镇南长官覃兴等人来朝见皇帝，声称自己世代相传的官职，在洪武中年废止了，现今已招集到蛮族百姓三百户，乞求皇帝给还他的原职；五峰石宝长官张再武也来请求继承世代相袭的职位，皇上都答应了他们。与此同时，皇上又设置东乡五路安抚司，任命覃忠为安抚，隶属施南；设置石梁下峒、椒山玛瑙、水尽源通塔平三个长官司，任命向潮文、刘再贵、唐思文为三司的长官，隶属于容美。既而又设置忠路、忠孝、金峒三个安抚司，隶属于施州卫，分别以覃英、田大英、覃添贵为三司的安抚。这些都是因为洪武年间蛮族作乱，百姓逃散，治所废弛，现今覃忠等人以从前这些地方官员的儿子、侄子的身份来朝见皇上，上奏请求再设置原来的治所，皇上都同意了，并分别赏赐给他们印、章、冠和带。宣德二年(1427)设置剑南长官司，隶属于忠路安抚；摇把峒、上爱下爱二个茶峒的三个长官司和镇边、隆奉二个蛮夷官司，都隶属于东乡五路安抚；东流、腊壁峒二个蛮夷官司，隶属于散毛宣抚；石关峒长官司、西评蛮夷官司，隶属于金峒安抚。这些地方的长官都是由当地的酋长充任的。在此之前，忠路安抚司等分别上奏，说有元朝土官的子孙牟酋蛮等人，各率领蛮族百姓，长期占据溪峒，现今已接受明朝廷的招抚，请求在该地区设置官司，给这些人授职位。兵部把这些意见呈给皇帝审阅，皇帝认为驾驭统治蛮族人应当顺其性情，给他们授予官司，应有等级差别。兵部商议讨论后认为可在四百户以上的地方设置长官司，四百户以下的地方设置蛮夷官司。元朝土官的子孙各按其具体情况授以职衔，让他们听从所招官司的管辖。皇帝都答应了这些请求，命令这些土官子孙像以前那样三年来朝贡一次。九年，木册长官田谷佐上奏说：“高罗安抚常仗势欺人，侵夺我处的土地和人民。既然朝廷已将我们分开，让我们分别治理辖区，但他对我的宿怨不减，我害怕再遭到他的加害，因此乞求让我直接隶属于施州卫。”皇上同意了他的请求。
正统三年(1438)皇帝命今散毛宣抚覃友谅的儿子覃蠧试任散毛宣抚的职位。原先，覃友谅因犯罪被戴上桎梏押赴京城，途中逃跑后藏了起来，后来被官军捕获，死在监狱里。到此，散毛宣抚司认为覃友谅的儿子深受当地蛮族百姓的信任和服从，乞求允许他继承其父的职位。皇帝认为覃友谅罪孽深重，其职位应当革除，考虑到他是蛮族人的缘故就枉法布恩，命今覃蠧试任宣抚职位，观以后的效果如何再定夺。景泰二年(1451)，礼部给皇帝上奏说：“散毛宣抚司副使黄缙蠧谋杀亲兄，按法律应该斩首。黄缙蠧的妻子谭氏派儿子黄忠等来献贡马匹替黄缙蠧赎罪。但黄缙蠧的罪行严重，法不可恕，所以应当按马的价值给黄忠钱钞。”皇帝批准这个建议。天顺元年(1457)，容美宣抚田潮美年老有病，请求让其儿子田保富代理他的职务，皇帝同意了。五年，礼部给皇帝上奏说：“施州木册长官司的土舍谭文寿行为凶暴，并且编造违法的诽谤之言，其罪行应当受刑。现今他的母亲向氏进贡马匹替儿子赎罪，恐怕不能依从她。”皇帝命令给钱钞一百锭慰抚向氏，她的儿子则禁锢起来不准做官。
成化二年(1466)，摇把峒长官司的长官向麦答踵给皇帝上奏说“：邻近的诜罗峒长官，窥探到我们峒土兵奉调出征去了两广，村寨空虚，就煽动诱惑土蛮攻击抢劫我们峒，乞求调遣官军前来进剿治理。”五年，礼部上奏说：“容美宣抚司的田保富等人，派人向朝廷进贡的土产不够数，恐怕是使者中途偷盗了，应该停止给他们的奖赏，把这些情况交给他们所隶属的官司，让其知晓这件事。”施州等卫的八个安抚司也各给皇帝上奏，说五年到京城朝觐皇上时进献的马匹，已经交付给边防卫所的骑兵操练，而各卫所收到马匹的文书却一直不来，这里恐怕有虚诈行为，应该勘察核实具体情况后再给奖赏。皇帝都批准了这些要求。弘治二年(1489)，木册长官田贤和容美峒已辞官的田保富分别进献马匹，替土人谭敬保等人赎罪。刑部说“：蛮族人缴纳马匹来赎罪，罪轻的可以原谅，罪重的就难以宽恕，应该交下面的大臣去察看核实再行定夺。”八年，容美宣抚向朝廷进贡马匹和香，礼部认为他们的香不够数，进贡的马又多死在道路上，又没有文书验收，命令给他们一半的奖赏。弘治九年，金峒安抚覃彦龙上奏说：“我们金峒境内盛产杉木，曾卖得黄金三千贮存在库房里。现今我覃彦龙年纪老了，只有一个儿子，恐怕我死后土人要与他争夺，现乞求将这黄金解送给工部。”工部认为这不是贡品，不能接受，谢绝了。
正德四年(1509)，容美宣抚和椒山玛瑙长官司所派遣通事刘思朝等人赴京城向皇上进献贡品，一路上的驿传多有索取，被侦察探知后事发，自鲁桥以北共计被驿传索取一千多金。礼部大臣将此事报告给皇帝，皇帝认为他们是边远地区的蛮族人而宽恕了他们。散毛宣抚和五峰石宝、水尽源通塔平长官司向皇上献贡品拖延了日期，礼部讨论后认为可给他们一半的奖赏，皇帝同意了这个意见。九年皇帝任命大田千户所千户冉靈的儿子冉舜卿为指挥佥事，这是他向皇上自述讨伐四川盗贼的功劳的结果。十一年，容美宣抚田秀宠爱他的幼子，想把他的长子白俚俾赶走，让其幼子继承自己的职位。白俚俾对此怀恨在心，偷偷地杀死了其父亲和弟弟。事情传开后，下面镇守的巡察官验明事实后，对白俚俾处以磔刑，车裂而死。土官唐胜富、张世英等人为白俚俾上奏辩护，亦应当一同办罪。皇帝下诏书认为蛮族僚人与我们不是同类人，很难将他们全部绳之以法，因此可免除其连坐之罪，告诫他们以后再也不能这么做就算了。十五年，容美宣抚司同知田世瑛，上奏说他已获得一枚镇南军民府的古印，是南宋开禧皇帝在开禧二年(1206)颁发给他的始祖田始进的，因此请求将现在的宣抚司改升为军民府。礼部大臣讨论认为，设置宣抚司后，颁给的印章时间已很长，不应当变更了，而那枚古印应该上缴朝廷。皇上同意。
嘉靖七年(1528)，容美宣抚司、龙潭安抚司每次上朝进贡都率领千人随行，他们所经过的地方都受到扰害，凤阳巡抚唐龙把此事报告给了礼部。礼部认为按旧的制度，来进献贡物时随行的人不能超过一百，到京城来随行的人不能超过二十，命令有关官府重新申明这个制度。忠孝安抚司的把事田春带领几十个人声称自己去朝廷献贡物，一路上却伪造关文，骚扰驿传，应天巡抚将此事报告了兵部。兵部大臣讨论认为土司违反惯例来进献贡物，且对所经过的地方横加勒索，恐怕有其他意图，应该严禁他们这种行为。二十六年，腊壁峒等地的长官司来进献贡物，礼部检验他们的印章文书时发现有伪造现象，就下诏革除给他们的奖赏，并让下面的大臣调查核实此事。
嘉靖三十三年(1554)，皇帝下诏让湖广、四川、贵州的总督共同管理容美十四司的事务。原先，容美土官田世爵与土官向元楫世代有仇。向元楫年幼时，田世爵假装要与向元楫家讲和通好，便把女儿嫁给向元楫，实际上是阴谋侵夺向元楫的财产，因此便诬告向元楫是邪恶作伪之人。有关官府恐怕激起变乱，就让田世爵自己去捕捉向元楫，以死罪名义把向元楫投入监狱。田世爵便率兵攻打向元楫，把向氏家族的人全部俘获，把向氏家族的土地全部登记没收，并入自己的名下。时间一长，宣抚了解了他的阴谋，责令他与向元楫一起对质。田世爵不但不出来对质，还暗地里与罗峒的土舍黄中等人一起密谋反叛朝廷。这样湖广巡按御史周如斗就请求到荆南道去巡察施州卫，以便控制该地区，又要求征调守卫广西清浪的军队来充实这里的兵力。皇帝把这个上疏交给督臣冯岳等人去讨论。冯岳等人给皇帝说“：施州地处偏僻孤悬，不能长期在那儿驻扎军队，况且守卫的军队也不是一时间就能集中的，因此应当把荆瞿守备移到施州，把九溪、永州两地的守备移到九溪，在上荆南道配备巡察官。至于田世爵骄横一世，官府已经无法驾驭约束他，单单把向元楫关在牢里有什么用？我们认为应该假借督臣的权威来控制容美宣抚司的权力，向田世爵问抗拒官府的罪行，如果他还不悔改，就把他绳之以法。”皇帝同意这个建议。
此时，龙潭安抚黄俊素来贪婪凶暴，占据支罗峒寨，常因小怨小忿就杀人，所以获罪被投入监狱。这时正好碰上白草番造反，黄俊的儿子黄中请求去立功为父亲赦免罪行，之后又请求自己当副指挥，贿赂主管此事的官员答应此事。黄俊出狱后更加骄横，与黄中和群盗李仲实等人一起在四川的云阳、奉节之间横行霸道。副使熊逵等人用计擒获了黄俊和李仲实。黄俊死在狱中，黄中自己把自己绑起来出来投降，并把自己的余党谭景雷等人也绑起来交给官军，为自己赎罪。皇帝命令追戮黄俊的尸体，把他的脑袋割下来示众；把李仲实等人处以斩刑；把黄中贬谪到边关去搞守卫；奖赏有功人员。嘉靖三十五年(1556)，因田九霄在浙江黄宗山抗击倭寇有功，皇上任命他继承容美宣抚的职位，赐给他红..衣一袭。
隆庆元年(1567)，吏科给事中朱绘等人上奏说，湖广施州卫的忠路安抚覃大宁一天上奏五次，言语多与事实不符，请求皇上追究他的责任；都察院也有意见，说金峒安抚土舍覃璧与人争印而相互仇杀，以及磁峒不应当归四川管辖等。皇帝全把这些情况交给抚按官去勘察后再上报。四年，覃璧叛乱，打伤了官军，抚按官请皇帝追究失事的各位大臣的罪行。兵部上奏说“：本施州卫孤零零地处在境外，覃璧作乱的事发生得又很仓猝，所以应该从宽赦免他们，让他们在以后建功。”皇帝同意，命令有关官府相机进剿或招抚叛乱的人。五年，巡抚刘悫在平定了覃璧的叛乱后，向皇上陈述了五条建议“：一、请求把川东所管辖的巫山、建始、黔江、万县改为隶属于上荆道。二、荆州离施州卫太远，不便于巡察。在夷陵西面有傅友德攻打蜀地时所开辟的旧路，名叫百里荒，离施州卫只有五百多里。请求让巴东的石石主承担巡检的职责，把施州卫的州门驿、三会驿一起转移到近的地方，以便百姓之可以相互联络。在百里荒和东卜垅仍然创建哨堡，命令一员千户，监督一百班军守卫该地方。三、施州卫地域广阔，物产最为丰富，卫官大肆剥削，致使百姓逃跑，发生叛乱。应该裁减通判设置同知，让他们招抚治理汉民和蛮族人，使当地的徭役、赋税均平合理，不再额外横加索取。四、金峒世代相传的官位不应该让其突然断绝，宽免覃胜的罪行，把他从安抚降为峒长，让他听从支罗所百户的调迁。五、施州所管辖的十四个司，应当继承官舍的，一定要先向道院讲明，才能处理事务。如有人擅自立名号，请求严厉治罪，同时请求皇上命令巡道的军队每年都从施州经过。在军队经过时，预先调集各官舍进行奖赏，再让他们去看军队巡道，以便他们看后受感化。”皇上都同意了他的意见。
万历十一年(1583)，湖广抚按给皇帝上奏：“施州卫的施南等宣抚司各官，仍然听从镇..参将的节制，希望皇上把这个写进敕书里，以便统一处理事务的权限。”皇帝同意。
崇祯十二年(1639)，容美宣抚田元上疏说“：六月间，谷地的盗贼又发生叛乱，巡抚和长官两位大臣要征调土兵。我立即捐献粮食和战马，派遣土兵七千人，让副长官陈一圣等带着去报到。邓维昌等人害怕征调，就与谭正宾勾结七十二村寨，聚集了白银一万七千两，贿赂巴东知县蔡文升，让他以我们是被逼从军的文书上报朝廷。这是阻塞忠义，开启边境事端的行为。”皇帝命令抚按官去核实其事。此时，中原地区也是寇盗充斥，时事一天不如一天，即使征调他们，他们也不来，朝廷也没有能力去追究他们的罪责了。