陈奇瑜，字玉铉，保德州人。万历四十四年(1616)进士。初任洛阳知县。天启二年(1622)升任礼科给事中。杨涟弹劾魏忠贤时，奇瑜也曾上书猛烈抨击忠贤。六年春，奇瑜由户科左给事中出任陕西副使，又升为右参政，负责守护南阳。
崇祯元年(1628)，奇瑜升为按察使，不久先后担任陕西左、右布政使。五年，升为右佥都御史，接替张福臻巡抚延绥。当时大盗神一魁、不沾泥等已被诛除，可是他们的余党还很多，当地年景不好，饥荒严重，很多百姓跟随了贼兵。第二年五月，奇瑜上书极力诉说了..州、延安到镇城千里之间饥荒、盗贼的严重情况，庄烈帝下诏免除了延安、庆阳地区的田租。奇瑜于是派遣副将卢文善讨伐、斩杀了截山虎、柳盗跖、金翅鹏等人。不久，他又派遣游击常怀德杀了薛仁贵，参政戴君恩斩了一条龙、金刚钻、开山鹞、黑煞神、人中虎、五阎王、马上飞，都司贺思贤斩了王登槐，巡检罗圣楚斩了马红狼、满天飞，参政张伯鲸斩了满鹅，活捉了黄参耀、隔沟飞，守备阎士衡斩了张聪、樊登科、樊计荣、一块铁、青背狼、穿山甲、老将军、二将军、满天星、上山虎，把总白士祥斩了扫地虎，守备郭金城斩了扒地虎、括天飞，守备郭太斩了跳山虎、新来将、就地滚、小黄莺、房日兔，游击罗世勋斩了贾总管、逼上天、小红旗，其他将领斩了草上飞、一只虎、一翅飞、云里手、四天王、薛红旗、独尾狼，各路贼首基本上斩尽了。奇瑜于是上书说：“流贼作乱，根源在于年成不佳，饥荒逼人，形成于首恶的煽动、诱惑，以至于两府三路都成了强盗窝。现在我们没有损失一个士兵，也没有拉断一根弓弦，捉斩了一百七十多个贼头及其党羽一千多人。头目除掉，余党自然就会散去。过去那些斩木揭竿起来暴乱的，现在就要背着锄头犁耙种地去了。”庄烈帝嘉奖了他，让他开列有功将士的名单报上去。
延绥的群贼大多解体了，只有钻天哨、开山斧占据永宁关。永宁在镇城东部，前面有山阻隔，下面濒临黄河，几年都打它不下。奇瑜认为这个地方不能靠硬拼攻取，就暗中挑选精锐士兵，扬言接到了总制的檄文要出兵远征，命令贺人龙率领他们向西，自己殿后，直抵延川，然后策马向东，喊道：“朝着我指的方向，前进！”悄悄地飞奔进山。贼兵没有料到官军到来，惊慌而逃。官军烧了他们的老窝，斩获一千六百多首级，两位贼首都被杀死。后来又派兵进攻，杀掉了金翅鹏、一座城，斩获五百五十个首级。延水流域的群贼这才全部剿灭了，奇瑜的声名顿起，威震关、陕。此后群贼都集中到了山西。流窜到黄河北部、畿南地区来。冬天冰很厚，贼寇从渑池渡过黄河，践踏了河南、湖广，又进一步窥视四川。
第二年，朝廷讨论认为各镇、巡抚事权不一，应设置一名大臣统管，大多数人推荐了洪承畴。因为承畴正督管三边军务，不能替换下来，于是朝廷提升奇瑜为兵部右侍郎兼右佥都御史，总督陕西、山西、河南、湖广、四川军务，专门惩办流贼。奇瑜传令各地将领会师陕州。在这之前，老回回、过天星、满天星、闯塌天、混世王五大营贼兵从湖北进入四川，打下了夔州，为险要地势所阻挡，又返回湖北，兵分三路：一路进犯均州，开往河南；一路进犯郧阳，开往淅川；一路进犯金漆坪，渡过黄河后进犯商南。奇瑜于是骑马到均州，传令四位巡抚联合讨伐。陕西的练国事驻军商南，遏止他们向西北去。郧阳的卢象升驻军房县、竹山，遏止他们西逃。河南的元默驻扎在卢氏，阻止他们逃往东北。湖广的唐晖驻军南漳，阻止他们逃向东南。奇瑜然后同象升一起率领将士从竹奚谷到达平利的乌林关，途中十多次作战，斩获贼兵首级一千七百多。过了七天，在乜家沟大败贼军，斩获一千零八十多首级。总兵邓王己功劳最大。过后，又在竹奚谷设下埋伏，连续开战，斩获三百多首级。到狮子山，斩获七百二十多首级。其他将领杨化麟、杨世恩、周任凤、杨正芳等分路追杀贼兵，抓住了贼首闯王、翻山虎等人。
奇瑜上书说：“湖北境内多次告捷，一时大的盗贼几乎削平了，那些逃窜到深山中去的，我带领乡兵引路把每个山洞都搜到，湖北慢慢就会得到平静的地面了。”庄烈帝嘉奖并慰劳了他。奇瑜于是率领副将刘迁等人搜索竹奚谷、平利的残余骑兵，追到五狼河，抓住贼首十二个人。派参将贺人龙等追击了八天八夜到达紫阳，贼兵死去的人数多达一万以上。
在此之前，贼兵进入四川，又从四川进入陕西，从阳平关奔向巩昌，承畴在秦州抵御，贼兵于是渡过两当，突袭占领了凤县，然后分兵两路：一路向汉中，抄小路进犯城固、洋县；一路由凤县奔向宝鸡、..阳。这时在平利、洵阳间的贼兵有数万人，从四川进入西乡的有二三万人。进犯城固、洋县的贼兵又向东攻占了石泉、汉阴，会集在汉中、兴安，窥视商州和雒南。这个时候，奇瑜因为湖广的贼寇剿平了，就击鼓向西进军，认为剩下的贼兵不值一剿。派游击唐通防守汉中，保护藩王；派参将贺人龙、刘迁、夏镐扼守略阳、沔县，防止贼兵西逃；派遣副将杨正芳、余世任扼守襄城，防止贼兵北逃；奇瑜自己率领副将杨化麟、柳国镇等驻扎在洋县，防止贼兵东逃；又发布檄文给练国事、卢象升、元默，要求他们分别把守要害地带，截击敌人逃窜。
贼寇见官军四面会集，十分害怕，全部逃进了兴安的车厢峡，李自成、张献忠等大头目都在里边。车厢峡四面山石陡峭，中间长达四十里，易进难出。贼兵误入其中，山上的居民扔下石头打击他们，有的扔下火把，山口垒起了石寨，切断了他们的通路。又下了二十天大雨，弓箭都丢失了，马没有草吃，死去的人数超过了一半。这个时候只要官军逼上去，可以全部歼灭他们。自成等看到形势逼迫，采用了他的同伙顾君恩的诡计，用重宝贿赂了奇瑜身边的人以及各位将领，假装求降。奇瑜没有深思，就同意了，先后收编了三万六千多贼兵，全部加以慰劳，然后遣送回乡务农。平均每一百人派一个安抚官护送，发布檄文要求所经过的州县拿出粮草供应他们，递接遣送他们还乡，各地将领不得拦截，以免破坏招安的事情。这些贼兵没有遭受大的损伤，投降并非真的，走过栈道后就不接受管制了，把五十多个安抚官杀了个净，然后攻占州县，关中一带又大为震动。
奇瑜后悔自己失策，就把罪名推到别人身上以求卸责。贼兵刚刚反叛时来到凤翔，哄骗驻军打开城门，守城的士兵知道他们是在诈骗，就骗说用绳索拉他们上去，杀死了先上去的三十六个人，其余的贼寇一哄而走了。他们进犯宝鸡，也被知县李嘉彦挫败。奇瑜就弹劾嘉彦及凤翔乡官孙鹏等破坏了招安的事局，抚按官也对招安怀有二心。庄烈帝恼了，严厉批评了抚按官，逮捕了嘉彦、孙鹏及士绅、百姓五十多人。奇瑜又请求朝廷传令陕西、郧阳、湖广、河南、山西的五位巡抚各自把守要害地带，有失守的就治他们的罪，试图以此来为自己分担过失。后来他又委罪于练国事，国事也被逮捕入狱。给事中顾国宝弹劾奇瑜贻误封疆大事，庄烈帝下诏让奇瑜解除官职，等候调查。御史傅永淳又弹劾奇瑜解陇州之围时虚报了斩敌人数，庄烈帝就下诏把奇瑜除了名，让锦衣官把他逮捕，加以审讯。九年六月，奇瑜被贬，充军边疆去了。
当初奇瑜在南阳做官时，唐王杀了他的长子，并且想一同废除其长子的儿子聿键。靠了奇瑜的帮助，长孙的地位才得以保住，后来聿键在福建自立为帝，想召奇瑜去做东阁大学士，因为道路遥远，奇瑜没有收到任命令，死在了家里。