樊毅字智烈，南阳湖阳人。其祖父樊方兴，梁散骑常侍、仁威将军、司州刺史、鱼复县侯。父亲樊文炽，梁散骑常侍、信武将军、益州刺史、新蔡县侯。樊毅出自将门，少习武善射。侯景之乱，樊毅率家兵随叔父樊文皎援台城。文皎于青溪阵亡，樊毅带宗族子弟赴江陵，归属王僧辩，征讨河东王萧誉，因功授职为假节、威戎将军、右中郎将。樊毅代兄樊俊任梁兴太守，领三州游军，随宜丰侯萧循征讨陆陈书纳于湘州。军驻扎巴陵，还未安营扎寨，陆纳潜军夜袭，营内叫嚷不安，将士们惊恐不已，樊毅只与左右数十人，于营门前奋力拼杀，斩十多首级，接着击鼓传命，军心才定。因功授职为持节、通直散骑常侍、贞威将军，封为夷道县伯，食邑三百户。不久任天门太守，晋爵为侯，增加食邑到一千户。西魏围攻江陵后，樊毅率兵赴援，江陵陷落后，被岳阳王拘捕，不久逃回。
高祖受禅，樊毅与弟樊猛起兵响应王琳，王琳败后投奔北齐，太尉侯王真遣使招毅，樊毅率子弟和部下回朝。天嘉二年(561)，授任通直散骑常侍，接着随侯王真进讨巴、湘，累迁至武州刺史。太建初年，转任丰州刺史，封为高昌县侯，食邑一千户。入京任左卫将军。五年众军北伐，樊毅率部攻打广陵楚子城，攻下，又击退北齐军于颍口，北齐军援助沧陵，再攻克。七年攻下潼州、下邳、高栅等大城。到了吕梁兵败，诏令以樊毅为大都督，晋号平北将军，率部渡过淮水，正对着清口筑城垒，与北周人相持，雨下了很久，城垒被浸坏，樊毅全军回朝。不久迁任中领军。十一年北周将领梁士彦带兵围攻寿阳，诏令以樊毅为都督北讨前军事，率水军进至焦湖。不久授职为镇西将军、都督荆郢巴武四州水陆诸军事。十二年晋督沔、汉诸军事，因公事免职。十三年征辟授职为中护军。不久迁任护军将军、荆州刺史。
后主即位，晋号征西将军，改封为逍遥郡公，食邑三千户，其他不变。入京任侍中、护军将军，到了隋兵渡江，樊毅对仆射袁宪说：“京口、采石，都为要冲，各需精兵数千，战船二百，战船都到江中，水陆共同防卫。假如不这样，大势已去了。”诸将都赞同他的建议。施文庆等人隐瞒隋兵消息，樊毅的计策未能实施。京城陷落，樊毅随旧例入关，不久离世。