高祖武皇帝諱裕，字德輿，小名寄奴，彭城縣綏里人，漢高帝弟楚元王交之後也。交生紅懿侯富，富生宗正辟彊，辟彊生陽城繆侯德，德生陽城節侯安民，安民生陽城釐侯慶忌，慶忌生陽城肅侯岑，岑生宗正平，平生東武城令某，某生東萊太守景，景生明經洽，洽生愽士弘，弘生瑯邪都尉悝，悝生魏定襄太守某，某生邪城令亮，亮生晉北平太守膺，膺生相國掾熈，熈生開封令旭孫。旭孫生混，始過江，居晉陵郡丹徒縣之京口里，官至武原令。混生東安太守靖，靖生郡功曹翹，是為皇考。高祖以晉哀帝興寧元年歲次癸亥三月壬寅夜生。及長，身長七尺六寸，風骨奇特。家貧，有大志，不治廉隅。事繼母以孝謹稱。
初為冠軍孫無終司馬。安帝隆安三年十一月，妖賊孫恩作亂於會稽，晉朝衞將軍謝琰、前將軍劉牢之東討。牢之請高祖參府軍事。十二月，牢之至吳，而賊緣道屯結，牢之命高祖與數十人覘賊逺近。會遇賊至，衆數千人，高祖便進與戰。所將人多死，而戰意方厲，手奮長刀，所殺傷甚衆。牢之子敬宣疑高祖淹乆，恐為賊所困，乃輕騎尋之。既而衆騎竝至，賊乃奔退，斬獲千餘人，推鋒而進，平山陰，恩遁還入海。
四年五月，恩復入會稽，殺衞將軍謝琰。十一月，劉牢之復率衆東征，恩退走。牢之屯上虞，使高祖戍句章城。句章城既卑小，戰士不盈數百人，高祖常被堅執銳，為士卒先，每戰輒摧鋒陷陣，賊乃退還浹口。于時東伐諸帥，御軍無律，士卒暴掠，甚為百姓所苦。唯高祖法令明整，所至莫不親賴焉。
五年春，孫恩頻攻句章，高祖屢摧破之，恩復走入海。三月，恩北出海鹽，高祖追而翼之，築城于海鹽故治。賊日來攻城，城內兵力甚弱，高祖乃選敢死之士數百人，咸脫甲冑，執短兵，竝鼓噪而出，賊震懼奪氣，因其懼而奔之，竝棄甲散走，斬其大帥姚盛。雖連戰剋勝，然衆寡不敵，高祖獨深慮之。一夜，偃旗匿衆，若已遁者。明晨開門，使羸疾數人登城。賊遙問劉裕所在。曰：「夜已走矣。」賊信之，乃率衆大上。高祖乘其懈怠，奮擊，大破之。恩知城不可下，乃進向滬瀆。高祖復棄城追之。海鹽令鮑陋遣子嗣之以吳兵一千，請為前驅。高祖曰：「賊兵甚精，吳人不習戰，若前驅失利，必敗我軍。可在後為聲援。」不從。是夜，高祖多設伏兵，兼置旗鼔，然一處不過數人。明日，賊率衆萬餘迎戰。前驅既交，諸伏皆出，舉旗鳴鼔。賊謂四靣有軍，乃退。嗣之追奔，為賊所沒。高祖且戰且退，賊盛，所領死傷且盡。高祖慮不免，至向伏兵處，乃止，令左右脫取死人衣。賊謂當走反停，疑猶有伏。高祖因呼更戰，氣色甚猛，賊衆以為然，乃引軍去。高祖徐歸，然後散兵稍集。五月，孫恩破滬瀆，殺吳國內史袁山松，死者四千人。是月，高祖復破賊於婁縣。
六月，恩乘勝浮海，奄至丹徒，戰士十餘萬。劉牢之猶屯山陰，京邑震動。高祖倍道兼行，與賊俱至。于時衆力既寡，加以步逺疲勞，而丹徒守軍莫有鬬志。恩率衆數萬，鼔噪登䔉山，居民皆荷擔而立。高祖率所領奔擊，大破之，投巘赴水死者甚衆。恩以鼓排
音敗自載，僅得還船。雖被摧破，猶恃其衆力，徑向京師。樓船高大，值風不得進，旬日乃至白石。尋知劉牢之已還，朝廷有備，遂走向鬱洲。八月，以高祖為建武將軍、下邳太守，領水軍追罰至鬱洲，復大破恩。恩南走。十一月，高祖追恩於滬瀆，及海鹽，又破之。三戰竝大獲，俘馘以萬數。恩自是饑饉疾疫，死者太半，自浹口奔臨海。
元興元年正月，驃騎將軍司馬元顯西伐荊州刺史桓玄，玄亦率荊楚大衆，下討元顯。元顯遣鎮北將軍劉牢之拒之，高祖參其軍事。次溧洲。玄至，高祖請擊之，不許，將遣子敬宣詣玄請和。高祖與牢之甥東海何無忌竝固請，不從。遂遣敬宣詣玄。玄剋京邑，殺元顯，以牢之為會稽內史。懼而告高祖曰：「便奪我兵，禍其至矣。今當北就高雅於廣陵舉事，卿能從我去乎？」荅曰：「將軍以勁卒數萬，望風降服。彼新得志，威震天下。三軍人情，都已去矣，廣陵豈可得至邪！裕當反服還京口耳。」牢之叛走，自縊死。何無忌謂高祖曰：「我將何之？」高祖曰：「鎮北去必不免，卿可隨我還京口。桓玄必能守節北面，我當與卿事之；不然，與卿圖之。今方是玄矯情任筭之日，必將用我輩也。」桓玄從兄脩以撫軍鎮丹徒，以高祖為中兵參軍，軍郡如故。
孫恩自奔敗之後，徒旅漸散，懼生見獲，乃於臨海投水死。餘衆推恩妹夫盧循為主。桓玄欲且緝寧東土，以循為永嘉太守。循雖受命，而寇暴不已。五月，玄復遣高祖東征。時循自臨海入東陽。二年正月，玄復遣高祖破循於東陽。循奔永嘉，復追破之，斬其大帥張士道，追討至于晉安，循浮海南走。六月，加高祖彭城內史。
桓玄為楚王，將謀篡盜。玄從兄衞將軍謙屏人問高祖曰：「楚王勳德隆重，四海歸懷。朝廷之情，咸謂宜有揖讓，卿意以為何如？」高祖既志欲圖玄，乃遜辭荅曰：「楚王，宣武之子，勳德蓋世。晉室微弱，民望乆移，乘運禪代，有何不可。」謙喜曰：「卿謂可爾，便當是真可爾。」十二月，桓玄篡帝位，遷天子於尋陽。桓脩入朝，高祖從至京邑。玄見高祖，謂司徒王謐曰：「昨見劉裕，風骨不恒，蓋人傑也。」每遊集，輒引接慇懃，贈賜甚厚。高祖愈惡之。或說玄曰：「劉裕龍行虎步，視瞻不凡，恐不為人下，宜蚤為其所。」玄曰：「我方欲平蕩中原，非劉裕莫可付以大事。關、隴平定，然後當別議之耳。」玄乃下詔曰：「劉裕以寡制衆，屢摧妖鋒。汎海窮追，十殄其八。諸將力戰，多被重創。自元帥以下至于將士，竝宐論賞，以叙勳烈。」
先是，高祖東征盧循，何無忌隨至山陰，勸於會稽舉義。高祖以為玄未據極位，且會稽遙逺，事濟為難，俟其篡逆事箸，徐於京口圖之，不憂不剋。至是桓脩還京，高祖託以金創疾動，不堪步從，乃與無忌同船共還，建興復之計。於是與弟道規、沛郡劉毅、平昌孟昶、任城魏詠之、高平檀憑之、琅邪諸葛長民、太原王元德、隴西辛扈興、東莞童厚之，竝同義謀。時桓脩弟弘為征虜將軍、青州刺史，鎮廣陵。道規為弘中兵參軍，昶為州主簿。乃令毅潛往就昶，聚徒於江北，謀起兵殺弘。長民為豫州刺史刁逵左軍府參軍，謀據歷陽相應。元德、厚之謀於京邑聚衆攻玄，竝剋期齊發。
三年二月己丑朔，乙卯，高祖託以遊獵，與無忌等收集義徒，凡同謀：何無忌、魏詠之、詠之弟欣之、順之、檀憑之、憑之從子韶、弟祗、隆與叔道濟、道濟從兄範之、高祖弟道憐、劉毅、毅從弟藩、孟昶、昶族弟懷玉、河內向彌、管義之、陳留周安穆、臨淮劉蔚、從弟珪之、東莞臧熹、從弟寶符、從子穆生、童茂宗、陳郡周道民、漁陽田演、譙國范清等二十七人；願從者百餘人。丙辰，詰旦，城開，無忌服傳詔服，稱詔居前。義衆馳入，齊聲大呼，吏士驚散，莫敢動，即斬脩以徇。高祖哭甚慟，厚加殯斂。孟昶勸弘其日出獵。未明開門，出獵人，昶、道規、毅等率壯士五六十人因開門直入。弘方噉粥，即斬之，因收衆濟江。
義軍初剋京城，脩司馬刁弘率文武佐吏來赴。高祖登城謂之曰：「郭江州已奉乘輿反正於尋陽，我等竝被密詔，誅除逆黨，同會今日。賊玄之首，已當梟於大航矣。諸君非大晉之臣乎？今來欲何為？」弘等信之，收衆而退。毅既至，高祖命誅弘。
毅兄邁先在京師，事未發數日，高祖遣同謀周安穆報之，使為內應。邁外雖酬許，內甚震懼。安穆見其惶駭，慮事必泄，乃馳歸。時玄以邁為竟陵太守，邁不知所為，便下船欲之郡。是夜，玄與邁書曰：「北府人情云何？卿近見劉裕何所道？」邁謂玄已知其謀，晨起白之。玄驚懼，封邁為重安侯；既而嫌邁不執安穆，使得逃去，乃殺之。誅元德、扈興、厚之等。召桓謙、卞範之等謀拒高祖。謙等曰：「亟遣兵擊之。」玄曰：「不然。彼兵速銳，計出萬死。若行遣水軍，不足相抗，如有蹉跌，則彼氣成，而吾事敗矣。不如屯大衆於覆舟山以待之。彼空行二百里，無所措手，銳氣已挫，既至，忽見大軍，必驚懼駭愕。我案兵堅陣，勿與交鋒，彼求戰不得，自然散走。此計之上也。」謙等固請，乃遣頓丘太守吳甫之、右衞將軍皇甫敷北拒義軍。
玄自聞軍起，憂懼無復為計。或曰：「劉裕等衆力甚弱，豈辦之有成，陛下何慮之甚。」玄曰：「劉裕足為一世之雄；劉毅家無擔石之儲，摴蒲一擲百萬；何無忌，劉牢之甥，酷似其舅。共舉大事，何謂無成。」
衆推高祖為盟主，移檄京邑，曰：
夫治亂相因，理不常泰，狡焉肆虐，或值聖明。自我大晉，陽九屢構，隆安以來，難結皇室，忠臣碎於虎口，貞良弊於豺狼。逆臣桓玄，陵虐人鬼，阻兵荊郢，肆暴都邑。天未亡難，凶力繁興，踰年之間，遂傾皇祚。主上播越，流幸非所，神器沉淪，七廟毀墜。夏后之罹浞、豷，有漢之遭莽、卓，方之於玄，未足為喻。自玄纂逆，于今歷年，亢旱彌時，民無生氣。加以士庶疲於轉輸，文武困於造築，父子乖離，室家分散，豈唯大東有杼軸之悲，摽梅有傾筐之塈而已哉。仰觀天文，俯察人事，此而能乆，孰有可亡。凡在有心，誰不扼腕。裕等所以叩心泣血，不遑啟處者也。是故夕寐宵興，援獎忠烈，潛搆崎嶇，險過履虎。輔國將軍劉毅、廣武將軍何無忌、鎮北主簿孟昶、兖州主簿魏詠之、寧逺將軍劉道規、龍驤將軍劉藩、振威將軍檀憑之等，忠烈斷金，精貫白日，荷戈奮袂，志在畢命。益州刺史毛璩，萬里齊契，掃定荊楚。江州刺史郭昶之，奉迎主上，宮于尋陽。鎮北參軍王元德等，竝率部曲，保據石頭。揚武將軍諸葛長民，收集義士，已據歷陽。征虜參軍庾賾之等，潛相連結，以為內應。同力恊規，所在蜂起，即日斬偽徐州刺史安城王脩、青州刺史弘首。義衆既集，文武爭先，咸謂不有一統，則事無以輯。裕辭不獲已，遂揔軍要。庶上憑祖宗之靈，下罄義夫之力，剪馘逋逆，蕩清京輦。
公侯諸君，或世樹忠貞，或身荷爵寵，而竝俛眉猾竪，自効莫由，顧瞻周道，寧不弔乎！今日之舉，良其會也。裕以虛薄，才非古人，勢接於已踐之機，受任於既頹之運。丹誠未宣，感慨憤躍，望霄漢以永懷，眄山川以增厲。授檄之日，神馳賊廷。
以孟昶為長史，揔攝後事；檀憑之為司馬。百姓願從者千餘人。
三月戊午朔，遇吳甫之於江乘。甫之，玄驍將也，其兵甚銳。高祖躬執長刀，大呼以衝之，衆皆披靡，即斬甫之。進至羅落橋，皇甫敷率數千人逆戰。寧逺將軍檀憑之與高祖各御一隊，憑之戰敗，見殺，其衆退散。高祖進戰彌厲，前後奮擊，應時摧破，即斬敷首。初，高祖與何無忌等共建大謀，有善相者相高祖及無忌等竝當大貴，其應甚近，惟云憑之無相。高祖與無忌密相謂曰：「吾等既為同舟，理無偏異。吾徒咸皆富貴，則檀不應獨殊。」深不解相者之言。至是而憑之戰死，高祖知其事必捷。玄聞敷等竝沒，愈懼。使桓謙屯東陵口，卞範之屯覆舟山西，衆合二萬。己未旦，義軍食畢，棄其餘粮，進至覆舟山東，使丐士張旗幟於山上，以為疑兵。玄又遣武騎將軍庾禕之，配以精卒利器，助謙等。高祖躬先士卒以奔之，將士皆殊死戰，無不一當百，呼聲動天地。時東北風急，因命縱火，煙爓張天，鼓噪之音震京邑。謙等諸軍，一時土崩。玄始雖遣軍置陣，而走意已決，別使領軍將軍殷仲文具舟於石頭，仍將子姪浮江南走。庚申，高祖鎮石頭城，立留臺官，焚桓溫神主於宣陽門外，造晉新主，立于太廟。遣諸將帥追玄，尚書王嘏率百官奉迎乘輿。司徒王謐與衆議推高祖領揚州，固辭。乃以謐為錄尚書事，領揚州刺史。於是推高祖為使持節、都督揚徐兖豫青冀幽并八州諸軍事、領軍將軍、徐州刺史。
先是朝廷承晉氏亂政，百司縱弛，桓玄雖欲釐整，而衆莫從之。高祖以身範物，先以威禁內外，百官皆肅然奉職，二三日間，風俗頓改。且桓玄雖以雄豪見推，而一朝便有極位，晉氏四方牧守及在朝大臣，盡心伏事，臣主之分定矣。高祖位微於朝，衆無一旅，奮臂草萊之中，倡大義以復皇祚。由是王謐等諸人時衆民望，莫不愧而憚焉。
諸葛長民失期不得發，刁逵執送之，未至而玄敗。玄經尋陽，江州刺史郭昶之備乘輿法物資之。玄收略得二千餘人，挾天子走江陵。冠軍將軍劉毅、輔國將軍何無忌、振武將軍劉道規率諸軍追討。尚書左僕射王愉、愉子荊州刺史綏等，江左冠族。綏少有重名，以高祖起自布衣，甚相凌忽。綏，桓氏甥，亦有自疑之志。高祖悉誅之。
四月，奉武陵王遵為大將軍，承制，大赦天下，唯桓玄一祖後不在赦例。
初高祖家貧，嘗負刁逵社錢三萬，經時無以還。逵執錄甚嚴，王謐造逵見之，密以錢代還，由是得釋。高祖名微位薄，盛流皆不與相知，唯謐交焉。桓玄將篡，謐手解安帝璽紱，為玄佐命功臣。及義旗建，衆竝謂謐宜誅，唯高祖保持之。劉毅嘗因朝會，問謐璽紱所在，謐益懼。及王愉父子誅，謐從弟諶謂謐曰：「王駒無罪，而義旗誅之，此是剪除勝己，以絕民望。兄既桓氏黨附，名位如此，欲求免得乎？」駒，愉小字也。謐懼，奔于曲阿。高祖牋白大將軍，深相保謐，迎還復位。光祿勳卞承之、左衞將軍褚粲、游擊將軍司馬秀役使官人，為御史中丞王禎之所糾察，謝牋言辭怨憤。承之造司宜藏。高祖與大將軍牋，白「粲等備位大臣，所懷必盡。執憲不允，自應據理陳訴，而橫興怨忿，歸咎有司。宜加裁當，以清風軌」。並免官。
桓玄兒子韶聚衆向歷陽，高祖命輔國將軍諸葛長民擊走之。無忌、道規破玄大將鄭鈐等于桑落洲，衆軍進據尋陽。加高祖都督江州諸軍事。玄既還荊郢，大聚兵衆，召水軍造樓船、器械，率衆二萬，挾天子發江陵，浮江東下，與冠軍將軍劉毅等相遇於崢嶸洲，衆軍下擊，大破之。玄棄衆，復挾天子還復江陵。玄黨殷仲文奉晉二皇后還京師。玄至江陵，因西走。南郡太守王騰之、荊州別駕王康產奉天子入南郡府。初征虜將軍、益州刺史毛璩，遣從孫祐之與參軍費恬送弟喪下，有衆二百。璩弟子脩之時為玄屯騎校尉，誘玄以入蜀。至枚回洲，恬與祐之迎射之。益州督護馮遷斬玄首，傳京師。又斬玄子昇於江陵市。
初玄敗於崢嶸洲，義軍以為大事已定，追躡不速。玄死幾一旬，衆軍猶不至。玄從子振逃於華容之涌中，招聚逆黨數千人，晨襲江陵城，居民競出赴之。騰之、康產皆被殺。桓謙先匿於沮川，亦聚衆以應。振為玄舉哀，立喪廷。謙率衆官奉璽綬于安帝。無忌、道規既至江陵，與桓振戰于靈溪。玄黨馮該又設伏于楊林，義軍奔敗，退還尋陽。
兖州刺史辛禺懷貳。會北青州刺史劉該反，禺求征該，次淮陰，又反。禺長史羊穆之斬禺，傳首京師。十月，高祖領青州刺史。甲仗百人入殿。劉毅諸軍復進至夏口。毅攻魯城，道規攻偃月壘，皆拔之。十二月，諸軍進平巴陵。
義熈元年正月，毅等至江津，破桓謙、桓振，江陵平，天子反正。三月，天子至自江陵。詔曰：
古稱大者天地，其次君臣，所以列貫三辰，神人代序，諒理本於造昧，而運周於萬葉。故盈否時襲，四靈通其變，王道或昧，貞賢拯其危，天命所以永固，人心所以攸穆。雖夏周中傾，賴靡申之績，恭倫載竊，寔二代是維。或乘資藉號，或業隆異世，猶詩書以之休詠，記策用為美談。未有因心撫民，而誠發理應，援神器於已淪，若在今之盛者也。
朕以寡昧，遭家不造，越自遘閔，屬當屯極。逆臣桓玄，乘舋縱慝，窮凶恣虐，滔天猾夏。遂誣罔人神，肆其篡亂。祖宗之基既湮，七廟之饗胥殄，若墜淵谷，未足斯譬。
皇度有晉，天縱英哲，使持節、都督揚徐兖豫青冀幽并江九州諸軍事、鎮軍將軍、徐青二州刺史，忠誠天亮，神武命世，用能貞明協契，義夫響臻。故順聲一唱，二溟卷波，英風振路，宸居清翳。暨冠軍將軍毅、輔國將軍無忌、振武將軍道規，舟旗遄邁，而元凶傳首，回戈疊揮，則荊漢霧廓。俾宣元之祚，永固於嵩岱，傾基重造，再集於朕躬。宗廟歆七百之祐，皇基融載新之命。念功惟德，永言銘懷。固已道冠開闢，獨絕終古，書契以來，未之前聞矣。雖則功高靡尚，理至難文，而崇庸命德，哲王攸先者，將以弘道制治，深關盛衰。故伊、望膺殊命之錫，桓、文饗備物之禮，況宏徵不世，領邈百代者，宜極名器之隆，以光大國之盛。而領軍謙虛自衷，誠旨屢顯，朕重逆仲父，乃所以愈彰德美也。鎮軍可進位侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事，使持節、徐青二州刺史如故。顯祚大邦，啟茲疆宇。
高祖固讓。加錄尚書事，又不受，屢請歸藩。天子不許，遣百僚敦勸，又親幸公第。高祖惶懼詣闕陳請，天子不能奪。是月，旋鎮丹徒。天子重遣大使敦勸，又不受。乃改授都督荊、司、梁、益、寧、雍、涼七州，并前十六州諸軍事，本官如故。於是受命解青州，加領兖州刺史。
盧循浮海破廣州，獲刺史吳隱之。即以循為廣州刺史，以其同黨徐道覆為始興相。二年三月，督交、廣二州。
十月，高祖上言曰：「昔天禍皇室，巨狡縱篡，臣等義惟舊隷，豫蒙國恩，仰契信順之符，俯厲人臣之憤，雖社稷之靈，抑亦事由衆濟。其翼獎忠懃之佐，文武畢力之士，敷執在己之謙，用虧國體之大。輒申攝衆軍先上，同謀起義，始平京口、廣陵二城，臣及撫軍將軍毅等二百七十二人，并後赴義出都緣道大戰，所餘一千五百六十六人，又輔國將軍長民、故給事中王元德等十人，合一千八百四十八人，乞正封賞。其西征衆軍，須論集續上。」於是尚書奏封唱義謀主，鎮軍將軍裕豫章郡公，食邑萬戶，賜絹三萬匹。其餘封賞各有差。鎮軍府佐吏，降故太傅謝安府一等。
十一月，天子重申前令，加高祖侍中，進號車騎將軍、開府儀同三司。固讓。詔遣百僚敦勸。
三年二月，高祖還京師，將詣廷尉，天子先詔獄官不得受，詣闕陳讓，乃見聽。旋于丹徒。
閏月，府將駱冰謀作亂，將被執，單騎走，追斬之。誅冰父永嘉太守球。球本東陽郡史，孫恩之亂，起義於長山，故見擢用。初桓玄之敗，以桓沖忠貞，署其孫胤。至是冰謀以胤為主，與東陽太守殷仲文潛相連結。乃誅仲文及仲文二弟。凡桓玄餘黨，至是皆誅夷。天子遣兼太常葛籍授公策曰：「有扈滔天，夷羿乘舋，亂節干紀，實橈皇極。賊臣桓玄，怙寵肆逆，乃摧傾華霍，倒拔嵩岱，五嶽既夷，六地易所。公命世英縱，藏器待時，因心資敬，誓雪國恥，慨憤陵夷，誠發宵寐。既而歲月屢遷，神器已逺，忠孝幽寄，寔貫三靈。爾乃介石勝機，宣契畢舉，訴蒼天以為正，揮義旅而一驅。奔鋒數百，勢烈激電，百萬不能抗限，制路日直植城。遂使衝鯨潰流，暴鱗江漢，廟勝逺加，重氛載滌，二儀廓清，三光反照，事遂永代，功高開闢，理微稱謂，義感朕心。若夫道為身濟，猶縻厥爵，況乃誠德俱深，勳冠天人者乎。是用建茲邦國，永祚山河，言念載懷，匪云足報。往欽哉！俾屏余一人，長弼皇晉，流風垂祚，暉烈無窮。其降承嘉策，對敭朕命。」
十二月，司徒、錄尚書、揚州刺史王謐薨。
四年正月，徵公入輔，授侍中、車騎將軍、開府儀同三司、揚州刺史、錄尚書，徐兖二州刺史如故。表解兖州。先是遣冠軍劉敬宣伐蜀賊譙縱，無功而返。九月，以敬宣挫退，遜位，不許。乃降為中軍將軍，開府如故。
初偽燕王鮮卑慕容德僭號於青州，德死，兄子超襲位，前後屢為邊患。五年二月，大掠淮北，執陽平太守劉干載、濟南太守趙元，驅略千餘家。三月，公抗表北討，以丹陽尹孟昶監中軍留府事。四月，舟師發京都，泝淮入泗。五月，至下邳，留船艦輜重，步軍進琅邪。所過皆築城留守。鮮卑梁父、莒城二戍竝奔走。
慕容超聞王師將至，其大將公孫五樓說超：「宜斷據大峴，刈除粟苗，堅壁清野以待之。彼僑軍無資，求戰不得，旬月之間，折棰以笞之耳。」超不從，曰：「彼逺來疲勞，勢不能久，但當引令過峴，我以鐵騎踐之，不憂不破也。豈有預芟苗稼，先自䠞弱邪。」初公將行，議者以為賊聞大軍逺出，必不敢戰，若不斷大峴，當堅守廣固，刈粟清野，以絕三軍之資，非唯難以有功，將不能自反。公曰：「我揣之熟矣。鮮卑貪，不及逺計，進利剋獲，退惜粟苗。謂我孤軍逺入，不能持乆，不過進據臨朐，退守廣固。我一得入峴，則人無退心，驅必死之衆，向懷貳之虜，何憂不剋。彼不能清野固守，為諸君保之。」公既入峴，舉手指天曰：「吾事濟矣！」
六月，慕容超遣五樓及廣寧王賀賴盧先據臨朐城。既聞大軍至，留羸老守廣固，乃悉出。臨朐有巨蔑水，去城四十里。超告五樓曰：「急往據之，晉軍得水，則難擊也。」五樓馳進。龍驤將軍孟龍符領騎居前，奔往爭之，五樓乃退。
衆軍步進，有車四千兩，分車為兩翼，方軌徐行，車悉張幔，御者執矟。又以輕騎為遊軍。軍令嚴肅，行伍齊整。未及臨朐數里，賊鐵騎萬餘，前後交至。公命兖州刺史劉藩、弟并州刺史道憐、諮議參軍劉敬宣、陶延壽、參軍劉懷玉、慎仲道、索邈等，齊力擊之。日向𣅳，公遣諮議參軍檀韶直趨臨朐。韶率建威將軍向彌、參軍胡藩馳往，即日陷城，斬其牙旗，悉虜超輜重。超聞臨朐已拔，引衆走，公親鼓之，賊乃大奔。超遁還廣固。獲超馬、偽輦、玉璽、豹尾等，送于京師。斬其大將段暉等十餘人，其餘斬獲千計。
明日，大軍進廣固，即屠大城，超退保小城。於是設長圍守之，圍高三丈，外穿三重壍。停江、淮轉輸，館穀於齊土。撫納降附，華戎歡悅，援才授爵，因而任之。七月，詔加公北青、冀二州刺史。超大將垣遵、遵弟苗竝率衆歸順。公方治攻具，城上人曰：「汝不得張綱，何能為也。」綱者，超偽尚書郎，其人有巧思。會超遣綱稱藩於姚興，乞師請救。興偽許之，而實憚公，不敢遣。綱從長安還，泰山太守申宣執送之。及升綱於樓車，以示城內，城內莫不失色。於是使綱大治攻具。超求救不獲，綱反見虜，轉憂懼。乃請稱藩，求割大峴為界，獻馬千疋。不聽，圍之轉急。河北居民荷戈負粮至者，日以千數。
錄事參軍劉穆之，有經略才具，公以為謀主，動止必諮焉。時姚興遣使告公云：「慕容見與隣好，又以窮告急，今當遣鐵騎十萬，逕據洛陽。晉軍若不退者，便當遣鐵騎長驅而進。」公呼興使荅曰：「語汝姚興，我定燕之後，息甲三年，當平關、洛。今能自送，便可速來。」穆之聞有羌使，馳入，而公發遣已去。以興所言并荅，具語穆之。穆之尤公曰：「常日事無大小，必賜與謀之。此宜善詳之，云何卒爾便荅。公所荅興言，未能威敵，正足怒彼耳。若燕未可拔，羌救奄至，不審何以待之？」公笑曰：「此是兵機，非卿所解，故不語耳。夫兵貴神速，彼若審能遣救，必畏我知，寧容先遣信命。此是其見我伐燕，內已懷懼，自張之辭耳。」
九月，進公太尉、中書監，固讓。偽徐州刺史叚宏先奔索虜，十月，自河北歸順。
張綱治攻具成，設諸奇巧，飛樓木幔之屬，莫不畢備。城上火石弓矢，無所用之。六年二月丁亥，屠廣固。超踰城走，征虜賊曹喬胥獲之，殺其王公以下，納口萬餘，馬二千疋，送超京師，斬于建康市。
公之北伐也，徐道覆仍有闚𨵦之志，勸盧循乘虛而出，循不從。道覆乃至番禺說循曰：「本住嶺外，豈以理極於此，正以劉公難與為敵故也。今方領兵堅城之下，未有旋日。以此思歸，死士掩襲，何、劉之徒如反掌耳。不乘此機而保一日之安，若平齊之後，小息甲養衆，不過一二年間，必璽書徵君。若劉公自率衆至豫章，遣銳師過嶺，雖復將軍神武，恐必不能當也。今日之機，萬不可失。既剋都邑，傾其根本，劉公雖還，無能為也。」循從之，乃率衆過嶺。是月，寇南康、廬陵、豫章，諸郡守皆委任奔走。于時平齊問未至，即馳使徵公。公之初剋齊也，欲停鎮下邳，清盪河、洛，既而被徵使至，即日班師。
鎮南將軍何無忌與徐道覆戰于豫章，敗績，無忌被害，內外震駭。朝廷欲奉乘輿北走就公，尋知賊定未至，人情小安。公至下邳，以船運輜重，自率精銳步歸。至山陽，聞無忌被害，則慮京邑失守，乃卷甲兼行，與數十人至淮上，問行旅以朝廷消息。人曰：「賊尚未至，劉公若還，便無所憂也。」公大喜，單船過江，逕至京口，衆乃大安。四月癸未，公至京師，解嚴息甲。
撫軍將軍劉毅抗表南征，公與毅書曰：「吾往習擊妖賊，曉其變態，新獲姧利，其鋒不可輕。宜須裝嚴畢，與弟同舉。」又遣毅從弟藩往止之。毅不從，舟師二萬，發自姑孰。循之初下也，使道覆向尋陽，自寇湘中諸郡。荊州刺史道規遣軍至長沙，為循所敗。逕至巴陵，將向江陵。道覆聞毅上，馳使報循曰：「毅兵衆甚盛，成敗事係之於此，宜并力摧之。若此克捷，天下無復事矣。根本既定，不憂上面不平也。」循即日發巴陵，與道覆連旗而下。別有八艚艦九枚，起四層，高十二丈。公以南藩覆沒，表送章綬，詔不聽。五月，劉毅敗績于桑落洲，棄船步走，餘衆不得去者，皆為賊所擒。
初循至尋陽，聞公已還，不信也。既破毅，乃審凱入之問，竝相視失色。循欲退還尋陽，進平江陵，據二州以抗朝廷。道覆謂宐乘勝徑進，固爭之。疑議多日，乃見從。
毅敗問至，內外洶擾。于時北師始還，多創痍疾病，京師戰士不盈數千。賊既破江、豫二鎮，戰士十餘萬，舟車百里不絕。奔敗還者，竝聲其雄盛。孟昶、諸葛長民懼寇漸逼，欲擁天子過江，公不聽，昶固請不止。公曰：「今重鎮外傾，彊寇內逼，人情危駭，莫有固志。若一旦遷動，便自瓦解土崩，江北亦豈可得至！設令得至，不過延日月耳。今兵士雖少，自足以一戰。若其克濟，則臣主同休；苟厄運必至，我當以死衞社稷，橫尸廟門，遂其由來以身許國之志，不能逺竄於草閒求活也。我計決矣，卿勿復言！」昶恐其不濟，乃為表曰：「臣裕北討，衆竝不同，唯臣贊裕行計，致使彊賊乘間，社稷危逼，臣之辠也。今謹引分以謝天下。」封表畢，乃仰藥而死。
於是大開賞募，投身赴義者，一同登京城之科。發居民治石頭城，建牙誡嚴。時議者謂宐分兵守諸津要。公以為：「賊衆我寡，若分兵屯，則測人虛實。且一處失利，則沮三軍之心。今聚衆石頭，隨宐應赴，既令賊無以測多少，又於衆力不分。若徒旅轉集，徐更論之耳。」移屯石頭，乃柵淮斷查浦。既而羣賊大至，公策之曰：「賊若於新亭直進，其鋒不可當，宐且回避，勝負之事，未可量也。若回泊西岸，此成擒耳。」
道覆欲自新亭、白石焚舟而上。循多疑少決，每欲以萬全為慮，謂道覆曰：「大軍未至，孟昶便望風自裁，大勢言之，自當計日潰亂。今決勝負於一朝，既非必定之道，且殺傷士卒，不如按兵待之。」公于時登石頭城以望循軍，初見引向新亭，公顧左右失色。既而回泊蔡洲。道覆猶欲上，循禁之。自是衆軍轉集，脩治越城，築查浦、藥園、廷尉三壘，皆守以實衆。冠軍將軍劉敬宣屯北郊，輔國將軍孟懷玉屯丹陽郡西，建武將軍王仲德屯越城，廣武將軍劉默屯建陽門外。使寧朔將軍索邈領鮮卑具裝虎班突騎千餘匹，皆被練五色，自淮北至于新亭。賊竝聚觀，咸畏憚之；然猶冀京邑及三吳有應之者。遣十餘艦來拔石頭柵，公命神弩射之，發輒摧陷，循乃止不復攻柵。設伏兵於南岸，使羸老悉乘舟艦向白石。公憂其從白石步上，乃率劉毅、諸葛長民北出拒之，留參軍徐赤特戍南岸，命堅守勿動。公既去，賊焚查浦步上，赤特軍戰敗，死沒有百餘人。赤特棄餘衆，單舸濟淮。賊遂率數萬屯丹陽郡。公率諸軍馳歸。衆憂賊過，咸謂公當徑還拒戰。公先分軍還石頭，衆莫之曉。解甲息士，洗浴飲食之，乃出列陳於南塘。以赤特違處分，斬之。命參軍褚叔度、朱齡石率勁勇千餘人過淮。羣賊數千，皆長刀矛鋋，精甲曜日，奮躍爭進。齡石所領多鮮卑，善步矟，竝結陳以待之。賊短兵弗能抗，死傷者數百人，乃退走。會日莫，衆亦歸。
劉毅之敗，豫州主簿袁興國反叛，據歷陽以應賊。琅邪內史魏順之遣將謝寶討斬之。興國司馬襲寶，順之不救而退，公怒斬之。順之，詠之之弟也。於是功臣震懾，莫敢不用命。
六月，更授公太尉、中書監，加黃鉞。受黃鉞，餘固辭。以司馬庾悅為建威將軍、江州刺史，自東陽出豫章。
七月庚申，羣賊自蔡洲南走，還屯尋陽。遣輔國將軍王仲德、廣川太守劉鍾、河間太守蒯恩追之。公還東府，大治水軍，皆大艦重樓，高者十餘丈。盧循遣其大將荀林寇江陵，桓謙先於江陵奔羌，又自羌入蜀，偽主譙縱以為荊州刺史。謙及譙道福率軍二萬，出寇江陵，適與林會，相去百餘里。荊州刺史道規斬謙于枝江，破林於江津，追至竹町，斬之。
初循之走也，公知其必寇江陵，登遣淮陵內史索邈領馬軍步道援荊州。又遣建威將軍孫季高率衆三千，自海道襲番禺。江州刺史庾悅至五畝嶠，賊遣千餘人據斷嶠道，悅前驅鄱陽太守虞丘進攻破之。公治兵大辦。十月，率兖州刺史劉藩、寧朔將軍檀韶等舟師南伐。以後將軍劉毅監太尉留守府，後事皆委焉。
是月，徐道覆率衆三萬寇江陵。荊州刺史道規又大破之，斬首萬餘級，道覆走還盆口。初公之遣索邈也，邈在道為賊所斷，道覆敗後方達。自循東下，江陵斷絕京邑之問，傳者皆云已沒。及邈至，方知循走。循初自蔡洲南走，留其親黨范崇民五千人，高艦百餘，戍南陵。王仲德等聞大軍且至，乃進攻之。十一月，大破崇民軍，焚其舟艦，收其散卒。循廣州守兵，不以海道為防。是月，建威將軍孫季高乘海奄至，而城池峻整，兵猶數千。季高焚賊舟艦，悉力而上，四面攻之，即日屠其城。循父以輕舟奔始興。季高撫其舊民，戮其親黨，勒兵謹守。初公之遣季高也，衆咸以海道艱逺，必至為難；且分撤見力，二三非要。公不從。勑季高曰：「大軍十二月之交，必破妖虜。卿今時當至廣州，傾其巢窟，令賊奔走之日，無所歸投。」季高受命而行，如期剋捷。循方治兵旅舟艦，設諸攻備。公欲御以長筭，乃屯軍雷池。賊揚聲不攻雷池，當乘流逕下。公知其欲戰，且慮賊戰敗，或於京江入海，遣王仲德以水艦二百於吉陽下斷之。十二月，循、道覆率衆數萬，方艦而下，前後相抗，莫見舳艫之際。公悉出輕利鬬艦，躬提幡鼓，命衆軍齊力擊之。又上步騎於西岸。右軍參軍庾樂生乘艦不進，斬而徇之。於是衆軍竝踊騰爭先。軍中多萬鈞神弩，所至莫不摧陷。公中流蹙之，因風水之勢，賊艦悉泊西岸上。軍先備火具，乃投火焚之，煙爓張天，賊衆大敗，追奔至夜乃歸。循等還尋陽。初分遣步軍，莫不疑恠，及燒賊艦，衆乃悅服。召王仲德，請還為前驅。留輔國將軍孟懷玉守雷池。循聞大軍上，欲走向豫章，乃悉力柵斷左里。大軍至左里，將戰，公所執麾竿折，折幡沈水，衆竝恠懼。公歡笑曰：「往年覆舟之戰，幡竿亦折，今者復然，賊必破矣。」即攻柵而進。遁兵雖殊死戰，弗能禁。諸軍乘勝奔之，循單舸走。所殺及投水死，凡萬餘人。納其降附，宥其逼略。遣劉藩、孟懷玉輕軍追之。循收散卒，尚有數千人，逕還廣州。道覆還保始興。公旋自左里。天子遣侍中、黃門勞師于行所。