永初元年夏六月丁卯，設壇於南郊，即皇帝位，柴燎告天。策曰：
皇帝臣裕，敢用玄牡，昭告皇天后帝。晉帝以卜世告終，歷數有歸，欽若景運，以命于裕。夫樹君宰世，天下為公，德充帝王，樂推攸集。越俶唐、虞，降曁漢、魏，靡不以上哲格文祖，元勳陟帝位，故能大拯黔首，垂訓無窮。晉自東遷，四維不振，宰輔憑依，為日巳久。難棘隆安，禍成元興，遂至帝三遷播，宗祀堙滅。裕雖地非齊、晉，衆無一旅，仰憤時難，俯悼橫流，投袂一麾，則皇祀克復。及危而能持，顛而能扶，姦宄具殲，僭偽必滅。誠興廢有期，否終有數。至於大造晉室，撥亂濟民，因藉時來，實尸其重。加以殊俗慕義，重譯來庭，正朔所曁，咸服聲教。至乃三靈垂象，山川告祥，人神協祉，歲月滋著。是以羣公卿士，億兆夷人，僉曰皇靈降鑒於上，晉朝款誠於下，天命不可以久淹，宸極不可以暫曠。遂逼羣議，恭茲大禮。猥以寡德，託於兆民之上，雖仰畏天威，略是小節，顧深永懷，祗懼若霣。敬簡元辰，升壇受禪，告類上帝，用酬萬國之情。克隆天保，永祚于有宋。惟明靈是饗。
禮畢，備法駕幸建康宮，臨太極前殿。詔曰：「夫世代迭興，承天統極，雖遭遇異塗，因革殊事，若乃功濟區宇，道振生民，興廢所階，異世一揆。朕以寡薄，屬當艱運，藉否終之期，因士民之力，用獲拯溺，匡世撥亂，安國寧民，業未半古，功參曩烈。晉氏以多難仍遘，曆運巳移，欽若前王，憲章令軌，用集大命于朕躬。惟德匪嗣，辭不獲申，遂祗順三靈，饗茲景祚，燔柴于南郊，受終于文祖。猥當與能之期，爰集樂推之運，嘉祚肇開，隆慶惟始，思俾休嘉，惠茲兆庶。其大赦天下。改晉元熙二年為永初元年。賜民爵二級。鰥寡孤獨不能自存者，人穀五斛。逋租宿債勿復收。其有犯鄉論清議、贓汙淫盜，一皆蕩滌洗除，與之更始。長徒之身，特皆原遣。亡官失爵，禁錮奪勞，一依舊准。」封晉帝為零陵王，全食一郡。載天子旍旗，乘五時副車，行晉正朔，郊祀天地禮樂制度，皆用晉典。上書不為表，荅表勿稱詔。追尊皇考為孝穆皇帝，皇妣為穆皇后，尊王太后為皇太后。詔曰：「夫微禹之感，歎深後昆，盛德必祀，道隆百世。晉氏封爵，咸隨運改，至於德參微管，勳濟蒼生，愛人懷樹，猶或勿翦，雖在異代，義無泯絕。降殺之宜，一依前典。可降始興公封始興縣公，廬陵公封柴桑縣公，各千戶；始安公封荔浦縣侯，長沙公封醴陵縣侯，康樂公可即封縣侯，各五百戶：以奉晉故丞相王導、太傅謝安、大將軍溫嶠、大司馬陶侃、車騎將軍謝玄之祀。其宣力義熙，豫同艱難者，一仍本秩，無所減降。」封晉臨川王司馬寶為西豐縣侯，食邑千戶。
庚午，以司空道憐為太尉，封長沙王。追封司徒道規為臨川王。尚書僕射徐羨之加鎮軍將軍，右衞將軍謝晦為中領軍，宋國領軍檀道濟為護軍將軍，中領軍劉義欣為青州刺史。立南郡公義慶為臨川王。又詔曰：「夫銘功紀勞，有國之要典，慎終追舊，在心之所隆。自大業創基，十有七載，世路迍邅，戎車歲動，自東徂西，靡有寧日。實賴將帥竭心，文武盡効，寧內拓外，迄用有成。威靈遠著，寇逆消蕩，遂當揖讓之禮，猥饗天人之祚。念功簡勞，無忘鑒寐，凡厥誠勤，宜同國慶。其酬賞復除之科，以時論舉。戰亡之身，厚加復贈。」乙亥，立桂陽公義真為廬陵王，彭城公義隆為宜都王，第四皇子義康為彭城王。丁丑，詔曰：「古之王者，巡狩省方，躬覽民物，搜揚幽隱，拯災卹患，用能風澤遐被，遠至邇安。朕以寡闇，道謝前哲，因受終之期，託兆庶之上，鑒寐屬慮，思求民瘼。才弱事艱，若無津濟，夕惕永念，心馳遐域。可遣大使分行四方，旌賢舉善，問所疾苦。其有獄訟虧濫，政刑乖愆，傷化擾治，未允民聽者，皆當具以事聞。萬事之宜，無失厥中，暢朝廷乃眷之旨，宣下民壅隔之情。」戊寅，詔曰：「百官事殷俸薄，祿不代耕。雖國儲未豐，要令公私周濟。諸供給昔減半者，可悉復舊。六軍見祿粗可，不在此例。其餘官寮，或自本俸素少者，亦疇量增之。」己卯，改晉泰始曆為永初曆。
秋七月丁亥，原放劫賊餘口沒在臺府者，諸流徙家竝聽還本土。又運舟材及運船，不復下諸郡輸出，悉委都水別量。臺府所須，皆別遣主帥與民和市，即時裨直，不復責租民求辦。又停廢虜車牛，不得以官威假借。又以市稅繁苦，優量減降。從征關、洛，殞身戰場，幽沒不反者，贍賜其家。己丑，陳留王曹虔嗣薨。辛卯，復置五校三將官，增殿中將軍員二十人，餘在員外。戊戌，後將軍、雍州刺史趙倫之進號安北將軍，征虜將軍、北徐州刺史劉懷慎進號北平將軍，征西大將軍、開府儀同三司楊盛進號車騎大將軍。甲辰，鎮西將軍李歆進號征西將軍，平西將軍乞佛熾盤進號安西大將軍，征東將軍高句驪王高璉進號征東大將軍，鎮東將軍百濟王扶餘映進號鎮東大將軍。置東宮冗從僕射、旅賁中郎將官。戊申，遷神主於太廟，車駕親奉。壬子，詔曰：「徃者軍國務殷，事有權制，劫科峻重，施之一時。今王道惟新，政和法簡，可一除之，還遵舊條。反叛淫盜三犯補冶士，本謂一事三犯，終無悛革。主者頃多并數衆事，合而為三，甚違立制之旨，普更申明。」
八月戊午，西中郎將、荊州刺史宜都王義隆進號鎮西將軍。辛酉，開亡叛赦，限內首出，蠲租布二年。先有資狀、黃籍猶存者，聽復本注。諸舊郡縣以北為名者，悉除；寓立於南者，聽以南為號。又制有無故自殘傷者補冶士，實由政刑煩苛，民不堪命，可除此條。罷青州併兖州。戊辰，詔曰：「彭、沛、下邳三郡，首事所基，情義繾綣，事由情獎，古今所同。彭城桑梓本鄉，加隆攸在，優復之制，宜同豐、沛。其沛郡、下邳可復租布三十年。」辛未，追謚妃臧氏為敬皇后。癸酉，立王太子為皇太子。乙亥，詔曰：「朕承曆受終，猥饗天命。荷積善之祚，藉士民之力，七廟備文，率由令範。先后祗嚴，獲遂宣訓，蒸嘗肇建，情敬無違。加以儲宮備禮，皇基彌固，國慶家禮，爰集旬日，豈予一人，獨荷茲慶。其見刑罪無輕重，可悉原赦。限百日，以今為始。先因軍事所發奴僮，各還本主；若死亡及勳勞破免，亦依限還直。」
閏月壬午朔，詔曰：「晉世帝后及藩王諸陵守衞，宜便置格。其名賢先哲，見優前代，或立德著節，或寧亂庇民，墳塋未遠，竝宜洒掃。主者具條以聞。」丁酉，特進、左光祿大夫孔季恭加開府儀同三司。辛丑，詔曰：「主者處案雖多所諮詳，若衆官命議，宜令明審。自頃或揔稱參詳，於文漫略。自今有厝意者，皆當指名其人；所見不同，依舊繼啟。」又詔曰：「諸處冬使，或遣或不，事役宜省，今可悉停。唯元正大慶，不在其例。郡縣遣冬使詣州及都督府，亦停之。」
九月壬子朔，置東宮殿中將軍十人，員外二十人。壬申，置都官尚書。
冬十月辛卯，改晉所用王肅祥禫二十六月儀，依鄭玄二十七月而後除。十二月辛巳朔，車駕臨延賢堂聽訟。
二年春正月辛酉，車駕祠南郊，大赦天下。丙寅，斷金銀塗。以揚州刺史廬陵王義真為司徒，以尚書僕射、鎮軍將軍徐羨之為尚書令、揚州刺史。丙子，南康揭陽蠻反，郡縣討破之。己卯，禁喪事用銅釘。罷會稽郡府。二月己丑，車駕幸延賢堂策試諸州郡秀才、孝廉。揚州秀才顧練、豫州秀才殷朗所對稱旨，竝以為箸作佐郎。戊申，制中二千石加公田一頃。三月乙丑，初限荊州府置將不得過二千人，吏不得過一萬人；州置將不得過五百人，吏不得過五千人。兵士不在此限。夏四月己卯朔，詔曰：「淫祠惑民費財，前典所絕，可竝下在所除諸房廟。其先賢及以勳德立祠者，不在此例。」戊申，車駕於華林園聽訟。己亥，以左衞將軍王仲德為冀州刺史。五月己酉，置東宮屯騎、步兵、翊軍三校尉官。甲戌，車駕又幸華林園聽訟。六月壬寅，詔曰：「杖罰雖有舊科，然職務殷碎，推坐相尋。若皆有其實，則體所不堪；文行而巳，又非設罰之意。可籌量觕為中否之格。」車駕又於華林園聽訟。甲辰，制諸署敕吏四品以下，又府署所得輒罰者，聽統府寺行四十杖。秋七月己巳，地震。八月壬辰，車駕又於華林園聽訟。九月己丑，零陵王薨。車駕三朝，率百僚舉哀于朝堂，一依魏明帝服山陽公故事。太尉持節監護，葬以晉禮。冬十月丁酉，詔曰：「兵制峻重，務在得宜。役身死叛，輒考傍親，流遷彌廣，未見其極。遂令冠帶之倫，淪陷非所。宜革以弘泰，去其密科。自今犯罪充兵合舉戶從役者，便付營押領。其有戶統及讁止一身者，不得復侵濫服親，以相連染。」己亥，以涼州胡大帥沮渠蒙遜為鎮軍大將軍、開府儀同三司、涼州刺史。癸卯，車駕於延賢堂聽訟，以員外散騎常侍應襲為寧州刺史。
三年春正月甲辰朔，詔刑罰無輕重，悉皆原降。壬子，以前冀州刺史王仲德為徐州刺史。癸丑，以尚書令、揚州刺史徐羨之為司空、錄尚書事，刺史如故。撫軍將軍、江州刺史王弘進號衞將軍、開府儀同三司，太子詹事傅亮為尚書僕射，中領軍謝晦為領軍將軍。乙卯，以輔國將軍毛德祖為司州刺史。乙丑，詔曰：「古之建國，教學為先，弘風訓世，莫尚於此，發蒙啟滯，咸必由之。故爰自盛王，迄于近代，莫不敦崇學藝，脩建庠序。自昔多故，戎馬在郊，旍旗卷舒，日不暇給。遂令學校荒廢，講誦蔑聞，軍旅日陳，俎豆藏器，訓誘之風，將墜于地。後生大懼於墻面，故老竊歎於子衿。此國風所以永思，小雅所以懷古。今王略遠屆，華域載清，仰風之士，日月以冀。便宜博延冑子，陶獎童蒙，選備儒官，弘振國學。主者考詳舊典，以時施行。」
二月丁丑，詔曰：「豫州南臨江滸，北接河、洛，民荒境曠，轉輸艱遠，撫莅之宜，各有其便。淮西諸郡，可立為豫州；自淮以東，為南豫州。」以豫州刺史彭城王義康為南豫州刺史，征虜將軍劉粹為豫州刺史。又分荊州十郡還立湘州，左衞將軍張邵為湘州刺史。戊寅，以徐州之梁，還屬豫州。
三月，上不豫。太尉長沙王道憐、司空徐羨之、尚書僕射傅亮、領軍將軍謝晦、護軍將軍檀道濟竝入侍醫藥。羣臣請祈禱神祇，上不許，唯使侍中謝方明以疾告廟而巳。丁未，以司徒廬陵王義真為車騎將軍、開府儀同三司、南豫州刺史。上疾瘳。己未，大赦天下。時秦雝流戶悉南入梁州。庚申，送綜絹萬匹，荊、雝州運米，委州刺史隨宜賦給。辛酉，亡命刁彌攻京城，得入，太尉留府司馬陸仲元討斬之。
夏四月乙亥，封仇池公楊盛為武都王，平南將軍楊撫進號安南將軍。丁亥，以車騎司馬徐琰為兖州刺史。庚寅，左光祿大夫、開府儀同三司孔季恭薨。
五月，上疾甚，召太子誡之曰：「檀道濟雖有幹略，而無遠志，非如兄韶有難御之氣也。徐羨之、傅亮當無異圖。謝晦數從征伐，頗識機變，若有同異，必此人也。小卻，可以會稽、江州處之。」又為手詔曰：「朝廷不須復有別府，宰相帶揚州，可置甲士千人。若大臣中任要，宜有爪牙以備不祥人者，可以臺見隊給之。有征討悉配以臺見軍隊，行還復舊。後世若有幼主，朝事一委宰相，母后不煩臨朝。仗既不許入臺殿門，要重人可詳給班劔。」癸亥，上崩于西殿，時年六十。秋七月己酉，葬丹陽建康縣蔣山初寧陵。
上清簡寡欲，嚴整有法度，未嘗視珠玉輿馬之飾，後庭無紈綺絲竹之音。寧州嘗獻虎魄枕，光色甚麗。時將北征，以虎魄治金創，上大悅，命擣碎分付諸將。平關中，得姚興從女，有盛寵，以之廢事。謝晦諫，即時遣出。財帛皆在外府，內無私藏。宋臺既建，有司奏東西堂施局腳牀、銀塗釘，上不許；使用直腳牀，釘用鐵。諸主出適，遣送不過二十萬，無錦繡金玉。內外奉禁，莫不節儉。性尤簡易，常著連齒木屐，好出神虎門逍遙，左右從者不過十餘人。時徐羨之住西州，嘗幸羨之，便步出西掖門，羽儀絡驛追隨，巳出西明門矣。諸子旦問起居，入閤脫公服，止著裙帽，如家人之禮。孝武大明中，壞上所居陰室，於其處起玉燭殿，與羣臣觀之。牀頭有土鄣，壁上挂葛燈籠、麻繩拂。侍中袁顗盛稱上儉素之德。孝武不荅，獨曰：「田舍公得此，以為過矣。」故能光有天下，克成大業者焉。
史臣曰：漢氏載祀四百，比祚隆周，雖復四海橫潰，而民繫劉氏，惵惵黔首，未有遷奉之心。魏武直以兵威服衆，故能坐移天曆，鼎運雖改，而民未忘漢。及魏室衰孤，怨非結下。晉藉宰輔之柄，因皇族之微，世擅重權，用基王業。至於宋祖受命，義越前模。晉自社廟南遷，祿去王室，朝權國命，遞歸台輔。君道雖存，主威乆謝。桓溫雄才蓋世，勳高一時，移鼎之業巳成，天人之望將改。自斯以後，晉道彌昏，道子開其禍端，元顯成其末釁，桓玄藉運乘時，加以先父之業，因基革命，人無異心。高祖地非桓、文，衆無一旅，曾不浹旬，夷凶翦暴，祀晉配天，不失舊物，誅內清外，功格區宇。至於鍾石變聲，柴天改物，民巳去晉，異於延康之初，功實靜亂，又殊咸熙之末。所以恭皇高遜，殆均釋負。若夫樂推所歸，謳歌所集，魏、晉采其名，高祖收其實矣。盛哉！