萧琮字温文，生性宽仁，待人大度，风流倜傥，放荡不羁，学识渊博。
又善骑马又会射箭，令人伏在地上举起贴子，萧琮飞马而射，能十发十中，举贴的人也不害怕。
萧琮起初被封为东阳王，不久立为梁国太子。
到继承帝位时，隋文帝给萧琮玺书说：“你承担着栋梁之任，事关重大，虽然忧劳，也必须自我努力。
应内外和睦，亲近任用德才兼备之人，继承祖业，这就是我对你寄予的希望。
你的疆域，与陈国离得很近，水涨之时，应该特别警备。
陈人虽然连日反复派使节来我朝问候，但疆场之间还没有清平安宁，只是因为我朝的缘故陈人还不敢冒犯你们，但你们也不要小看他们而不设防备。
我和你们梁国几代相好，加上姻亲，情义更加深厚。
江陵那个地方，朝庭对它寄予了很大的希望，为国为民，对自己要多限制，对百姓多施恩惠，以礼治国安邦。”又赐给梁国大臣玺书，告诫并勉励他们。
当时萧琮的年号是“广运”，有见识的人说：“运字从军从走，我们的国君将逃走吗？”这年，萧琮派遣大将军戚昕率领水军偷袭陈国的公安，没有攻下而归。
文帝征召萧琮叔父萧岑入朝，拜为大将军，封怀义公，于是留在京都不放回。
又设置江陵总管以便监视。
萧琮所任命大将军许世武秘密以城池联合陈将宜黄侯陈纪，事情泄露后，萧琮杀掉了许世武。
后二年，文帝召萧琮上朝，萧琮率大臣二百多人到京师朝见，江陵父老百姓没有不流泪的，他们说：“我们的国君将不会回来了！”文帝因萧琮等来朝，派武乡公崔弘度带兵戍守江陵，军队到若阝州，萧琮叔父萧严和萧琮弟弟萧..等害怕崔弘度袭击，于是引陈国兵马到城下，掳走居民而反叛。
文帝于是废掉了梁国，派遣左仆射高赹安抚百姓，赦免江陵臣民死罪，又减免梁国老百姓十年赋税。
并为已故的梁国的二个国君，各派十户人家为他们守墓。
拜萧琮为上柱国，封为莒国公。
炀帝即位，因萧皇后的缘故，萧琮很受炀帝亲近器重。
拜为内史令，后改封为梁公。
萧琮的同高祖的家族，一并根据才华录用，于是萧家众多兄弟都在朝庭里做官。
萧琮性情淡泊高雅，不认真处理政务，退朝后只是放纵饮酒罢了。
内史令杨约与萧琮同居朝班，炀帝令杨约向萧琮转达自己告诫勉励的意思，杨约又以私人感情告诉萧琮。
萧琮说：“我如果像以前那样管事，和你还有什么区别呢？”杨约笑着退出。
杨约的兄长杨素，当时是尚书令，见萧琮把堂妹嫁给钳耳氏，于是对萧琮说：“你是帝王之族，族望名美，为什么嫁堂妹给钳耳氏？”萧琮回答说：“先前已经把妹子嫁给侯莫陈氏，这还有什么疑问！”杨素说：“钳耳是羌族人，侯莫陈氏是胡虏，怎么能相比！”杨素认为胡虏优而羌人劣。
萧琮说：“认为羌人与胡虏有什么不同，先前没有听说过这话。”杨素惭愧得无话可说。
萧琮虽客居长安，但与北方的富贵之家相比，也没有不如的地方。
萧琮曾和贺若弼交情很深，贺若弼因事被杀后，民间有童谣说：“萧梁家又要兴盛了。”炀帝由此忌恨他，于是废掉萧琮而为庶民，不久萧琮去世。
炀帝追赠他为左光禄大夫。