杨子崇是高祖的族弟。
父亲杨盆生，被追赠为荆州刺史。
子崇小时候就喜欢学习，博览群书，有风度，喜欢结交贤士。
开皇年间(581～601)，被授为仪同，以车骑将军的身份一直掌管值宿警卫，后来作了司门侍郎。
炀帝继位后，子崇累功升到候门将军，后因事牵连而被免官。
不久，又出任检校将军，跟从炀帝巡幸汾阳宫，子崇预见到突厥必定侵犯边关，多次请求炀帝早回京师，炀帝没有采纳他的意见。
不久炀帝在雁门被围，等到敌军被击退，炀帝发怒道：“子崇胆小怕事，没有根据就胡乱上表，惊扰我军心，不能做大臣。”于是就贬子崇为离石郡太守。
因为治理有方，而远近闻名。
这以后，突厥多次侵犯边塞，胡人刘六儿又带兵抢掠州郡，子崇上表请求朝廷派兵镇守遏制敌军。
炀帝又大怒，下诏书令子崇率兵巡行视察长城，子崇带人走出一百多里后，四面就没路可走，无法前进而返回。
当时正闹饥荒，百姓聚在一起做了土匪，子崇先后捕杀了几千人。
这年年末，朔方的梁师都、马邑的刘武周等各自起兵作乱，离石郡的各部胡人又相互呼应并聚集在一起。
子崇很担忧，声言要回京师去，于是和心腹几百人从孟门关回京师，车马行到半路，正赶上河西各县叛兵杀死长吏，反叛后归附师都，因此前进的道路被隔绝。
子崇只好退回离石郡，所带的几百人得知太原起兵了，就不再进城，纷纷叛离了子崇。
子崇就把背叛士兵的父兄杀死了。
几天后，义军在夜里打到城下，城中的豪杰也出来接应，离石郡失陷了，子崇被仇人所杀。