△日本
日本久通中国。明季以寇边禁互市，清兴始复故。康熙十二年，平南王尚可喜致书於长崎奉行，请通商舶。闽、粤商人往者益众，杂居长崎市。初有船百八十艘，后由七十艘迭减至二十馀艘。货运中国岁限八千贯，置奉行三人讥察之，榷其税。然日本方严通海之禁，其国人或潜来台湾及各口贸易，事发辄罪之。三十二年，广东广西总督石琳奏，日本船避风至阳江县。诏资以衣食，送浙江，具舟遣归。
雍正六年，浙江总督李卫以日本招集内地人，教习弓矢技艺，制造战船，虑为边患，奏明：“密饬沿海文武营县，及各口税关员役，严行稽查，水师兵船不时哨巡，以为有备无患之计。”上览奏，谕曰：“昔圣祖遣织造乌林达麦尔森阳为商人，往觇其国。比复命，盛言国小民巽，开洋之举继此而起。朕数谕闽、广督抚留意考察。闻日本近与朝鲜交亲，往来无间。夫安内攘外之策，以固本防患为先。其体朕前谕无怠。”并颁谕沿海诸省防海。两广总督孔毓珣疏请沿海练舟师、置火器、增炮台，并自赴厦门、虎门诸口巡察。上不欲启外人疑惧，但令饬备而已。李卫复奏称：“日本贸易不能遽绝，请於洋商中择殷富老成者，立八人为商总，责其分处稽察，互相绳举，庶免日久弊生之虑。”报可。乾隆四十六年，户部奏请颁江海关则例，定东洋商船出口货税律。嘉庆元年，上谕：“日本商人每遇风暴，漂至沿海，情殊可悯。其令有司送乍浦，附商船归国。”著为令。
初，日本专主锁港，通华商而禁西洋诸国。及明治维新，始与各国开港通商。后以各国咸在中华互市，同治元年，长崎奉行乃遣人至上海，请设领事，理其国商税事。通商大臣薛焕不许。三年，日本商船介英领事巴夏礼以求通。七年，长崎奉行河津又致书江海关道应宝时，言其国人往来欧洲，时附西舶经行海上，或赴内地传习学术，经营商业，皆有本国符，乞念邻谊保护。许之。
九年，日本遣外务权大丞柳原前光赍外务卿书致总理各国事务署，略曰：“方今文化大开，交际日盛。我近与泰西十四国订盟。邻如贵国，宜先通情好、结和亲；而内国多故，迁延至今，信谊未修，深以为憾。兹令前光等诣台下，豫商通信，以为他日遣使修约之地，幸取裁焉。”前光至天津，三口通商大臣成林、直隶总督李鸿章达其书总署，议允通商而拒其立约。前光谒鸿章曰：“西人胁我立约，彼此相距十万里，尚遣公使、领事远来保其侨民。中、日唇齿相依，商贾往还，以无约故，反讬外人代理，听其约束，丧失国权，莫此为甚。今特使人远输诚意，而其来也，西人或交尼之；若不得请，是重吾耻也，前光虽死，不敢奉命。”鸿章复为请於朝，下廷议。两江总督曾国藩等疏言：“日本二百年来，与我无嫌。今援西国之例，诣阙陈辞，其理甚顺。自宜一视同仁，请与明定规约，分条详列，不载比照泰西总例一语，致启利益均霑之心。”上韪其议，允前光请，命总署答书，诏鸿章豫筹通商事。
十年，日本以大藏卿藤原宗臣为专使来聘，命授李鸿章钦差大臣，应宝时、陈钦副之，与议条款。日使初请照西约办理。久之，始订条约十八款，通商章程三十三款，互遣使臣，设领事，以上海等十五口与日本横滨等八口通商，而禁其私入内地，微异西国。诸约既成，宗臣来献仪物，期来年换约。十一年，日本罢宗臣官，遣柳原前光诣北洋大臣李鸿章交日本外务卿副岛照会，谓来岁与欧西诸国改修条约，欲酌改所议事件，与欧西一律，豫拟条款请商。鸿章答以去秋甫经立约，尚未互换，此时遽行改议，殊非信守。特令津海关道陈钦等与商，均俟换约后照约商办。
十二年四月，日本使臣副岛种臣来京换约，遣其随员柳原前光、翻译官郑永宁诣总署询三事：一询澳门是否中国管辖，抑由大西洋主张？一询朝鲜诸凡政令，是否由朝鲜自主，中国向不过问？一询台湾生番戕害琉球人民，拟遣人赴生番处诘问等语。王大臣等当与辩正。寻命李鸿章为换约大臣，与之互换。副岛种臣并致国书，庆贺大婚及亲政大典。时各国因请觐，报可，副岛种臣亦请面递国书，许之。寻进贺仪方物，答以礼，并给玺书。副岛种臣照会，使事毕回国。李鸿章以日本换约时，其上谕内仅盖用太政官印，未用国玺，駮令换用。翻译官郑永宁谓：“本国向与西洋各邦换约，均钤用太政官印。”鸿章谓：“见尔国副本，声明钤用国玺，又上海道抄送总领事井田让等敕书，亦用国玺。”郑永宁允回国换寄。时日本未设驻京公使，交涉事讬俄使倭良嘎哩代办。
十三年三月，日本兵船至厦门，声称赴台湾查办生番。李鸿章致书总署，谓：“各国兴兵，必先有文函知会，因何起衅。台湾生番一节，并未先行商办，岂得遽尔称兵？”既闻美人李让礼带领陆军，又雇美国水师官领兵船，欲图台湾。李鸿章复致总署，谓：“此事如果属实，不独日本悖义失好，即美人帮助带兵，雇商船装载弁兵军械，均属违背万国公法，且与美约相助调处之意不符。应请美使遵照公法，撤回李让礼等，严禁商船应雇装载弁兵。日本既无文函知会，仅将电信抄送上海道。云派员往台湾查问，难保不乘我不备，闯然直入闽省，应先派兵轮水师，往台湾各港口盘查了望，另调得力陆军数千，即用轮船载往凤山、琅軿附近一带，择要屯紥，为先发计。”乃日本兵船忽犯台湾番社，以兵船三路进攻，路各五六百人。生番惊窜，牡丹、高士佛、加芝来、竹仔各社咸被焚。其时尚有兵轮船泊夏门。於是台湾戒严，命船政大臣沈葆桢渡台设防。葆桢密疏联外交、储利器、储人才、通消息四事。闽浙总督李鹤年亦陈台湾地利，并遣水路各营分往凤山、澎湖等处屯紥。
是月日本攻生番网索、加芝来等社，移兵胁龟仔角社，社番誓不降。帝命福建布政使潘霨赴台湾会商设防。五月，沈葆桢、潘霨率洋将日意格、斯恭塞格至台湾，奏陈理谕、设防、开禁等事，皆报可。初八日，潘霨偕台湾兵备道夏献纶及洋将日意格、斯恭塞格等，乘轮船由安平出海抵琅軿。诣日营，晤中将西乡从道，示以葆桢照会，略云：“生番土地隶中国者二百馀年，杀人者死，律有明条，虽生番岂能轻纵。然此中国分内应办之事，不当转烦他国劳师糜饷。乃闻贵中将忽然以船载兵，由不通商之琅軿登岸。台民惶恐，谓不知开罪何端，使贵国置和约於不顾？及观贵中将照会闽浙总督公文，方知为牡丹社生番戕害琉球难民而起。无论琉球虽弱，侭可自鸣不平。即贵国专意恤邻，亦何妨照会总理衙门商办。乃积累年之旧案，而不能候数日之回文，此中曲直是非，想亦难逃洞鉴。今牡丹社已残毁矣，而又波及於无辜之高士佛等社。来文所称殛其凶首者，谓何也？所称往攻其心者，谓何也？帮办潘布政使自上海面晤贵国柳原公使，已商允退兵，以为必非虚语。乃闻贵中将仍紥营牡丹社，且有将攻卑南社之谣。夫牡丹社戕琉球难民者也。卑南社救贵国难民者也。以德为怨，想贵中将必不其然。第贵中将知会闽浙总督公文，有佐藤利八至卑南番地亦被劫掠之语，诚恐谣传未必无因。夫凫水逃生者，有馀资可劫，天下有劫人之财，肯养其人数月不受值者耶？即谓地方官所报难民口供不足据，贵国谢函俱在，并未涉及劫掠一言。贵国所赏之陈安生，即卑南社生番头目也。所赏之人即所诛之人，贵国未必有此政体。两国和谊，载在盟府，永矢弗谖。本大臣敢不开诚布公，以效愚者之一得，惟高明裁察见覆。”霨复造其营，从道辞以病。霨及献纶遂遣人传各社番目，至者凡十五社，译传大意，皆求保护。因谕令具状，原遵约束，不敢劫杀。霨等宣示国家德意，加以犒赏。番目等咸求设官经理，永隶编氓。霨等因从道不出，将还。从道复来谒，坚以生番非中国版图为词。及示以台湾府志所载生番岁输番饷之数，与各社所具结状，日将始婉谢。请遣人附我轮船，一至上海，致书柳原前光，一请厦门电报本国，暂止添兵。霨等遂返。
初，日本逐牡丹社番踞其地。旋有轮船二先后至，一迳往后山射藔港，一载兵二百、妇人十馀泊射藔港，携食物什具农器，及花果草木各种，分植龟潭、后湾，为久居计。窥我兵力不厚，仍肆要求。沈葆桢请派水师提督彭楚汉率师来台湾。日旋增兵驻风港。沈葆桢急饬营将王开俊由东港进驻枋藔，以戴德一营由凤山驻东港为后应。日人水野遵入猪朥索、高士佛诸社，又自后湾开道达龟山巅，其风港之营将分驻平埔为援应。因遣其通事彭城中平至琅軿，谒委员周有基，讯中国四处布兵何意。有基以巡察应之。葆桢照会日将，劝令回兵。时李鸿章亦深虑台地兵单。及沈葆桢请借拨洋枪队，即奏以提督唐定奎统军赴台湾助防。葆桢亦奏称：“澎湖为台、厦命脉所关，守备单弱，非大枝劲旅，仍无以壮民气而戢戎心。请催迅速前来，庶台、澎气脉藉以灵通，金、厦诸防亦资巩固。”奉旨俞允。潘霨又偕前署镇曾元福等赴凤山旧城募土勇，并励乡团。因亲履海口之打鼓山等处，踏勘要隘，建立兵栅，以待淮军分驻。
是月柳原前光入京先谒李鸿章，鸿章遣道员孙士达往答拜，属以到京后勿言兵费及请觐两事。日本又遣大久保利通入京。美领事毕德格复出任调停，说鸿章仍允照柳原原议三条，并加抚恤赔命。
初，日人刘穆斋在花莲港遭风，破船失银，称社番盗劫。沈葆桢命夏献纶集讯其地居人及船户，查无劫掠失银之事。惟日人欲从生番租地，给有洋银，番目来益不受而止，并缴出日本前给旗物。葆桢因奏言：“日本和约第三条，禁商民不准诱惑土人；第十四条，约沿海未经指定口岸，不准驶入；第二十七条，船只如到不准通商口岸私作买卖，准地方官查拿。今台后歧莱地方，中国所辖，并非通商口岸。此次前赴歧莱之成富清风等，携游历执照，勾引土番，均违和约。现已确查歧莱各社并无窃盗银物。其缴出旗、扇各件，当即发交苏松太道，转给驻沪日本领事收回，将游历执照追销。其违约妄为之处，应由彼国自行查办。并录民、番供结，咨呈总署，牒其外务省，转饬日本领事照章办理，以弭衅端。”从之。命速修安平炮台，及筹办铁甲船。续谕：“日本虽未启兵端，然日久相持，终非了局。现淮军续抵凤山，罗大春业抵苏澳、沪尾、鸡笼等口，调兵扼紥。”葆桢於是设防益严，日人乃谋撤兵。而西乡从道仍迁延不即退，欲牡丹社赔给兵费。
柳原前光既至京，先递照会有“台湾生番为无主野蛮，本不必问之中国”之语。先请觐见。总署责以：“台湾生番系中国地，不应称为‘无主野蛮’。迭次来京，并未与中国商明，何以捏称中国允许日本自行办理？”柳原前光答辩。久之，始议定三条，给抚恤银十万，再给修道建房费四十万两，定期撤兵付银，互换条约。於是大久保往琅軿，命领事福岛九成谒沈葆桢陈五事：一，请派人受代；一，请撤销两国大臣来往公文；一，请被害遗骸於收埋处建碑表墓，并许日人以后登岸扫祭；一，请以后台湾交涉事件，由中国官交厦门领事。葆桢以抚局已成，允之。惟於登岸扫祭一节，覆以须有领事官钤印执照，祭毕即归。遂各遣员交代。事讫，西乡从道率兵去。
光绪元年八月，日本署公使郑永宁牒中国，请补正前约。李鸿章令津、沪两道详议，复将各条逐加查核，因致总署云：“通商章程第二十八款，进出口税未便一例，及日本进口税则第八十三条毼布类，又日入至日出不准开封锁舱，应行更正补载等事，可以照准。但换定之约，不便改写，祗可由总署另给照覆，附刊章程之后。至鸦片严定罚款一条，彼国既有各国贸易通例，或可权宜照办，无须补列。查曾国藩预筹日本议约奏内亦云，彼国严禁传教与鸦片，中国犯者即由中国驻员惩办，或解回本省审办，而郑署使照会末段，华民归彼地方官照料，是中国遣理事官一端，实有难再从缓之势。查横滨、长崎、神户三处华民最多，总理事官驻最要之口，各口即选各帮公正司事，俾为副理事官，遇事妥商办理，实与中外大局有裨，应主持早办。”总署亦以为然。会日使议改章，欲於鸦片进口照西例加倍严罚，李鸿章亦援西例与争。议久不决。
是秋，日本派使臣带兵船往朝鲜攻毁炮台，以朝鲜炮击日船，特遣森有礼为驻华公使，要求总署发给护照，派人前往，又欲代递文信。总署坚拒。李鸿章谓宜由总署致书朝鲜政府，劝其以礼接待，或更遣使赴日本报聘，辨明开炮轰船原委，以释疑怨，为息事宁人之计。总署即派办理大臣往问朝鲜政府。朝鲜政府颇不原与日本通商往来，而日使森有礼往谒李鸿章，则以高丽非中国属邦为词。因提出条件三：一，高丽以后接待日本使臣；一，日本或有被风船只，代为照料；一，商船测量海礁，不要计较。鸿章答以高丽系中国属国。事既显违条约，中国岂能不问，森使急求与高丽通好，鸿章请徐之。
二年八月，始命直隶候补道许钤身出使日本，拟设理事、副理事各员。日使森有礼诣李鸿章，谓中国商民向由日本地方官管理。中国若派领事官前往，恐日本不肯承认。鸿章答以同治十年修好条规第八条云，两国指定各口，彼此均可设理事官。兹照约选派理事，日本何能不认？日本自订约后，在上海、厦门、天津设立领事，中国无不照约招待。彼此一例，何能稍有区别？森使乃不复言。
是年，日本屯兵琉球。福建巡抚丁日昌以琉球距台北鸡笼，水程不过千里，请统筹全局以防窥伺，报可。三年三月，日本因内乱，来借士乃得枪子百万，政府以十万应之。五月，琉球国王密遣陪臣赍咨赴闽，诉日本阻贡物。闽浙总督何璟等以闻，并出使日本大臣何如璋。如璋乃往日本外务寺岛宗则商议，并照会其外务卿，延不答覆。五年正月，日人驱遣琉球官员之在日本者，令回琉球，并派内务大丞松田往琉球，废琉球为郡县，并令改用纪元。如璋函报总署，复亲往见其内务卿伊藤博文及外务卿，皆不得要领。时有美前总统格兰忒者，游历来华，又将有日本之行。鸿章因以琉球事相讬，格兰忒慨然以调处自任。及至日本，以琉球各岛本分三部，商拟将中部归球立君复国，中、东两国各设领事保护，其南部近台湾，为中国属地，割隶中国，北部近萨摩岛，为日本属地，割隶日本，冀可息事。而日本总称琉球为己属国，改球为县，系其内政。格兰忒请另派大员会商。李鸿章因达总署，请照会日本外务省，请其另派大员来华会商。而日本则欲中国另派大员前往东京，或如光绪二年在烟台会议。李鸿章执不许。
会俄因废约事，与中国肇衅。詹事府左庶子张之洞奏：“俄人恃日本为后路，宜速联络日本。所议商务，可允者早允，但得彼国两不相助，俄事自沮。”政府得奏，因徇日使■户玑之请，以南部宫古、八重山二岛归中国，而加入内地通商照各国利益均霑之条。■户玑又以本国现与西洋各国商议增加关税、管辖商民两事，美国已允，请一并加入条约。总署以日本既与各国商议，俟日本与各国订定后，再彼此酌议，暂不并加入约。已定议矣，而右庶子陈宝琛以俄事垂定，球案不宜遽结，日约不可轻许上言。两江总督刘坤一、出使日本大臣黎庶昌、内阁学士黄体芳各有建议，皆不果行。八年十二月，李鸿章复与总署议球案，欲就前议中国封贡议结，仍不决。
十年九月，日本公使榎本武扬请於登州、牛庄二口运豆饼。政府以非条约所有。李鸿章谓：“同治元年总署徇英使之请，暂弛豆禁，而已开竟难禁止。同治八年，沪上洋商雇用轮船径从牛庄装豆运往长崎，当经总署饬总税司查禁议罚，不果。以后豆石渐多流入东洋，旋值中、日订约，其时豆禁开已十年。日使援例为请，但允以通商别口买运，至登、牛两处，仍坚持不许。榎使所请，仅豆饼一项。中日通商章程载明年限届满，两国方可会商酌改。今尚未订改期，若婉辞以缓，至重修商办，似无不可。如仍哓渎，应予通融，声明原约其馀各款照旧信守，庶於羁縻之中，仍寓限制之义。”
会朝鲜乱，日本进兵，以保护使馆为名，又以中国兵枪伤日本兵为口实，十一年正月，派参议伊藤博文为全权大臣，来华议事，并递国书，进谒李鸿章。初日本敕书内有“议办前日案件，妥商善后方法”之语，李鸿章以为隐括朝案宗旨。伊藤开议要求三事：一，撤回华军；二，议处统将；三，偿恤难民。鸿章以撤兵一节尚可商议，议处统将、偿恤难民，力争不许。函致总署，谓议处、偿血卩两层，纵不能悉如所请，须求酌允其一。但我军入宫保护，名正言顺，交战亦非得已，断无再加惩处之理。伊藤强请三事皆允，鸿章只允撤兵，并要同撤，伊藤亦允。吴大澂拟四条，送交伊藤：一，一同撤兵；二，练兵各营，须有中国教习武弁若干人，定立年限，年满再行撤回；三，以后朝鲜与日本商民争端，日本派员查办，不得带兵，中国亦然；四，朝鲜如有内乱，朝王若请中国派兵，自与日本无涉，事定亦即撤兵，不再留防。伊藤不以为然，自出所拟条款：一，议定将来中、日两国永不派兵驻朝；二，前约款仍与中、日两国战时之权无干，若他国与朝鲜或有战争，或朝鲜有叛乱，亦不在前条之例；三，将来在朝鲜如有中、日两国交涉，或一国与朝鲜交涉，两国各派员商办；四，朝鲜教练兵士，宜由朝鲜选他国武弁一员或数员教练；五，两国驻朝兵，於画押盖印后四个月限尽撤。鸿章以伊藤所拟五条，意在将来彼此永不派兵驻朝，辨駮不允。旋奉旨：“撤兵可允，永不派兵不可允；至教练兵士一节，亦须言定两国均不派员为要。”鸿章奉旨后，与伊藤会议，因议将前五条改为三条：一，议定两国撤兵日期；二，中、日均勿派员在朝教练；三，朝鲜若有变乱重大事件，两国或一国要派兵，应先互行文知照。遂定议，而於议处、偿恤仍不许。惟因当时日兵实被我军击败伤亡，鸿章因牒日本致惋惜，并自行文戒饬官兵，以明出自己意，与国家不相干涉。三月初四日，立约画押，是为中日天津会议专条。
十二年五月，日本公使盐田议修约，李鸿章以为宜缓，因致总署，谓：“日廷现与欧、美各国改约，应俟彼商定后，我再与议，庶可将西国所订各款参酌办理。又球案亦当并商妥结，免致彼此久存芥蒂。请总署酌夺。”旋因长崎兵捕互斗案出，暂置未议，而琉球遂属於日，不复议及矣。
十三年正月，盐田因崎案已结，请催修约，总署仍令李鸿章核覆。鸿章谓：“原约分修好条规、通商章程为二。条规首段声明彼此信守，历久弗渝。通商章程第三十二款则声明现定章程十年重修。）是章程可会商酌改，条规并无可改之说。至通商章程，大致本与西约无甚悬殊。惟第十四、五款，不准日人运洋货入内地、赴内地买土货，为最要关键。当时伊藤与柳原前光为此两款力争，鸿章坚持不改。今日稿第一款内，一曰遵守彼国通商章程，再曰遵守清国与各与国所缔通商章程，固寓一体均霑之意，实欲将十四、五款删除，关系甚大，请缓议。”时日本伊藤博文新秉政，仍欲中国派全权商议，卒不果。
二十年三月，朝鲜东学党乱作，乞援於中国，中国派兵前往，日本旋亦以兵往。李鸿章电驻日公使汪凤藻，与日本政府抗议，日仍陆续出兵。及事平，驻韩道员袁世凯牒日本驻韩公使大鸟圭介，援约同时撤兵。日本外务省提出三项：一，中、日两国兵协同平定韩国内乱；二，乱定后，两国各设委员於京城，监督财政及吏治；三，募集公债，以为朝鲜改革经费。总署电令汪凤藻答覆，略谓朝鲜内政，应由朝鲜自由改革，不应干预。日本政府覆凤藻，谓朝鲜缺独立资格，日本为邻邦交谊，不能不代谋救济。既又提出二条件，谓无论中国政府赞成提案与否，日本军队决不撤回。中国主撤兵再议，日本则要求议定再撤兵，持久不下。
七月，日本遂宣战，误击沈高升英船。时日本寓华商民，属美领事保护，中国寓日商民，亦讬美保护，美使调停无效。及战事起，提督叶志超、卫汝贵守平壤牙山，先溃，左宝贵阵亡，海军继败。於是日军渡鸭绿江，九连城、凤凰城、金州、海城、大连、旅顺、盖平、营口、登州次第失守，又破威海卫，袭刘公岛，降提督丁汝昌，海军舰尽熸。
初，日人志在朝鲜，至是并欲中国割地赔费，指索台湾，又提出四条件：一，派大员往东洋议约；二，赔兵费五万万；三，割旅顺及凤凰城以东地；四，韩为自主之邦。二十一年正月，命张荫桓、邵友濂赴日本议和，拒不纳，乃再以李鸿章为全权。鸿章至日本，日本派伊藤博文、陆奥宗光为全权大臣，与鸿章会议於马关，月馀不决。鸿章旋为日本刺客所伤，又命其子李经芳为全权帮办，卒订约十一款：认朝鲜独立，割辽南及台湾，赔款二万万，且许以内地通商、内河行轮、制造土货等事，暂行停战。
张之洞、刘坤一等闻之，亟电力争。俄国亦约法、德劝日让还辽南。日索交台湾益亟，朝旨命台湾巡抚唐景崧交台，台民汹汹欲变，并引公法力争。政府不得已，又因王文韶、刘坤一电阻，乃谕之曰：“新定和约，让地两处，赔款二万万，日人坚执非此不能罢兵。连日廷臣来奏，皆以和约为必不可准。目前事机至迫，和战两事，利害攸关，即应主断。”命直陈。又命李鸿章覆电伊藤展期。鸿章以原议批准电知，若改约另议，適速其决裂，请暂行批换。乃派道员伍廷芳、联元等往烟台换约。初限期四月十四日。及伍廷芳等至烟台，日使伊东美久治请速换约，限十四日申刻。廷芳駮以停战至十四夜子刻为止，乃听稍缓。亥刻换讫，伊东美久治即行。会台湾民变，将劫唐景崧、刘永福守台，别求各国查照公法，从公剖断。於是日派水师提督桦山资纪赴台，限日交割。政府乃派李经芳为交付台湾大臣。经芳之澎湖，与桦山指交於舟次。自是台湾属日矣。
寻议还辽，日派林董为全权，与李鸿章议商，辩论久不决。嗣定议分为六款：一，还辽南地；二，偿兵费三千万；三，交款三个月以内撤兵；四，宽贷日本军队占踞之间所有关涉日本之中国臣民；五，汉文、日本文遇有解译不同之处，以英文为凭；六，两国批准自署名盖印之日起，遂在北京互换。复订专条，於定议五日内互相达知，以期迅速。是为中日辽南条约。
先是中日新约第六款所列各条，如苏州、杭州、重庆、沙市等处添设口岸，听其任便往来；第二条，日本轮船得驶入各口搭客运货；第三条，日本臣民得在中国内地购买经工货件若自生之物；第四条，日本臣民得在中国制造各项工艺，又得将各项机器装运进口，止交进口税，日本在中国制造一切货物，即照日本运入中国货物一体办理等节：朝廷因损失利权，欲挽救之。又值通商行船章程将开议，乃命中外臣工筹议。廖寿丰、谭继洵、鹿传霖均有论奏，而张之洞言尤切直，并拟办法十九条，电总署代奏：“一，宁波口岸并无租界名目，洋商所居地在江北岸，即名曰洋人寄居之地，其巡捕一切，由浙海关道出费雇募洋人充当。今日本新开苏、杭、沙市三处口岸，系在内地，与海口不同，应照宁波章程，不设租界名目，但指定地段纵横四至，名为通商场。其地方人民管辖之权，仍归中国，其巡捕、缉匪、修路一切，俱由地方官出资募人办理，不准日人自设巡捕，以免侵我辖地之权。二，制造货物，自系单指通商口岸而言，华文有含混内地之意，须更正。‘任便’两字太宽，宜议定限制。三，出示晓谕产货地方，须先完坐贾釐捐，方准售卖。无论洋商、华商，一律办理。日本人在内地购买土货，只可暂行租栈存放，不准自行开行，及自向散户收买，以免夺我产货地方坐贾釐税，且杜华商影射洋票漏釐。四，内地收买土货，准其租栈暂存，不准购买房地、悬挂招牌。所买土货，务须运载出口，不得在内地转售。洋货运入内地，须大宗贩卖，不准零售。租栈应给地方公举费用，须照华民房屋一律摊派。五，日本人在内地制造土货，出厂后即完正税一道，运出通商地界，无论行销内地及运出外洋，均须再完半税一道。六，通商章程善后条约第二款所载各项器用食物进口，通商各口皆准免税，原为洋商在各口岸自用。若作货物转售，应照值百抽五纳税，不得藉口家用杂物蒙混免税。七，日本轮船不准贩运食盐。八，米穀、铜钱不准贩运出洋。九，军火禁贩，非有官买执照，不准进口。十，日本轮船不准拖带民船，免致影射漏釐。十一，日本行内河轮船，尺寸大小、时刻早晚，须有限制，以免伤碍民船。十二，日本轮船只准到指定口岸装卸人货，不准沿途起卸搭载。十三，内河轮船应收船钞，须较长江加多，以备修理河道之费。十四，日本人入内地办货卖货，不准薙发改为华装，违者查出即作华人照奸细治罪。十五，雇用华民工作，须按日给值，听其自原，不得立约限期，抑勒作工，鞭挞虐待。十六，装运机器，制造各物，须无伤民命，方能照准，不得以‘任便’两字藉口。十七，船只非日本商人购置，行户藉日本商资本不得悬挂日本旗，若有冒名包庇，查出即行充公。十八，制造各厂，如有藏匿犯法华人，一面由地方官知照领事，一面即派人到厂缉拏，厂主不得袒庇。如厂主确知为好人，须照洋例存银作保，到审讯日交出候审。十九，厂内如有华工滋闹，毁伤机器厂屋，地方官只能办犯，不能赔偿。若仅罢工细故，应由厂主自行调停，官不与闻。”於是派张荫桓为全权大臣，与日本使臣林董议商约。林董交约稿四十款，之洞致总署请駮辩，即由全权另拟约本与林董议，屡延不决。是年开苏州商埠，日人欲即行船，总署以租界未定，税关未设，行船不便。日本又欲於租界设巡捕、立工程等局，总署援宁波章程，复不允。
二十二年正月，商约开议，张荫桓将日使原稿駮删九款，駮改七款。惟第三十四款，日本官商财产，遇有办理案件，均照相待最优之国一律；第三十五款，日本商民所有事件，均照中国臣民、中国船、中国货并相待最优之国臣民、船货一律相待；第三十六款，他国国家官员、船货、人民得有利益，日本一律同获其美：此三款日本旧约皆不得与各国均霑，不能过拒，乃照英约第二十四款，改作一条，删此三款。遂定议。初，马关约准开四口，本有均照向开海口及内地镇市章程办理之言。中国欲以宁波办法为程，日本欲取法上海章程专管租界之条，乃不得不允矣。
是年开四口租界。初开沙市租界，因地洼下，要中国筑堤，中国以与各国通例不符，却之。又索汉口城外德国租界起沿江之地长三百丈作租界，中国以所索地在中国兴办铁路应用限内，不许，惟许在德界千丈以外，偪近铁路，让给租界三百丈。因声明两条入条款：“一，偪近铁路江岸，日本一年须自筑堤岸，以资保障；二，所给界内轨道穿过之处，已为铁路购用，若干方数内，应仍归铁路总公司管业，两不相碍”等语。二十四年三月，日使至总署，请沙市租界未定以前，日商运货暂免釐金，许之。
是月侨寓沙市湘人，因与招商局起衅，延烧日本领事馆，驻沙日领事永泷诉於日本公使矢野，要求五事；已，复提四条：一，索赔一万八千两；二，以八万六千馀两作沿江堤费，两国各半；三，专界内道路免价豁租；四，界内租地价酌行核减。张之洞即电总署，谓：“一条索赔一万八千两一节，拟允给一万两。第二条以八万六千馀两作沿江堤费两国各半一节，彼此两益，事属可行，当照允。第三条专界内道路免价豁租一节，其租可免，地价未便不给。第四条界内租地价酌行核减一节，可行，当照允。”案旋结。五月，准中国商民居住日本专界，援德界例也。六月，驻沙日领事请地价减一半，道路沟渠地价认十分之一，许之。七月，命派学生游学日本。十月，日使矢野又请中国南北洋、湖北三处各派武备学生前往肄业。
二十六年春，拳匪起，连戕日本使馆书记生杉山彬、德使克林德，各国皆出兵。日本福岛正安统兵赴津。六月，与各国联军攻天津城。七月二十日，入京师。时政府已特召李鸿章，未至而京师陷，两宫出狩。日本外部电告李鸿章等维持中国善后。福岛正安请速奕劻返京，奕劻遂有全权大臣之命，与李鸿章同议和。適盛京将军增祺与俄擅定暂约，日本外部谓公约未定，不应立私约，俄约应归公议，与英、德同。然劝俄讫不应。时祸首已惩办，公约亦定，朝廷因日本使馆书记生杉山彬被害，特简户部侍郎那桐为专使，赴日本道歉，所得偿款四百五十兆，日本应得三千七百九十三万一千两，惟以俄不退东三省、俄约不归公议为言。
二十八年三月，日本领事小田切奉其政府命诣张之洞：一，告阻止俄约情形；二，劝中国收买洋药；三，劝江、鄂会奏改东三省官制章程；四，欲与中国商人合开银行；五，欲与招商局合办推广江海轮船。既又谈商约三条：一曰美使不原加税，日本意与美同；二曰长沙、常德开口岸；三曰米穀出洋。张之洞分别答辨，并将所言致书商约大臣吕海寰等核议。未几，日本商税使日置益、小田切又送新约十款，大抵皆抽税、免釐、行轮、开埠、居住、合股等特殊利益。时方议英约，中国只欲於英约已允者照办，未允者不允。屡议不行。九月，改派伍廷芳充商约大臣，并派袁世凯会议。日本於加税免釐，仍不允如英约加至十二五，仅允值百抽十，并欲将由日本运进中国之煤炭、棉纱及一切棉货概不加税，尤与英约相背。中国不允。惟第三款川江设施拖揽，第四款内港行轮及修补章程，第七款中、日商民合股经营，第八款保护商牌，第九款改定国币，均为英约所有，允之。又於商牌款内议增保护版权一事，内港行轮款后议增照会声明，往来东三省轮船亦系照内港章程办理，不能駮拒。此外第五款索开各处口岸，第六款口岸城镇任便居住，第九款第二节釐饬度量权衡，第十款请运米穀出口，均駮拒不允。日使内田康哉赴部晤商，又提出北京开埠、加税免釐、米穀出口三条，欲在京与张之洞议，馀仍归沪定。时之洞在京，外务部答以不能两处分议，遂暂停。
十月，汉口因议给比利时界增日本租界。初，日本索租界三百方丈，止允给一百方丈，留二百方丈备中国公司之用。当时日使言明，日界外地如别有馀地让给他国，日本仍须照原议添索二百方丈。兹议给比界中仅馀地约三百丈，拟添给日本租界一百五十丈，仍画留约一百五十丈立作华业公司地界，以备中国官商自用。日本犹争不许。日本议设两湖轮船公司，欲华洋合股，不果。是月，撤驻氵扈日兵。
寻复议约。日使内田康哉与张之洞在京会议，研商数月，始渐就绪。即致总署，谓我所索允者三事：一，照各国一律加税；一，查禁违碍书报；一，中国人民在日本者，极力优待。駮辩删去者三事：一，请运米穀出口；一，口岸城镇任便居住；一，常德府等九处口岸。以要索为抵制者一事：各国护路护馆兵队全撤后，北京方能开埠。因有益於中国商民，可除积弊，而许其入约者，度量权衡一款；照沪议原文增改字句者，改定国币一款，内港行轮一款，川江设施拖揽一款；因英已有而许其入约定议者，长沙通商一款。馀皆仍照沪议原文。又致外务部及吕海寰等，谓日约东三省开埠，言明悉照美约文法，惟安东县改大东沟，缘大东沟系日本原议所索。嗣增索安东县，再三商駮，内田始允仍将安东县删去。遂定议，於二十九年八月十八日在沪画押，是为日本商约。是年与日使议索还前借汉口大阪马头，仍未还。又盛宣怀与日本立汉冶矿石借款合同，数三百万元，息六釐，预定三十年还清，不还现银，以矿价扣还。
三十年，日商三井在汉厂购生铁一万六千顿，值日俄战起，中国虑於局外中立有碍，拟阻止。会日本领事永泷来函，谓订运生铁，不在战时禁货之列，日使亦来函声明，作为商工制造之用，不得以禁货论，遂许运。三十一年，日战胜俄，两国议和，政府令外务部照会日、俄，谓关涉中国之事，若中国不与闻者，中国将来断不承认。是年十一月二十六日，外务部庆亲王奕劻与日本大使小村寿太郎、公使内田康哉订新约。正约三款：一，凡俄国允让之利益，中政府悉承诺之；二，凡中、俄所订借地造路等项，日本悉照约履行；三，此约签字即便施行。附约十二款：一，中国将东三省自行开辟商埠；二、三，撤兵事宜；四，日本允将所占公私产业，在撤兵前后交还；六、七、八，安奉、南满铁道建筑事宜；九，另订奉天日本租界办法；十，鸭绿江右岸设中日木植公司；十一、十二，中、日彼此以最优国相待遇。
三十二年，日人设立南满洲铁道株式会社，并於关东州置都督府，另设领事五人，总领事驻奉天。安奉铁道外有间岛领土权，抚顺炭坑、新法铁道、营口支线、新奉、吉长两铁道借款诸事，经东三省总督赵尔巽、徐世昌及外务部尚书袁世凯先后与日使争议，久不决。
三十三年三月，外务部大臣那桐与日本驻京公使林权助订中日新奉吉长铁路协约七条：一、二，中国以日金一百六十六万元收买日本所已造之新奉铁路，其续造辽河以东一段及自造吉长铁路需款，均向南满洲公司筹借半款。三，除还清期限外，均照山海关内外铁路借款合同办理。其主要事务，又开列六条：甲，借款还清期限，辽河以东十六年，吉长二十五年，限前不得还清；乙，借款以铁路产业及进款作保，未还清以前，不得以此作他项借款之抵保物，中国自行筹款建筑他路，与南满洲公司无涉；丙，借款本息，由中国政府作保，到期爽约，应由政府代还，或将产业交公司暂管；丁，在借款期内，总工程师应用日本人，并添派铁路日帐房一员；戊，如遇军务、赈务，政府在各路运送兵食，均不给价；己，各路进款，应存日本国银行。四，与南满洲铁路公司订立关於辽河以东之借款合同，及吉长铁路借款合同。五，中国奉新、吉长铁路，均应与南满洲铁路联络，派员会订章程。六，借款实收价值，照中国最近与他国借款酌定。此约结后，日人又要求吉长铁路延长至延吉厅南境，以与韩国会宁铁道相联，且照吉长铁道例，於南满铁道会社借资本之半数筑之。政府不允，遂成悬案。
三十四年，日使忽提出安奉铁道案，要求解决。先是满洲善后协约之附约，允安奉铁道仍归日本经营，改为工商业铁道，规定自此路竣工日起，以十五年为限。至是复提议。邮传部乃派委员与日本委员会勘改良之新路线。日政府又要求勘定路线即行收买地基。东三省总督锡良祗许按旧线改筑，要求日本撤退铁道守备兵与警察等事，日本不允，令铁道会社自由起工，海陆皆作警备。乃命锡良会同奉天巡抚程德全与日本奉天总领事缔结安奉铁道协约，此宣统元年七月事也。协约要目如左：一，中国确认前次两国委员勘定之路线，陈相屯至奉天一段，由两国再协议决定；二，轨道与京奉铁道同样；三，此约调印之当日，即协议购买土地及一切细目；四，此约调印之翌日，即行急进工事；五，沿铁道之中国地方官，关於施行工事，应妥为照料。
未几，间岛之争议又起。先是，康熙年间，政府与朝鲜划定国境，於鸭绿江、图们江水源之长白山上树立界碑，规定西以鸭绿江、东以图们江为两国国境。因图们江中有江通滩，地面不及二千亩，因地居江间，四面环水，故以“间岛”呼之。此岛向属吉林，惟皇室以长白山一带为发祥之地，不许人民移居，因之吉林东部所在人烟稀少，间岛愈形荒僻。同治间，朝鲜钟城岁饥，其民多渡图们江移居间岛，按年纳地租於我国光霁峪经历署。光绪初年，朝鲜人忽请免纳地租，政府以主权攸关，令朝鲜人退出间岛，不果，乃置延吉厅以治之，间岛仍准朝鲜人民居住，按纳地租。
日俄战后，日本伊藤统监命斋藤中佐率兵据之。政府与日使交涉，日使谓光霁峪以东为东间岛，和龙峪一带为西间岛，系两国未定之界。且谓长白山上界碑载土门江为界，朝鲜人称海兰河为“土门河”，图们江系豆满江，非“土门江”，中、韩国境实为海兰河。中国以“土门”、“豆满”、“图们”均系一音之转，图们江北岸界碑矻立，凿凿可据。且光绪十三年，朝鲜王致北洋大臣书，声明鸭绿江、豆满江为两国境界，是豆满江即土门江无疑，执不许。至是，日使伊集院彦吉与外务部尚书梁敦彦重提旧案，缔间岛条约：一，中、日两国协约以图们江为中、韩两国国境，其江源地方以界碑为起点，依石乙水为界；二，中国准外国人居住龙井村、局子街、头道沟、百草沟等处贸易，日本於此等地方得设置领事馆；三，中国准韩国人民在图们江北之垦地居住；四，图们江垦地之韩人，服从中国法权，归中国地方官管辖及裁判，中国官吏於此等韩人与中国人一律待遇，所有纳税及其他一切行政上处分，亦同於中国人；五，韩人诉讼事件，由中国官吏按中国法律秉公办理，日本领事或委员可任便到堂听审，惟人命重案，则须先行知日领事到堂，如中国有不按法律判断之处，日领事可请覆审；六，图们江杂居区域内韩人之财产，中国地方官视同中国人民财产，一律保护，该江沿岸，彼此人民得任便往来，惟无护照公文，不得持械过境；七，中国将吉长铁道延长至延吉南边界，与朝鲜会宁铁道联络，一切办理与吉长铁道同；八，本协约调印后，日本统监府派出所及文武人员於两月内完全撤退。是约既成，政府以吴禄贞为延吉边务大臣。
嗣议五案协约，即新法铁道，营口支线，抚顺、烟台炭矿，安奉铁道沿线及南满铁道幹路沿线之矿务是也。新法铁道者，新民屯至法库门之铁道，政府欲借英款筑造此路，以分南满铁道之势力，日本谓系南满铁道竞争线，极力抗议。营口支线者，光绪二十五年东清铁道会社规定筑造旅顺、哈尔滨间之铁道，得设营口支线，以运送材料，俟铁道落成后拆去。日俄战争后，南满铁道归日本，政府要求日本拆此支线，日本不允。抚顺炭矿，距奉天城东六十里，日公使以此地炭矿为东清铁道附属品，利权应归日本。政府以炭山在东清铁道三十里外，不认为附属财产，日使不允；并烟台炭矿均成悬案。因安奉铁道交涉，定约如下：一，中国如筑新法铁道时，当先与日本商议；二，中国允日本营口支路，俟南满铁道期限满，同时交还，并允将该支线延长至营口新市街；三，中国承认日本有开采抚顺、烟台两处炭矿之权，日本承认该两处开采之煤斤纳税与中国，惟税率应按照中国他处最轻煤税之例，另行协定，其矿界及一切章程，亦另委员定之；四，安奉铁道沿线及南满洲铁道幹路沿线之矿务，除抚顺、烟台外，应按照光绪三十三年东三省督抚与奉天日本总领事议定之大纲，归中、日合办；五，京奉铁道沿长至奉天城根一节，日本无异议。自此南满洲大势遂一变矣。
吉长、新奉两路借款细目，旋亦议定。其后锦齐铁道、渤海渔权与领海、鸭绿江架桥、南满铁道附属电线、收买日本辽东方面军用电线及旅顺芝罘间海底电线诸交涉，次第起焉。锦齐铁道者，即自锦州经洮南至齐齐哈尔之铁道也。日本原允中国自修，惟要求昌图洮南间之铁道归日本筑造。及满洲诸协约成，英、美争锦齐铁道借款，迭与中国交涉，事皆中阻。渤海渔业与领海交涉，自光绪三十二年，中国课关东渔业团渔税，迭经日本领事要求住关东之日本人有满洲沿岸渔业权，日本渔团因避税，全出距海岸三海里外海面。东督锡良通告日本领事，谓三海里外之海面系中国领海，应准中国渔业规则课税。日本领事以三海里外为公海，反抗之。鸭绿江驾桥，联络满、韩，议定依安奉铁道契约，十五年后卖还中国。南满铁道附属电线，原中国所设，日本占有之，后取供公用，中国抗争无效。又日俄战争时，日本在南满洲所设军用电线，战局终，应归中国收买，日本初起反抗，后始归中国收买。旅顺芝罘之海底电线，系俄国布设，战时皆断绝。至此，日本要求依该海底电线直通芝罘之日本电线局，为中国所拒。卒以距芝罘海岸七里半以内之一部归中国，馀尽属诸日本。其后复有日俄协约之议，於是东三省大势又一变矣。