朱熹，字元晦，一字仲晦，徽州婺源人。父亲朱松，字乔年。曾录取为进士。胡世将、谢克家举荐他，朝廷任命他为秘书省正字。赵鼎都督川陕、荆襄军马时，招朱松为幕僚，被推辞。赵鼎再次任宰相，任命朱松为校书郎，迁升任著作郎。因为御史中丞常同的推荐，被任为度支员外郎、兼任史馆校勘，历任司勋、吏部郎。秦桧决定与金国议和，朱松与同僚上奏章，极力主张不可以与金国议和。秦桧恼怒，示意御史弹劾朱松与朝廷有异心，而自认为是贤才，结果让朱松离朝出任饶州知州，还未上任，朱松便死了。
朱熹从小聪颖理解力强，刚能讲话时，父亲指着天告诉他说：“这是天。”朱熹问道“：天的上面是什么？”父亲感到惊异。从师受学时，教他读《孝经》，读过一遍，朱熹在书上题写道：“不能这样做，不是人。”朱熹曾经和一群儿童在沙子上玩耍，他独自端端正正地坐着，用手指在沙土上画，看他画的图形，是一幅八卦图。十八岁时参加乡贡考试合格，绍兴十八年(1148)录取为进士。担任泉州同安县主簿时，他挑选县里优秀的人才当自己的学生，每天给他们讲授古代圣贤讲求个人修养和治理百姓的学问，禁止妇女出家当尼姑道姑。朱熹罢官回乡，请求管理一个祠观，朝廷派他监潭州南岳庙。第二年，因朝廷中的大臣举荐，和徐度、吕广问、韩元吉同时被朝廷召见，朱熹以生病辞谢了。
孝宗即皇帝位，下诏要求朝臣直言朝政得失。朱熹陈上密封的奏章说“：皇上虽没有过失，但为帝王的学问却不可以不熟讲。朝政虽没有缺误，但修明朝政、抵御外敌的大计却不可不早日决定。利害忧乐虽不可能全面列举，但事关国家的根本问题却不可以不加留意。陛下在培养自己品德的初期，亲自批阅文献奏疏，不过是诵读诗文章句，吟咏情性，又特别留意道家、佛教的书籍。记诵诗文的词藻，并不能够探讨事物发展的渊源而制定出治国之道；道家的虚无和佛家的寂灭，并不能够贯穿万物的始终而建立适当的大中之道。帝王的学问，必须先穷究事物的本原而获得知识，以便透彻地认识事物的变化，使世间万物的道理，都能存在于心中，对事物的纤细微末之处全都看得透彻，就会自然意念真诚，心地端正，而可以治理好天下的事情。”其次说：“修明朝政，抵御外敌的方针之所以不能及时制定，是被讲和的论调给耽误了。金人是宋朝不共戴天的仇敌，不可能和好是很明显的了。我希望根据公道、正义果断地做出决定，封闭关隘，断绝和约。任用贤明能干的人才，确立国家法度，纯洁士风民俗。几年以后，国家富足，军队强大，根据我国力量的强弱，观察金人内部裂痕的深浅，慢慢起兵设法打败他们。”再接着说：“全国的利害，在于百姓的快乐与忧虑，百姓的安危忧乐，在于地方官员是否贤明。监司机构是监督地方官员的主要机关，而朝廷是委任监司机构官员的根本之地。要想让百姓安居乐业，各得其所，根源也在于朝廷了。现在的监司机构及其官员，狼狈为奸，贪赃枉法，大肆地掳掠、害民的官员，主要就是宰相、台谏的亲戚、故旧、门生、朋友。他们中失去了权势的人，曾经按他们所得的私利情况而罢逐了他们；还在当权的那些人，难道没有谋私利的吗？敬请陛下亲自去了解。”
隆兴元年(1163)，又被朝廷召见。入朝奏对治策，其中第一点说：“大学的道理在于穷究事物的本原而获得知识。陛下虽然有生而知之的天性，优秀于普通人的行为，但没有能够按照事物的发展变化来观察治世的道理，按照这个道理以适应国事的治理。这是因为在采取治国措施的过程中还有疑问而犹豫不决，而听从臣僚的意见时又不免有欺骗隐瞒的地方，所以治国平天下的效果不是很明显。”第二点说“：君主父皇的仇耻与金人不共戴天。现在所应该做的，就是不同金人作战就不能复仇，不坚守边关就不能取得胜利。”所以暂且陈上古代先圣贤哲帝王们怎样发奋图强，巩固根本，威慑、制服边远之地的夷敌们的强国之道。当时宰相汤思退刚刚倡导同金讲和，任命朱熹担任武学博士，等待上任。乾道元年(1165)，催促他上任就职，到了任上而适逢洪适担任宰相，又主张同金讲和，因观点不相同，朱熹回乡了。
三年(1167)，陈俊卿、刘珙推荐他为枢密院编修官，等待上任。五年(1169)，因妻子去世回故里服丧。六年(1170)，工部侍郎胡铨把他作为诗人推荐于朝廷，他与王庭王圭同时被召见，他以没有服完丧事为由请求辞职。七年(1171)，服丧已完，又被召请，他以俸禄不能养家而推辞。九年(1173)，梁克家担任宰相，申述从前的召命，又被推辞。梁克家上奏朱熹多次召他任官而不就职，应该得到褒奖鼓励，大臣执政都称赞这个建议。皇上说：“朱熹安于贫穷，遵守廉道，廉洁、谦退，应该嘉奖。”因此，特地改命他担任官职，主管台州崇道观。朱熹因为要求退出官场而相反得以升迁，从道义方面考虑更觉得心中不安，再次推辞。淳熙元年(1174)，才开始接受任命。二年(1175)，皇上打算奖掖廉洁、谦退的人，以纯洁士风民俗，龚茂良担任丞相的事务，推荐奖励朱熹，任命他担任秘书郎，朱熹坚决推辞，并且亲自写信给龚茂良，说明一时被厚爱的原因。许多小人乘机会讲谗言诽谤他，于是因为朱熹又推辞，即答应了他的请求，主管武夷山冲佑观。
五年(1178)，史浩再次担任宰相，任命他担任南康知军，皇上下诏令他上任就职，朱熹又推辞，没有被答应、允准。到南康军，兴行利政，革除害事，恰逢那年不下雨，精心勤于荒年政事，许多人得以活命。到救荒事结束，上奏章请求按照法律条文奖赏交纳粟米的人。有时到郡县学校，招引进士学子与他们讲习学问，议论道理。走访白鹿洞书院遗址，上奏恢复原来的样子，制订《学规》使他们遵守它。第二年夏天，天气大旱，下诏令监司、郡守分别阐明老百姓的快乐与痛苦，朱熹于是上奏疏说：
“治理天下的要事没有什么大于抚恤百姓，而抚恤百姓的根本，在于皇上端正心术用以立定规章纪律、朝纲。大概天下的规章纪律、朝纲不能自身形成，一定要皇上的心术公平正大，没有受私情左右而偏颇反复、犹豫不定，然后依赖于此而建立。皇上的心术不能自发地纯正地确立，一定要亲近贤臣，疏远小人，讲论明白仁义、道理的归宿，关闭阻塞自私的邪路，这样才能使皇上的心术纯正地确立。
“现在宰相、台谏省官、师傅、宾客朋友、谏诤之臣都失职不负责任，而陛下与他们亲近、商量谋划的人，不过一、二个宠幸的大臣。对上以蛊惑陛下的心思与志向，导致陛下不相信先王圣贤的大道理，而以追求功利的卑下浅见为快乐；不喜欢志士的宏大言论，而安逸于私利、鄙陋的丑态。对下则招收聚集天下士大夫中好利而没有廉耻的人，文人武士各以道分，都各自加入他们的门槛。所喜欢的人暗中引见接纳，升迁为显官要职。所不喜欢的人则私自进行诽谤非议，或是公然进行排挤。他们互相勾结、贿赂，所盗窃的都是陛下的财产。他们任命官吏配置将领，所盗窃的都是陛下的权柄。陛下所属的宰相、师傅、宾客朋友、谏臣，或是反而出入于他们的门下，承受仰望于他们的示意主张；其中幸有能够自立的人，也不过是拘谨自守，而不敢讲一句斥责他们的话；其中十分敬畏公论的人，也仅能略加警告或驱逐他们的一、二个党徒，既不能对他们有深重地打击，而且最终也不敢以正直的言行直捣他们的藏身之所和巢穴所在。他们势力已成，淫威已立，朝廷内外无不倒向他们，使陛下的号令、官员的罢黜升陟不再出自朝廷，而出自一、二个人的私门，名义上是陛下独自决定，而实际上是这么一、二个人私自暗中执掌权柄。”
又说：“巨大的灾祸，一定会来临的忧患，近在早晚，然而惟独陛下还不知道。”孝宗读了朱熹的奏章，悖然大怒说：“这是以为我宋朝将要灭亡了。”朱熹以生病为由，请求一个宫观职务，没有得到答复。
陈俊卿以曾任宰相的身份驻守金陵，入宫觐见皇帝，极力推荐朱熹。宰相赵雄对皇上说：“士大夫喜好名誉，陛下厌恶他们愈是厉害，而人们赞誉他们就愈是多，这岂不是正好抬高了他们。不如根据他们的长处而加以任用，他们渐渐担任政事以后，能力的强弱真假也就看出来了。”皇帝认为赵雄的意见对，于是任命朱熹担任提举江西常平茶盐公事。不久便记录到了朱熹救济灾荒的功劳，命朱熹任直秘阁，朱熹因为以前奏请朝廷奖赏纳粮救灾的人没有得到批准，所以辞谢了这次任命。
恰好碰到浙东地区发生大饥荒，宰相王淮上奏改任朱熹为提举浙东常平茶盐公事，并要他当天独自快速上路，朱熹又以纳粮救灾的人没有得到奖赏为由，辞谢这一任命。等到朝廷对纳粮救灾的人实行奖赏以后，朱熹才接受了这一职务。他入朝对答皇帝提问，首先陈说灾异发生的原因和修养德行、任用人才的关系，其次说道：“陛下即位当政初期，曾选拔杰出的英雄豪杰，委任以国家政事，不幸的是这中间不能全部得到合适的人选，因此，不再广泛求取贤哲人士，而暂时任用了一些性情柔和不得罪人而又容易控制的人以充任这些职务。于是皇帝左右的人，私自怠慢并使唤他们从事低贱的工作，侍奉于宴会之间，以供呼唤使用，因而宰相的权力日益减轻。又担心他们的权势有所偏重，而又借用权力重大来蒙蔽自己，就时常听取外廷的议论，将以暗地察访这些人违纪犯法的事实而从严从速地查办他们。陛下既然不能够遵循天理、公正本心，用以端正朝廷纲纪，早已失去治国根本，而且又想兼听士大夫们的不同意见，作为驾驭群臣的办法，那么士大夫进见皇上有一定的时间规定，而陛下亲近的宦官则可以从容而没有间隙。士大夫们端庄有礼而难以亲近，他们的议论又苦涩难以入耳，陛下宠幸的宦官其逢迎谄媚之态就足以蛊惑陛下的心术与志向，那些小吏狡诈诡变的伎俩又足以迷惑陛下的视听。因此陛下虽然想稍稍抑制这些小人之辈，然而这些小人们的势力却一天天加重，陛下虽然想广泛采纳公论，而士大夫的势力却一天天减轻。权重的小人既可以凭借他所掌握的重要权力，进一步窃取陛下的权力，权轻的人又借助于权重的小人，作为自己窃居官位，巩固宠信的方法。这样日积月累，渐渐损失权力，使陛下的德行基业一天天地毁坏旁落，国家的法度一天天地受到破坏，奸佞谄媚的人充塞朝廷，贿赂公行，士兵悲愁，百姓怨愤，盗贼不时发生，灾祸怪异多次出现，灾荒饥馑重新又来。奸邪小人互相引荐，人人都得以满足自己的私欲，惟有陛下一无所得，而且独自承受这些弊端的祸害。”皇帝听后感动不已，脸色都改变了。朱熹所奏的一共七件事，亲自书写其中的一、二件事以防泄露秘密。
朱熹刚接受任命，就写信到其他州郡，招募米商，免除税钱，等朱熹到任时，外地船只运来的大米已汇集到这里了。朱熹每天外出调查访问百姓的疾苦，走遍浙东全境，单人独车，不带随从，所到之处，人们都不知道他来过。州县官吏害怕他的严峻的作风，有些人甚至自行离职而去，他所管辖的地区风纪肃然，部下崇敬他。凡是丁钱、和买、役法、榷酤这一类政事，有不方便而祸害百姓的地方，全部加以改正和革除。在救济灾荒之余，他都根据实际情况谋划处理，必定做出长久的打算。有人攻击朱熹，说他不尽心而疏略于政事，皇上对王淮说：“朱熹治理政务的确有很可观的政绩。”
朱熹因为前后几次奏请多数被搁置，侥幸得到采用的，也都拖延迟缓耽误了时间，蝗虫旱灾相互频繁出现，他不胜忧愤，又上奏疏说：“为现在打算，只有决断出自皇上自己的意志，迅速发布诏令，责备自己并征求直言，然后君臣互相告诫，痛下决心反省改正。其次，拿出内库全部钱财，把供给帝王大礼的费用改为收籴粮食的本钱，诏令户部免征百姓所欠旧债，诏令转运使根据条例检查放免百姓租税，诏令宰相大臣淘汰受灾路地区的州、军监司、地方官吏中没有政绩的人，审慎选拔贤能之士，责成他们实施救济灾荒的政策，这样也许还能下结民心，消除灾民乘灾荒之际叛乱的打算。不这样的话，我恐怕所忧虑的不止于饥饿死的人，而将在于叛乱的盗贼；蒙受其害的不仅仅是官吏，而且要涉及到危害上面的国家政权了。”
台州知州唐仲友和王淮是同乡并结为亲家，吏部尚书郑丙、侍御史张大经一起推荐他，迁升为江西提刑，还没有上任。朱熹巡行视察到台州，控告唐仲友的人很多，朱熹调查到事实，三次上奏章弹劾唐仲友，王淮把朱熹的奏章隐藏起来不报告给皇上。朱熹更加致力弹劾他，唐仲友也上奏章为自己辩解，王淮才把朱熹的奏章进呈给皇上，皇帝命令宰相大臣们详细审查，都司陈庸等人要求下令浙西提刑委派清廉能干的官员去追查核实，仍旧命令朱熹迅速赶往遭受旱灾侵害的州郡视察。朱熹当时留在台州没有走，不久接到这道诏令，愈加上奏章弹劾唐仲友，前后上了六道奏章，王淮迫不得已，取消唐仲友的江西提刑的新任命转授给朱熹，朱熹拒绝不接受，于是回乡，并且要求一个宫观闲职。
当时郑丙上疏诋毁程氏的学说来败坏朱熹，王淮又提拔太府寺丞陈贾为监察御史。陈贾在与皇上面对面地论说时，首先论说近日士大夫中有所谓“道学”之人，大多是借助道学之名来宣传骗人的学说，希望朝廷考察这些人，清除他们不再任用。大概指的是朱熹。淳熙十年(1183)，诏因朱熹多次请求祠观，可以派遣他主管台州崇道观，不久接连主管云台观、鸿庆观达五年时间。淳熙十四年(1187)，周必大任宰相，任命朱熹为提点江南西路刑狱公事，朱熹因生病辞谢任命，朝廷没有同意，他于是赴任。
淳熙十五年(1188)，王淮罢相，于是朱熹进奏，首先论说近年来刑罚处理不得当，狱官应该选择合适的人担任。其次接着说经制钱、总制钱损害百姓，以及江西路各州县摊派课罚的弊端。奏章最后说“：陛下即位已经二十七年，因循守旧而时间渐移，没有一尺一寸的功效可以回报陛下自己的志向。我曾经反复考虑这件事，莫非是宴饮闲谈于深宫之中，没有表明待人接物的心地，天理有些不纯正，人的欲望有些没有止境，因此好的事情不能做到底，铲除恶事不能断它的根，一闪念之间，公与私、邪与正、是与非、得与失同时交替出现于思想之中。因此，陛下以礼相待大臣并非不厚，然而阿谀逢迎谄媚讨好的近臣小人也能得到陛下寄托心腹的重任；陛下日夜追求英豪之士并非不迫切，然而柔弱奸邪平庸乖谬之辈也能够长久地窃掌朝廷大权。并非陛下不乐于听取公平正直的议论，然而有时不能容纳这种议论的存在；并不是陛下不憎恨谗言恶行，然而不免误听偏信；并不是陛下不想为祖宗报仇，然而不免畏惧怯懦而图一时安逸；并不是陛下不爱护和培养百姓的财力，然而不免要发出叹息产生愁怨。希望陛下从今以后，对于一闪之念必须谨慎对待仔细审察；这是天理呢？还是人欲呢？果然是天理，就慎重地对它加以扩充，而不让它受到一点蒙蔽阻塞；如果真是人欲，就慎重地克制这个念头，而不让它在自己的头脑中稍有滞留。把它推广到一言一行之间，用人处事之际，没有不用这一标准加以衡量，那么陛下的圣心就能通达，朝廷内外融合透彻，没有一丝一毫的私利欲望可以隐身于两者之间，而天下的事情将只根据陛下所想的进行，没有什么事会不合乎陛下的志向心愿。”朱熹这次赴京，有人在路上拦住他，认为“正心诚意”这种论调皇帝很讨厌听到，告诫他不要说这种话。朱熹说“：我平生一辈子所学习的，只有这四个字，怎么可以隐瞒不说以欺骗皇帝呢？”等到他上奏时，皇帝说“：很久没有见到你了，浙东的事情，我已经知道，现在应该安排你一个高尚而重要的职务，不再用州县的琐事来麻烦你了。”
当时曾觌已经死了，王扌卞也被驱逐，只有内侍甘..还在任职，朱熹极力弹劾他。孝宗说“：甘..是德寿(高宗)举荐的，说他有才能。”朱熹说：“小人没有才能，怎么能够打动皇帝。”第二天，任命朱熹为兵部郎官，朱熹以脚病请求祠观的职务，兵部侍郎林栗曾经和朱熹讨论《周易》、《西铭》，两人意见不合，这时他弹劾朱熹说“：朱熹本来没有什么学问，只会窃取张载、程颐的残余东西，称之为‘道学’。朱熹所到之处都带上门人学生数十人，妄想仰慕孔子、孟子经历几次聘任的风尚，要挟索求高价，不肯就任朝廷任命的职务，他的这种虚伪不可掩盖。”孝宗说“：林栗的话好像太过分了。”周必大说朱熹上任的那天，脚病没有痊愈，勉强登殿答对。孝宗说“：我也见到他走路一跛一曳的。”左补阙薛叔似也上奏声援朱熹，于是让他仍旧担任原来的职务江西提刑。太常博士叶适上疏与林栗辩论，说林栗的话没有一句是事实“，称之为道学”这句话，尤其没有事实根据，过去王淮和台谏官里外呼应，阴谋废弃正直君子，正是用的这种办法。孝宗下诏说：“朱熹昨天入宫答对，所谈论的都是新任职务的事情，我相信他的诚意，再次听从他的请求，他可以迅速赴任就职。”恰逢胡晋臣任侍御史，首先抨击林栗固执拗戾不通，喜欢与自己意见相同的人，憎恨与自己意见不同的人，没有事实根据指责学者结党营私，于是罢黜林栗，让他担任泉州知州。朱熹再次辞谢任命，孝宗委任他直宝文阁，主管西京嵩山崇福宫。没有一个月再次召他赴任，朱熹又推辞了。
当初，朱熹曾认为用口述上陈的方法不能把自己的想法和意见全部说出来，要求密封奏事向皇帝报告自己的想法和意见。到这时朱熹把自己密封的奏章投至朝廷设置的匦中，里面写道：
“现在国家的主要形势，好比人有重病，内部从心腹开始，外面达到手脚四肢，没有一根汗毛一根头发不生病的。暂且以天下的根本和当今的急务，试为陛下陈说：国家的根本，就是陛下的心；当务之急就是辅育培养太子，选拔任用大臣，整顿政纲严肃法纪，改变士风民俗，爱惜培养民力，整饬清明军政事务，这六事而已。
“古代圣明帝王兢兢业业，为了保持和守正这种心，所以设立师保之官，排列有谏诤之职，凡是帝王的饮食、酒浆、衣服、宫室、器用、金玉丝帛以及宦官、宫妾等政事，没有一件不统领于宰相，使帝王的前后左右，一动一静，没有不受到有关机构法规的制约，因而没有细微空间、瞬息时间，能够隐瞒他们的毫发私情。陛下所以精粹纯一克己复礼而坚守此心，果真能有如此的功效吗？陛下所以修养身心整治内宫而使自己的左右中正，果真能有如此的效果吗？宫廷禁地的事情，我固然不得而知，然而赏赐爵位之滥，钱财贿赂之流，街头巷尾都在窃窃议论，这种纷乱的议论我早已受不住了，那么陛下在整治内宫方面，恐怕还没能比得上古代的圣明帝王。
“至于陛下左右近习嬖幸之人的私情，恩宠待遇已过分不当，过去龙大渊、曾觌、张说、王扌卞这类人权势气焰熏灼，一时能危害震撼朝廷，现在已经没有什么可说的了。独有我前天对陛下陈述的意见，虽然经过陛下委婉开导劝说，然而我的愚见是，只能让这些人担任守卫宫门传递命令、供事打扫等劳役，不应当让他们假借陛下的威望，使他们得逞奸邪谄媚，制作过度奇巧之物于内廷之中，以此来动摇陛下的心志，招揽权势于外朝，以损害陛下的圣政。我在道路、民间听说，自从王扌卞被驱逐之后，各位将领的派遣任命，仍大多出于此人之手。陛下竭泽穷尽百姓的民脂民膏来供养军队，军队却不曾得到一顿温饱，这都是将帅巧立名目，夺取士兵口粮，肆行贿赂陛下亲近之人，以图提拔重用的结果。能出入皇宫的心腹大臣，外面结交将帅，共同欺骗蒙蔽陛下，以致到了这种地步。而陛下不能醒悟，反而宠信亲近这些奸邪小人，认为这是为我所用的家臣，致使宰相不能议论他们设置措施的得失，给谏官员不能评论他们任命官吏的是非，那么陛下在端正左右大臣方面，没有能够赶上古代的圣明帝王又是明显的了。
“至于辅佐帮助太子，从王十朋、陈良翰之后，太子属官的选拔号称得到合适人选，然而能够称职的人，已经很少了。而又时时让那些奸邪谄谀、轻佻薄幸、卑贱庸妄之徒，得以掺杂在里面，所谓的讲读，也只是用文章应付充数，而没有听说他们有规劝谏戒的功效。至于早晚和陛下随时在一起，陪伴侍奉陛下游玩宴乐的人，又不过是使臣、宦官几个人而已。太子的师傅、宾客已不再设置，而太子詹事、太子庶子这些官职也是有名无实，于是朝廷的左右春坊就让使臣执掌，既没有启发太子崇尚师长亲近宾友、尊敬德行喜好大义的用心，又没有防止太子轻侮怠慢亲昵放荡、奇异邪恶夹杂而进的危害。应该讨论以前的典章制度，设置太子师傅、宾客的官职，废除春坊使臣，而使太子詹事、太子庶子各自恢复行使职责。
“至于选拔任用大臣，以陛下的聪明睿智，怎会不知道天下的事件，必须得到刚正光明公正之人而后才可任用呢？之所以经常得不到这样的人才，反而收容庸俗鄙陋的人窃居这些职位，这只因一念之间，未能看透他们出自私邪的蒙蔽，然而陛下宴乐时所喜好的人物，陛下亲近宠爱的近习之流，不能全部依据法令制度办事，如果任用刚正光明公正的人做辅佐皇帝的宰相，就恐怕他会妨碍自己的私事，损害自己的人，而不能任意放纵。所以在选用人才之时，常常先排斥摈弃刚正光明公正的人，而后选取拖沓无能懦弱软熟、平时不敢坦率直言态度端庄的人而加以揣摩，又在这些人中间选择最庸懦最卑陋、定可确保他不至于有所妨碍自己的人，然后荐举他们而加以高位。所以任命官员的诏令还没颁布，而人员已经事先物色确定，这些官员的姓名还没有显露，而朝廷内外已经预知这些人决不是天下第一流的人才了。
“至于整顿严肃政纲法纪，改变士风民俗，那么今天宫廷与中书省署之间，禁廷密苑之地，怎么会有天下不公正的道理，不正派的人物反而能够以此作为窟穴而盘踞其中呢？因而陛下看到和听到的，无非是些不公不正的事情，那么在这些事情的熏蒸熔化之下，使得陛下好善之心不能显著，痛恨罪恶之心不能深刻，这种危害已到了不能用语言表达的程度了。等到这些不公不正之人作奸犯法之时，陛下又不能深深割去自己的私爱，而把他们交给朝廷讨论，按照有关法律处理，因此纲纪法度不正在上，士风民俗就颓废弊坏于下，他们为害的时间已很久了。而且浙中地区特别严重。大都习惯做出柔媚的姿态，说着附合顺从人的话，以不分是非，不辨曲直为最得计，更过分的人把黄金珠宝当作佐酒的肉脯食品，把地契债券作为诗歌文章，宰相可以引诱就引诱宰相，近习亲信可以私通就私通近习亲信，只求得到私利，再也没有廉耻。一旦有刚强坚毅正直不阿、恪守正道遵循天理的人在他们中间出现，就群起讥讽合伙排斥，指责为“道学”，而加上强辞夺理、感情冲动肆意妄说的罪名。十几年来，用这两个字禁锢天下的贤人君子，又好像过去所谓的元..学术一样，排斥摈弃诋毁侮辱，一定要使正人君子没有容身之地才算罢休，这难道是大治之世的事情吗？
“至于爱惜培养民力，整饬清明军政事务，从虞允文担任宰相以来，把户部每年收入款项中必定可以指望得到的部分全部取走，号称是年终赋税盈余的数目，运入内库。而把收入中有名无实的、多年积累拖欠的、空登录在账册上的、无法催讨管理的款项，拨还给户部，作为内库财产的积累，将它作为今后用兵进取中原时的随时需要使用的款项。然而从那时以来的二十多年间，内库每年收入不知有多少，而且认为是皇帝的私人贮存，主管者也是私人，宰相不能用计入赋税来均衡节制这些款项的收支，户部不能用账册来勾定考查这些款项是在还是不在，天天销月月耗，用来支付宴请私亲费用，真不知道有多少啊，而何曾听说能用这笔钱财来换取敌人的首级，如同太祖说的那样。空使户部费用缺乏一天比一天严重，朝廷的督促一天比一天严峻，以至于废掉祖宗以来州县催征财赋达到九成以上就不再催理，户部也置之不问的好办法，而以征收赋税一定要足足十成作为限度；朝廷认为赋税征收不足，就又建立监司，州县官员以征收赋税多少为考课等差的办法，用来引诱威胁他们。于是形成朝廷内外奉承这种风气。竞相使用苛刻急迫的办法征收赋税，这是百姓的财力之所以严重困乏的实际原因。
“将领们追求提拔，必然先在士兵身上聚敛钱物，用来增殖自己的财富，然后用这些钱物去结交陛下身边的亲近侍臣，而且祈求他们把自己的姓名告诉陛下身边的地位尊贵的将领。这些地位尊贵的将领们拿到他们的名单，就把这些名单交给军队，使他们从基层什伍开始逐级得到保举，称赞这些人的才能武艺能够胜任将帅，然后写成奏章在陛下面前夸奖这些人。陛下只见到逐级推举在前，文书档案齐备，就真的认为是大家一致举荐而得到了合适的人选，然而哪里知道这些人是议价交钱，已经如同晚唐的债帅了呢？将帅，是掌握三军命运的人，而选拔将帅的方法背离常道到如此地步，那么那些具有智谋勇敢才艺胆略的人，谁肯抑制内心低头而立于宦官、宫姬的门下，而陛下得到以为可任将帅的人，都是平庸之辈和仅供奔走的小卒，但陛下还希望他们整饬清明军政、激励劝勉士兵，以增加国势，岂不是谬误吗？
“这六件事，都不可以缓慢处理，而根本仍在于陛下之心，陛下之心光明正大那么这六件事没有不正的，陛下心中一有私欲介入，那么虽想疲劳精力来求得端正这六件事，也将成为没有实际内容的一纸空文，而天下的事情就会越来越不好治理了。”
朱熹这道奏疏送入宫中，夜间计时的滴漏铜壶已下七刻了，孝宗皇帝已经上床睡觉，立刻起身拿着蜡烛，把奏章全部读完。第二天，任命朱熹主管太一宫，兼任崇政殿说书。朱熹极力推辞，被任命为秘阁修撰，管理一个外地的宫观。
光宗即皇帝位，朱熹再次推辞秘阁修撰的职务，仍旧为直宝文阁，皇帝下诏夸奖他。过了几个月后，任命他为江东转运副使，朱熹以生病为由辞谢，改任为漳州知州。他奏请朝廷免除了漳州属县的无名杂税七百万贯，减少经制钱、总制钱四百万贯。因当地的风俗习惯不合乎礼仪，他择取古代丧葬嫁娶的礼仪之文，张贴出来告示大家，派当地父老进行解说，以教育他们的子弟。当地风俗崇信佛教，男男女女聚集在僧舍之中做传经会，妇女不出嫁的就做庵房居住，朱熹下令禁止这些事。他常常忧虑不能推行丈量土地、划定界限的危害，恰逢朝廷议论要在泉、汀、漳三州推行丈量土地、划定界限，于是朱熹调查访问有关事宜，选择承办人员以及制定丈量土地、划定地界的办法上报朝廷。而当地豪绅中侵夺贫弱百姓土地的人认为对他们不利，极力加以阻止。宰相留正，泉州人，他的乡里亲友也大都认为不可以推行。平民吴禹圭上书指责经界法骚扰百姓，皇帝下诏暂缓进行，又降诏令先在漳州实行经界。第二年，朱熹因为儿子死亡又请求宫观职务。
当时史浩入宫见皇帝，请求招收任用天下有声望的人，于是任命朱熹为秘阁修撰，主管南京鸿庆宫。朱熹一再推辞，皇帝下诏说：“论撰这样的职位，是用来恩宠著名儒士的。”朱熹这才接受了任命。朝廷派他担任荆湖南路转运副使，朱熹推辞。漳州正经界法竟然宣告停止推行，朱熹因为自己的意见没有得到采用而自己要求弹劾自己。被任命为静江知府，他推辞了，主管南京鸿庆宫。没有多久，朝廷派他出任潭州知州，朱熹极力推辞。黄裳担任嘉王府翊善，他认为自己的学问不及朱熹，请求朝廷召朱熹为太子宫中的僚佐，王府直讲彭龟年也向大臣们推荐朱熹。留正说“：我留正不是不知道朱熹，但是他性格刚直，恐怕到太子宫中不合适，反而会因此受到连累的。”朱熹正好再次推辞朝廷的任命，皇帝下圣旨说：“长沙是国家的巨大屏障，能得到贤能的人最为重要。”朱熹于是接受任命。恰逢洞獠骚扰潭州所属的郡县，朱熹派人把他们这样做的祸福利害告诉他们，洞獠都投降了。朱熹申明朝廷敕令法律，加强武备，制止奸吏的不法行为，抑制豪民，所到之处兴办学校，倡导推行教化，四面八方的学者都来到这里。
宁宗即位当皇帝，赵汝愚首先推荐朱熹和陈傅良，皇帝下圣旨要朱熹到临安来奏事。朱熹一面上路一面推辞，任命他为焕章阁待制、侍讲，朱熹推辞，皇帝不答应。朱熹入宫对策朝廷时，首先说“：从前，太皇太后亲自决定国家的大政方针，陛下恭谨地继承国家大计，可以说是用变通的办法来处理国事，几乎没有偏离过它。从那时到现在已有三个月了，有时反而不能对选择逆与顺、名与实的事情抱有疑问，我暗自为陛下忧虑这些事情。如有可做托辞的话，也只能说陛下的心事，即位前的时候不曾有过谋求皇位的计划，今天不曾忘记思念亲人的心情，这就是所以实行变通的办法而没有偏离过正的根本所在。充满不曾谋取皇位的心事，以竭尽负罪引咎自责的诚意，充满不曾忘记亲人之心，以尽冬温夏凉早晚问安侍奉父母之礼，而父子之间的伦理完全适当了，根本也就确立了。”再次当面向皇帝辞谢待制、侍讲的官职，皇帝亲自写信说：“你研究经术学问有很深的根底，正好借用它来给帝王讲经劝勉、从中答对的职务，不要再苦苦推辞了，以符合我崇尚儒学、尊重大道的心意。”于是朱熹接受了任命。
恰逢赵彦逾巡视孝宗陵墓，认为那里土层浅薄，下面有水和石头。孙逢吉重新去巡视，要求另外寻找吉利的地方。皇帝下圣旨要大家讨论，御史台的官吏们害怕讨论这件事，讨论中途停止。朱熹却上奏章议论说“：寿皇(孝宗)有至高至上的德行，埋藏孝宗衣冠的地方，应当广泛地寻访探察有名的山脉，不应该偏信御史台官吏的话，把孝宗的陵墓埋葬在水泉沙砾之中。”没有得到答复。当时议论的人认为皇帝没有回到皇宫大内，那么名实不正而疑议产生；况且金国的使臣要来，会有所窥察暗访，皇帝下圣旨修缮原来的东宫，修造房屋三百多间，打算搬进去住在里面。朱熹上奏疏说：
“这一定是陛下左右亲近宠幸的小人倡导编造这一说教来蛊惑、误导陛下，而想通过这件事来实现他们的奸邪用心。我担心不但上帝会震动发怒，灾害怪异多有出现，正当恐惧反省修养自身的时候，不应当兴造这个大工程，以违悖上天谴责时所告诫的惊动众人的用意；我也担心京城地区百姓饥饿交迫流离失所、临近死亡的边缘，或许有人会怨怒忿恨，因而发生其他变故。不仅无法感通太上皇帝的心意，以致没有进见太上皇帝的日期，我也担心孝宗皇帝大殓后没有埋葬，因为孝宗陵墓的位置还没有占卜确定，灵位前的供奉不允许稍有弛缓，太皇太后、皇太后都已到了受人尊敬的高龄，孤独之身陷于忧愁困苦之中，早晚奉养尤其不可缺少。然而全国各地的百姓，只见陛下急切地要大量修造朝宫殿堂，迅速建成，一旦轻快自得地丢弃这里而去太子宫殿，迁到安适方便的地方，将士百姓心中将会有愤愤不平的地方。前车之鉴不远，这是应该感到特别可怕的。
“我又听说太上皇后恐怕违逆太上皇帝的圣意，不想让他听到太上皇的称呼，又不想让他听到关于内禅的说法，这又思虑过分了。难道不知道如果是这样做的话，而不是婉转地告知，那么父子之间，上面怨恨愤怒而下面忧愁恐惧，到什么时候才能了结。父子之间这一大的伦理常道，是君臣、父子、夫妻之三纲所关系的大事，长久地拖下去而不去解决它，也可能会有假借父子大伦的道理来制造谣言横生事端的人，这又是我十分恐惧的原因。我希望陛下明确地诏示大臣，首先停止修缮东宫工程，而把修缮东宫的人工材料弄回慈福宫、重华宫之间，简单地建造可供休息的殿房一二十间，使它大概马马虎虎可以居住就行了。至于搬到皇宫去的打算，我又希望陛下须下诏书责备自己，减省出行时的车马卫队，入宫之后，暂时改变衣服颜色，如同唐肃宗一样改穿紫色的袍子，在马前面拉着缰绳驾驭马匹，以表明负罪引咎的诚意，那么太上皇帝虽然有忿怒的情绪，也会迅速消散，而父子之间的欢情也就融洽地合谐了。
“至于像朝廷的纪律规章纲常法度，我又希望陛下下诏深切地告诫自己左右亲近的人，不要干预朝政。其中确实有功劳而所得到的褒奖赏赐未能满足公众议论的人，也诏令大臣们共同讨论他们的功绩，考查奖赏功德的制度，重重地犒赏他们的功劳。而且凡是号令的弛与张，人才的进用和罢免，就全部把它委托给二、三个大臣，要求他们反复比较衡量，不要固执己见，斟酌采取公论，上奏皇帝而后实行这些决定。有不恰当的地方，把它交给大家辩驳讨论，选择好的意见由皇帝做最后的决定，那么不仅皇帝左右亲近宠幸的人不能干预朝政大权，大臣们也不能专门任用自己的亲信私党，而陛下也得以更加明白熟悉天下的政事，而对得失的计算也就没有什么疑问了。
“对于像孝宗陵墓的占卜选择，我希望陛下废除御史台官吏的意见，另外寻找野外地区，以营造新的陵墓，使孝宗皇帝的遗体能够安稳地寝居于内，而国家和百姓都蒙受福佑于外了。”
朱熹这道奏章进呈之后没有得到答复，然而皇帝也没有生朱熹气的意思，每次给皇帝所讲的内容，朱熹都按次序编成册子进给皇帝，皇帝也以宽大的胸怀容纳了。
朱熹在上奏劝勉皇帝进一步提高德行时说“：我希望陛下在使用日常费用的时候，以求得放心作为根本，而在研习经书观看史籍时，与儒学多多亲近，多用一些功夫。多召见大臣，切磋治理国家的方法措施，大臣们进殿奏对时，也和颜悦色地对待他们，反复询问探访，用来求出政事的得失，民情的忧乐，进而又根据这些问题来考察官吏的奸邪正直和长处短处，这样也许能使天下之事各自得到合适的处理了。”朱熹上奏说“：礼经敕令规定，儿子为父亲、嫡孙代父亲为祖父服丧，都要服丧三年；嫡子应当为自己父亲服丧，因故不能执绋服丧，就由嫡孙继承大统而代替父亲执绋服丧。自从汉文帝减少服丧的期限，历代因袭这一期限，于是天子没有三年的丧期。为父服丧尚且如此，那嫡孙代父服丧更是可想而知了。做人的立身处世之道废弃衰坏，君臣、父子、夫妻三纲不明白，一千多年以来，没能加以考正弄清楚。孝宗皇帝孝亲之情来自上天，一个月之外，还是服执通行的全部丧礼，上朝穿戴的衣服帽子都是用粗布缝制的，这种孝行应该显著地记录在典籍中，成为子孙万代的法则。近来，孝宗皇帝的遗诰刚刚颁布，太上皇帝偶然感到身体不适，不能亲自参加丧礼。陛下以嫡孙继承帝位，那么承受丧祭重任的嫡孙所应服的丧礼已著明在礼律中，所以应该遵循孝宗皇帝已经实行的方法。一时仓促行事，来不及详细讨论，于是用了漆纱浅黄色的衣服，不仅仅对上违背礼仪规定，而且使孝宗皇帝已经实行的丧礼反而重新遭到破坏，我暗暗为此感到痛心。然而已往的过失来不及追改了，只有将来孝宗皇帝灵柩启行时，丧礼应当重新沿用初丧时的服色。”
恰逢奉孝宗神位入宗庙，讨论宗庙更迭毁弃的制度，孙逢吉、曾三复首先要求并祀僖、宣二祖，把太祖神位安置在太庙第一室，合祭祖先时就把太祖神位放在太庙朝正东的位置。皇帝降旨让大家讨论：僖祖、顺祖、翼祖、宣祖四位祖先的神主牌位，应该有所归附。自从太祖皇帝首先尊崇这四位祖先的神位，治平年间，有人提议因为年代逐渐遥远，请求把僖祖神主牌位搬迁到夹室去。后来王安石等人上奏认为，僖祖已有了神庙，与稷、契没有什么不一样，请求恢复它的原来位置。当时宰相赵汝愚对于恢复祭祀僖祖很不以为然，皇帝的侍从大多支持赵汝愚的意见。吏部尚书郑侨认为远祀宣祖，把宣祖神位放进孝宗宗庙进行祭祀。朱熹认为把宣祖神位藏在夹室，就是把祖宗的神主牌位藏在子孙宗庙的夹室，神宗重新奉祀宣祖为始祖，已是得到正礼，合乎人心，这就是所谓有祭之后而不敢废弃不祭的道理。朱熹又撰写《庙制》一文参加辩论，认为世间万物岂有无本而生长的。掌管祖庙的人没有转达给皇帝，马上就撤毁了僖祖、宣祖在太庙中的庙室，另外建庙来奉祀四位祖先。
当初，宁宗被立为皇帝，韩..胄自认为有主谋尊立的功劳，在朝中当权。朱熹担心他会危害国政，几次上奏说到这件事，并约吏部侍郎彭龟年共同上奏抨击韩..胄。恰逢彭龟年出朝护送外国使臣，朱熹就一人上疏指出皇帝左右大臣窃取权柄的危害，在讲席上再次申明这个观点。宁宗御批写道“：我怜恤你年岁已高，恐怕难以站着给我讲课，已授给你宫观官的职务了。”赵汝愚从衣袖中取出批复交还给宁宗，一面进谏一面叩拜。内侍王德谦把皇帝的批文直接交给朱熹，台谏官争相要求留下朱熹，宁宗没有同意。楼钥、陈傅良随后把写在黄纸上的朱熹任命状封还给宁宗，修注官刘光祖、邓马日密封的奏章交替呈上。朱熹离开朝廷时，被任命为宝文阁待制，并给他一个州郡职务，朱熹推辞了。不久朝廷任命他知江陵府，朱熹推辞了，并仍然请求朝廷免除他的新旧职务，宁宗下诏让他依旧担任焕章阁待制，提举南京鸿庆宫。庆元元年(1195)初，赵汝愚已经担任宰相，收罗招徕全国各地的知名人士，朝廷内外殷切盼望朝政得到治理，惟独朱熹因恐惧韩..胄当权而忧虑。既多次对皇上说这件事，又几次写信给赵汝愚，认为应当用厚厚的赏赐来酬谢韩..胄尊立宁宗的功劳，不要让他来参预朝政，信中有“及时制止萌芽时期错误的发展，谨慎小心不可疏忽”的话。赵汝愚当时认为韩..胄容易制服，对朱熹的话没有在意。到了这时，赵汝愚也因被诬陷遭到驱逐，而朝廷大权归于韩..胄了。
朱熹开始以议论宗庙制度失误而自认为有罪，宁宗不允许，朱熹以有病再次要求去职退休，宁宗下诏说：“辞公职谢绝政事，不是我优待贤才的心意，你还是担任原先的秘阁修撰。”庆元二年(1196)，沈继祖任监察御史，诬告朱熹十大罪状，皇帝下诏削去朱熹秘阁修撰的职务并罢免他提举南京鸿庆宫，朱熹的学生蔡元定也被送到道州监管居住。庆元四年(1198)，朱熹以自己快满七十岁为理由，申请退休，庆元五年(1199)，朝廷同意了他的请求。第二年朱熹逝世，终年七十一岁。朱熹病情危急时，他亲笔写下遗言嘱托儿子朱在和学生范念德、黄干，恳切地勉励他们努力学习并要他们修订自己遗留下来的书籍。第二天，朱熹端正地坐着把衣帽穿戴得很整齐，靠着枕头去世了。
朱熹考中进士以后的五十年中，在外面做官仅有九年，在朝中做官才四十天。他家中一向贫穷，年幼时依靠父亲的朋友刘子羽，寄住在建州的崇安，后来迁居建阳的考亭，虽然穷得经常吃不上饭，却处之安然。学生中有从远方来求学的人，吃的是豆饭藜羹，朱熹都和他们一起吃。经常向别人借贷来维持家庭开支，然而不符合道义的钱却一文也不取。
自从朱熹离开朝廷，韩..胄的势力日益扩张。何澹任御史中丞，首先抨击所谓精通某一门学术的学问，是用欺骗世人的文章来沽名钓誉，请求辨别这种学问的真伪。刘德秀在长沙任官，没有受到张木式学生的礼遇，等到他任谏官，首先弹劾留正引进伪学的罪名。“伪学”这个名称，是从这时开始的。太常太卿胡..说“：近年来伪学十分势盛猖獗，他们的企图和行为越出常规，希望皇上告诉大臣，对他们暂且停止进升迁职。”于是皇帝诏任陈贾任兵部侍郎。不多久，削夺朱熹职务的命令也就颁布了。刘三杰说从前御史所弹劾的朱熹、赵汝愚、刘光祖、徐谊等徒党，前些日子是伪党，这时又变而为逆党。当天就任命刘三杰为右正言。右谏议大夫姚愈又说道学与有权势的大臣结成顽固的反动集团，暗中窥伺帝位。皇帝就命令直学士院高文虎起草诏书在全国公布，于是攻击伪学的声势一天比一天急剧，选人余哲甚至上书朝廷请求把朱熹斩首。
在当时的情况下，士大夫中循规蹈矩，在儒学上稍有名声的人，没有地方可以容身。他们的学生、有独立见地、不随波逐流的人，被摒弃埋没隐居在山林草丘田野；曲意逢迎、卑顺懦弱的人，改投靠其他老师，经过原来老师的家门也不进去，甚至改变衣帽穿着，在闹市街区店铺中随意游玩，以此来区别自己不是伪党。然而朱熹给他的学生们讲学一天也没有停止，有人劝朱熹说明原因遣散学生，朱熹笑了笑而没有回答。有一位籍田令名叫陈景思，是曾任过宰相的陈康伯的孙子，和韩..胄有姻亲关系，劝韩..胄不要做得太过分了，韩..胄自己也渐渐后悔了。朱熹已经死了，准备安葬时，有人说：四面八方的伪学门生约定日期聚会，给伪学老师送葬，他们会聚的时候，不是越轨狂妄地谈论当时人的长短，就是错误地议论当时治国政事的得失，希望命令地方官吏对这些人加以约束。皇帝同意了这个意见。
嘉泰初年，禁止道学的法令稍微放松了一些。嘉泰二年(1202)，皇帝下诏说“：朱熹已经退休(去世)，追任他为华文阁待制，给与他退休的恩泽待遇。”后来韩..胄死了，宁宗下诏赐朱熹遗表恩德惠泽，封谥号曰“文”。不久，追赠朱熹为中大夫，特赠为宝谟阁直学士。理宗宝庆三年(1227)，追赠为太师，追封朱熹为信国公，改封为徽国公。
当初，朱熹年少的时候，慷慨激昂有追求道义、真理的志向。父亲朱松病危时，曾经嘱咐朱熹说：“籍溪人胡原仲、白水人刘致中、屏山人刘彦冲这三个人，学问有渊源根底，我一向尊重敬畏他们，我就要死了，你去向他们学习，而且要完全听从他们的话。”这三个人，是指胡宪、刘勉之、刘子踂。因此，朱熹的学问既是广泛地求索于儒家经典著作，又普遍地结交当代的饱学有识之士。延平李侗已经老了，曾经跟罗从彦学习，朱熹从同安卸任回来后，不惜远行数百里，徒步前往李侗处从学拜师。
朱熹做学问，大都是深入研究事物的“理”而取得知识，反过来亲身实践所取得的知识，同时其中以身心修养、磨练的居敬工夫作为加强修养的主体。朱熹曾经说古代圣贤道统的传授散播在典籍之中，由于对圣贤经书的宗旨不清楚，因而道统的传授也开始隐晦不显。于是他竭尽一生全部的精力，钻研穷究圣贤经典的意旨和训示原意。他所撰著的书有：《易本义》、《启蒙》、《蓍卦考误》，《诗集传》、《大学》、《中庸章句》、《或问》，《论语》、《孟子集注》、《太极图》、《通书》、《西铭解》、《楚辞集注》、《辩证》，《韩文考异》；他所编写辑录的书有：《论孟集议》、《孟子指要》、《中庸辑略》、《孝经刊误》、《小学书》、《通鉴纲目》、《宋名臣言行录》、《家礼》、《近思录》、《河南程氏遗书》、《伊洛渊源录》，这些书都流传于社会。朱熹死后，朝廷把他注释的《大学》、《论语》、《孟子》、《中庸》作为学校的官定课本。他还有一部没有脱稿的《仪礼经传通解》，也作为学校的法定课本。朱熹一生写的共一百卷，他与学生们的问答共有八十卷，还有别录十卷。
理宗绍定末年，秘书郎李心传请求把司马光、周敦颐、邵雍、张载、程颢、程颐、朱熹七人列入文庙中一同跟随祭祀，没有得到答复。淳..元年(1241)正月，理宗视察太学，亲自写诏书以周敦颐、张载、程颢、程颐以及朱熹一同在孔子庙中跟随祭祀，配享孔庙。
黄干说“：儒道的正统因为待合适的人而得以传承，自从周朝以来，能担任起继承传播儒道的责任人不过几个，然而能使这个道得到发扬光大而显著的，仅一、二个人而已。从孔子以后，曾子、子思在道统微弱之际继承了它，到了孟子才开始显著。从孟子以后，周敦颐、程颢、程颐、张载在道统断绝的时候继承了它，到了朱熹道统又开始光大显著了。”有见识学问的人认为这是有独到见解、了解学术的内行话。
朱熹的儿子朱在，绍定年间担任吏部侍郎。