章惇，字子厚，建州浦城人，父亲章俞时迁到苏州。章俞官至职方郎中，辞官，因章惇的显贵，历官银青光禄大夫，八十九岁时去世。
章惇豪爽俊秀，博学善文。考中进士后，以名字在他侄子章衡之下为耻，辞去了皇上任命官职的诏敕。再次考中甲科后，调为商洛令。章惇和苏轼同游南山，到仙游潭，潭下是万丈绝壁，有木头横在上面，章惇请苏轼在绝壁上写字，苏轼害怕不敢写。章惇稳步走过横木，把大绳子拴在树上，他提起衣服，顺着绳子下去，用漆墨软笔在石壁上写下“苏轼、章惇来”几个大字。回来后，神色不变，苏轼抚着他的背说“：你他日必能杀人。”章惇问“：为什么？”苏轼说“：能自己判决生命的，就能杀人。”章惇大笑。章惇被召用为馆职，遭王陶弹劾被罢去。
熙宁初年，王安石掌权，喜欢章惇的才能，用他为编修三司条例官，加官为集贤校理、中书检正。当时宋正经制南、北江蛮族，任命他为湖南、北察访使。提点刑狱赵鼎说，峡州群蛮苦于他们酋长的刻剥，谋求归附，辰州平民张翘也说南、北江群蛮归顺朝廷，宋廷就把这事交给章惇。章惇召募被流放的人李资、张惇等去招抚群蛮，李资、张惇奸淫蛮族妇女，被他们的酋长杀死，于是宋发兵攻讨，因此两江骚动。神宗怀疑章惇违背命令，王安石告诫章惇不要轻举妄动，章惇竟用三路兵平定懿、洽、鼎三州。因蛮人占据潭州的梅山，章惇就乘势南下。转运副使蔡烨说这件事不能马上成功，神宗也同意，把这事专门委托给蔡烨，王安石支持章惇，双方争论不止。不久蔡烨得到蛮人的地盘，王安石恨蔡烨阻挠章惇，就给他薄赏，提升章惇修起居注，从此宋在南方久不能撤军。
宋廷召回章惇，提升他为知制诰、直学士院、判军器监。三司着火，神宗在御楼观看，章惇部署役兵赶去救火，经过楼下，神宗问后知道是章惇，第二天就任命他为三司使。吕惠卿被罢，邓绾论奏章惇与他一样有恶，章惇被贬出朝任湖州知州，转为杭州知州。章惇入朝任翰林学士。元丰三年(1080)，章惇被任命为参知政事。朱服为御史，章惇暗中派门客同朱服沟通，被朱服告发。章惇的父亲强占百姓沈立的土地，沈立拦住章惇并向他诉说，被章惇抓到开封。章惇因以上二件事获罪，被贬为蔡州知州，又历任陈、定二州知州。元丰五年，章惇被召入朝任门下侍郎。丰稷上奏说“：官府刚开始刷新就首先任用章惇，这不是研习古事、设置官府的意思。”丰稷获罪降职。谏官赵彦若又奏论章惇没有德行，皇上没答复。
哲宗即位，章惇为知枢密院事。宣仁后掌政，章惇和蔡确诈称有定策功。蔡确被罢，章惇不安，就驳斥司马光所改的役法，达数千言。大略说：“保甲、保马法一日不罢去，有一日的危害。役法在熙宁初年就改为免役，后来才有弊端；现在又恢复为差役，应该全面讨论，然后施行，不该马上改变，留下后悔。”吕公著说“：章惇说的固然有可取之处，但他专在求胜，不顾朝廷大体。”司马光的建议施行后，章惇愤恨地在太后面前争辩，他的话十分不恭敬。宣仁后大怒，刘挚、苏辙、王觌、朱光庭、王岩叟、孙升接连攻击他，他被贬出朝任汝州知州。在七八年内，他多次被言官弹劾。
哲宗亲政后，有恢复熙宁、元丰时各法的意图，首先任用章惇为尚书左仆射兼门下侍郎，于是章惇专以“绍述”为国事，凡是元惇所改的全都恢复。引用蔡卞、林希、黄履、来之邵、张商英、周秩、翟思、上官均居要职、任言官，他们朋比奸邪、报复仇怨，大小官僚，无一幸免，死去的殃及妻、子。甚至诋毁宣仁后，说元惇初年是老奸擅国。又请求掘司马光、吕公著的坟，砍他们的棺材。哲宗没答应，章惇不满，请求编辑、分类元惇时大臣们的章疏，有见识的人知道祸患没消除。于是就处治刘安世、范祖禹劝谏宫中雇乳母的事，又用文及甫陷害别人的文书引导蔡渭，让蔡渭告发刘挚、梁焘有反谋，兴起同文馆案，命令蔡京、安..、蹇序辰穷究到底，想使那些人家破人亡。又建议派吕升卿、董必去岭南访察，将把被流放的人全杀死。哲宗说“：朕遵循祖宗遗制，不曾杀戮大臣，释放他们不要治罪。”但是重新得罪的有十多人，有的被三四次贬谪迁移，天下人都认为他们冤枉。
章惇用邢恕为御史中丞，邢恕用北齐娄太后宫名叫宣训，曾废她的孙子少主而立儿子常山王高演的事，假托司马光对范祖禹说：“如今主少国疑，北齐宣训事仍可忧虑。”又引诱高士充上书，说他父亲高遵裕临死时屏退左右对高士充说“：神宗弥留之际，王王圭派高士充来问：‘不知皇太后想立谁为帝？’我斥责高士充离开。”这都是想诬陷宣仁后，用这些来证实。章惇就追贬司马光、王王圭，赠高遵裕为奉国军留后。章惇勾结宦官郝随，让他帮助自己，想追废宣仁后，皇太后、太妃都极力同他争辩。哲宗感悟，烧了他的奏疏，被郝随侦知，秘密告诉章惇和蔡卞。第二天章惇、蔡卞又上奏，哲宗生气地说“：你们不想让我进英宗庙吗？”章惇、蔡卞才作罢。
章惇又以孟皇后是元..中期宣仁后所立的，迎合郝随，劝哲宗在后宫兴起狱案，假托邪门旁道，废掉孟后，让她居住瑶华宫。后来哲宗十分后悔，叹道：“章惇坏了我的名节。”章惇又与刘友端结成表里，请求立刘贤妃为皇后。
当初，神宗采纳王安石的建议，开边熙河，谋取灵、夏二州，十多年兴兵不止。等到听说永乐之败，神宗当廷恸哭，随后得病，所以元..大臣推测他的本意，就是专门致力于怀柔外国。西夏请求还故地，宋国把那些不重要的城寨还给他们。章惇认为缩国弃地，罪在帅臣，于是采用骚扰敌人阻挠他们耕种的说法，擅开边隙，不给夏人岁赐，进占汝遮等城，陕西各路有五十多个地方开战，宋损兵折将，又丢弃青唐，死伤无数。章惇知道天下人怨恨自己，想堵塞天下人的议论，请皇上下诏在各地探察百姓有妄言者按律论罪。他还立下赏格，告密之风日益兴盛。有个酒醉胡说的人，皇上下诏免去死罪，章惇竟按律杀死了他。章惇用刑更加苛峻，但不能阻止人们的议论。
哲宗去世，皇太后商议立皇上的事，章惇厉声说：“按礼律而言，应立哲宗的同母弟简王。”皇太后说：“我没儿子，各王都是神宗的庶子。”章惇又说“：按年纪应立申王。”皇太后说：“申王有病，不能立。”章惇还想说话，知枢密院事曾布呵斥他说：“章惇，听太后安排。”皇太后决定立端王，就是徽宗。章惇升为特进，被封为申国公。
章惇为山陵使，灵车陷在泥水坑中，过了一宿才走出来。言官弹劾他不恭，他被罢职，任越州知州，不久被贬为武昌军节度副使，潭州安置。右正言任伯雨弹劾他想追废宣仁后，他又被贬为雷州司户参军。当初，苏辙被贬到雷州，不许他占官舍，他就租百姓的房子，章惇又认为是强夺民居，让州官追究处治，因租约很明白，才停止。此时，章惇也想租用这个百姓的房子，这个人说：“先前苏公来住这儿，因为章丞相我差点破家，现在不能出租了。”章惇被转到睦州，去世。
章惇的才识超人，穷凶极恶，不肯把官爵给自己的亲信，他的四个儿子接连考中进士，只有四儿子章援曾任校书郎，其余的都随着进士名册被选任为州县官，始终没有显贵的。
章惇的妻子张氏很贤慧，章惇任宰相时，张氏病重将死，嘱咐他说“：你做宰相，千万别做报复的事。”祭祀完张氏，丧期满后，章惇对陈馞说：“不能忍受丧妻的痛苦，怎么办？”陈馞说：“与其悲伤无益，不如记住她临死前的话。”章惇无以回答。
政和中期，追赠章惇为观文殿大学士。绍兴五年(1135)，高宗看任伯雨的奏疏，下手诏说：“章惇诋毁宣仁后，想追废她为平民，全赖哲宗不答应他的请求，假使他的话施行，能不累及泰陵吗？贬章惇为昭化军节度副使，子孙不许在朝中为官。”诏书颁布后，举国称快，只有他家还做了《辩诬论》，被见到的人讥笑。