恭闵惠皇帝讳允炆。太祖孙，懿文太子第二子也。母妃吕氏。帝生颍慧好学，性至孝。年十四，待懿文太子疾，昼夜不暂离。更二年，太子薨，居丧毁瘠。太祖抚之曰：“而诚纯孝，顾不念我乎。”洪武二十五年九月，立为皇太孙。二十九年，重定诸王见东宫仪制，朝见后于内殿行家人礼，以诸王皆尊属也。初，太祖命太子省决章奏，太子性仁厚，于刑狱多所减省。至是以命太孙，太孙亦复佐以宽大。尝请于太祖，遍考礼经，参之历朝刑法，改定洪武《律》畸重者七十三条，天下莫不颂德焉。
三十一年闰五月，太祖崩。辛卯，即皇帝位。太赦天下，以明年为建文元年。是日，葬高皇帝于孝陵。诏行三年丧。群臣请以日易月。帝曰：“朕非效古人亮阴不言也。朝则麻冕裳，退则齐衰杖绖，食则饘粥，郊社宗庙如常礼。”遂命定仪以进。丙申，诏文臣五品以上及州县官各举所知，非其人者坐之。六月，省并州县，革冗员。兵部侍郎齐泰为本部尚书，翰林院修撰黄子澄为太常卿，同参军国事。
秋七月，召汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲。诏行宽政，赦有罪，蠲逋赋。八月，周王橚有罪，废为庶人，徙云南。诏兴州、营州、开平诸卫军全家在伍者，免一人。天下卫所军单丁者，放为民。九月，云南总兵官西平侯沐春卒于军，左副将何福代领其众。
冬十一月，工部侍郎张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，察燕阴事。诏求直言，举山林才德之士。十二月癸卯，何福破斩刀干孟，麓川平。是月，赐天下明年田租之半，释黥军及囚徒还乡里。
是年，暹罗、占城入贡。
建文元年春正月癸酉，受朝，不举乐。庚辰，大祀天地于南郊，奉太祖配。修《太祖实录》。二月，追尊皇考曰孝康皇帝，庙号兴宗，妣常氏曰孝康皇后。尊母妃吕氏曰皇太后，册妃马氏为皇后。封弟允熥为吴王，允熞衡王，允熙徐王。立皇长子文奎为皇太子。诏告天下，举遗贤。赐民高年米肉絮帛，鳏寡孤独废疾者官为牧养。重农桑，兴学校，考察官吏，振罹灾贫民，旌节孝，瘗暴骨，蠲荒田租。卫所军户绝都除勿勾。诏诸王毋得节制文武吏士，更定内外大小官制。三月，释奠于先师孔子。罢天下诸司不急务。都督宋忠、徐凯、耿王瓛帅兵屯开平、临清、山海关。调北平、永清二卫军于彰德、顺德。侍郎暴昭、夏原吉等二十四人充采访使，分巡天下。甲午，京师地震，求直言。
夏四月，湘王柏自焚死。齐王榑、代王桂有罪，废为庶人。遣燕王世子高炽及其弟高煦、高燧还北平。六月，岷王楩有罪，废为庶人，徙漳州。己酉，燕山护卫百主户倪谅上变，燕旗校于谅等伏诛。诏让燕王棣，逮王府官僚。北平都指挥张信叛附于燕。
秋七月癸酉，燕王棣举兵反，杀布政使张昺、都司谢贵。长史葛诚、指挥卢振、教授余逢辰死之。参政郭资、副使墨麟、佥事吕震等降于燕。指挥马宣走蓟州，佥瑱走居庸。宋忠趋北平，闻变退保怀来。通州、遵化、密云相继降燕。丙子，燕兵陷蓟州，马宣战死。己卯，燕兵陷居庸关。甲申，陷怀来，宋忠、俞瑱被执死，都指挥彭聚、孙泰力战死，永平指挥使郭亮等叛降燕。壬辰，谷王橞自宣府奔京师。长兴侯耿炳文为征虏大将军，驸马都尉李坚、都督甯忠为左、右副将军，帅师讨燕。祭告天地宗庙社稷，削燕属籍。诏曰：“邦家不造，骨肉周亲屡谋僣逆。去年，周庶人橚僣为不轨，辞连燕、齐、湘三王。朕以亲亲故，止正橚罪。今年齐王榑谋逆，又与棣、柏同谋，柏伏罪自焚死，榑已废为庶人。朕以棣于亲最近，未忍穷治其事。今乃称兵构乱，图危宗社，获罪天地祖宗，义不容赦。是用简发大兵，往致厥罚。咨尔中外臣民军士，各怀忠守义，与国同心，扫兹逆氛，永安至治。”寻命安陆侯吴杰，江阴侯吴高，都督耿瓛，都指挥盛庸、潘忠、杨松、顾成、徐凯、李友、陈晖、平安，分道并进。置平燕布政使司于真定，尚书暴昭掌司事。
八月己酉，耿炳文兵次真定，徐凯屯河间，潘忠、杨松屯鄚州。壬子，燕兵陷雄县，潘忠、杨松战于月漾桥，被执。鄚州陷。壬戌，耿炳文及燕兵战于滹沱河北，败绩，李坚、甯忠、顾成被执，炳文退保真定。燕兵攻之不克，引去。召辽王植、宁王权归京师，权不至，诏削护卫。丁卯，曹国公李景隆为征虏大将军，代耿炳文。九月戊辰，吴高、耿瓛、杨文帅辽东兵，围永平。戊寅，景隆兵次河间，燕兵援永平，吴高退保山海关。
冬十月，燕兵自刘家口间道袭陷大宁，守将朱鉴死之。总兵官刘真、都督陈亨援大宁，亨叛降燕。燕以宁王权及朵颜三卫卒归北平。辛亥，李景隆重围北平，燕兵还救。十一月辛未，李景隆及燕兵战于郑村坝，败绩，奔德州，诸军尽溃。燕王棣再上书于朝。帝为罢齐泰、黄子澄官，仍留京师。
二年春正月丙寅朔，诏天下来朝官勿贺。丁卯，释奠于先师孔子。二月，燕兵陷蔚州，进攻大同。李景隆自德州赴援，燕兵还北平。保定知府雒佥叛降燕。甲子，复以都察院为御史府。均江、浙田赋。诏曰：“国家有惟正之供，江、浙赋独重，而苏、松官田悉准私税，用惩一时，岂可为定则。今悉与减免，亩毋逾一斗。苏、松人仍得官户部。”三月丙寅朔，日有食之。赐胡广等进士及第、出身有差。
夏四月己未，李景隆及燕兵战于白沟河，败之。明日复战，败绩，都督瞿能、越巂侯俞渊、指挥滕聚等皆战死，景隆奔德州。五月辛未，奔济南。燕兵陷德州，遂攻济南。庚辰，景隆败绩于城下，南走。参政铁铉、都督盛庸悉力御之。六月己酉，遣尚宝丞李得成谕燕罢兵。
秋八月癸巳，承天门灾，诏求直言。戊申，盛庸、铁铉击败燕兵，济南围解，复德州。九月，诏录洪武中功臣罪废者后。辛未，封盛庸历城侯，擢铁铉山东布政使，参赞军务，寻进兵部尚书。以庸为平燕将军，都督陈晖、平安副之。庸屯德州，平安及吴杰屯定州，徐凯屯沧州。
冬十月，召李景隆还，赦不诛。庚申，燕兵袭沧州，徐凯被执。十二月甲午，燕兵犯济宁，薄东昌。乙卯，盛庸击败之。斩其将张玉。丙辰，复战，又败之，燕兵走馆陶。庸军势大振，檄诸屯军合击燕，绝其归路。
三年春正月辛酉朔，凝命神宝成，告天地宗庙，御奉天殿受朝贺。乙丑，吴杰、平安邀击燕兵于深州，不利。辛未，大祀天地于南郊。丁丑，享太庙，告东昌捷。复齐泰、黄子澄官。三月辛巳，盛庸败燕兵于夹河，斩其将谭渊。再战不利，都指挥庄得、楚智等力战死。壬午，复战，败绩，庸走德州。丁亥，都督何福援德州。癸巳，贬齐泰、黄子澄、谕燕罢兵。闰月己亥，吴杰、平安及燕战于藁城，败绩，还保真定。燕兵掠真定、顺德广平、大名。棣上书读召还诸将息兵，遣大理少卿薛岩报之。是月，《礼制》成，颁行天下。
夏五月甲寅，盛庸以兵扼燕饷道，不克。棣复遣使上书，下其使于狱。六月壬申，燕将李远寇沛县，焚粮艘。壬午，都督袁宇邀击之，败绩。
秋七月己丑，燕兵掠彰德。丁酉，平安自真定攻北平。壬寅，大同守将房昭帅兵由紫荆关趋保定，驻易州西水寨。九月甲辰，平安及燕将刘江战于北平，败绩，还保真定。
冬十月丁巳，真定诸将遣兵援房昭，及燕王战于齐眉山，败绩。十一月壬辰，辽东总兵官杨文攻永平，及刘江战于昌黎，败绩。己亥，平安败燕将李彬于杨村。十二月癸亥，燕兵焚真定军储。诏中官奉使侵暴吏民者，所在有司系治。是月，驸马都尉梅殷镇淮安。《太祖实录》成。
四年春正月甲申，召故周王橚于蒙化，居之京师。燕兵连陷东阿、东平、汶上、兖州、济阳，东平吏目郑华，济阳教谕王省皆死之。甲申，魏国公徐辉祖帅师援山东。燕兵陷沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦死之。癸丑，薄徐州。二月甲寅，都督何福及陈晖、平安军济宁，盛庸军淮上。己卯，更定品官勋阶。三月，燕兵攻宿州，平安追及于淝河，斩其将王真，遇伏败绩，宿州陷。
夏四月丁卯，何福、平安败燕兵于小河，斩其将陈文。甲戌，徐辉祖等败燕兵于齐眉山，斩其将李斌，燕兵惧，谋北归。会帝闻讹言，谓燕兵已北，召辉祖还，何福军亦孤。庚辰，诸将及燕兵大战于灵璧，败绩，陈晖、平安、礼部侍郎陈性善、大理寺卿彭与明皆被执。五月癸未，杨文帅辽东兵赴济南，溃于直沾。己丑，盛庸军溃于淮上，燕兵渡淮，趋扬州。指挥王礼等叛降燕，御史王彬、指挥崇刚死之。辛丑，燕兵至六合，诸军迎战，败绩。壬寅，诏天下勤王，遣御史大夫练子宁、侍郎黄观、修撰王叔英分道徵兵。召齐泰、黄子澄还。苏州知府姚善、宁波知府王琎、徽州知府陈彦回、乐平知县张彦方各起兵入卫。甲辰，遣庆成郡主如燕师，议割地罢兵。
六月癸丑，盛庸帅舟师败燕兵于浦子口，复战不利。都督佥事陈瑄以舟师叛附于燕。乙卯，燕兵渡江，盛庸战于高资港，败绩。戊午，镇江守将童俊叛降燕。庚申，燕兵至龙潭。辛酉，命诸王分守都城，遣李景隆及兵部尚书茹瑺、都督王佐如燕军，申前约。壬戌，复遣谷王橞、安王楹往。皆不听。甲子，遣使齐蜡书四出，促勤王兵。乙丑，燕兵犯金川门，左都督徐增寿谋内应，伏诛。谷王橞及李景隆叛，纳燕兵，都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之。
或云帝由地道出亡。正统五年。有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。恩恩知府岑瑛闻于朝。按问，乃钧州人杨行祥，年已九十余，下狱，阅四月死。同谋僧十二人，皆戍辽东。自后滇、黔、巴、蜀间，相传有帝为僧时往来迹。正德、万历、崇祯间，诸臣请续封帝后，及加庙谥，皆下部议，不果行。大清乾隆元年，诏廷臣集议，追谥曰恭闵惠皇帝。
赞曰：惠帝天资仁厚。践阼之初，亲贤好学，召用方孝孺等。典章制度，锐意复古。尝因病晏朝，尹昌隆进谏，即深自引咎，宣其疏于中外。又除军卫单丁，减苏、松重赋，皆惠民之大者。乃革命而后，纪年复称洪武，嗣是子孙臣庶以纪载为嫌，草野传疑，不无讹谬。更越圣朝，得经论定，尊名壹惠，君德用彰，懿哉。