裴邃，字深明，河东闻喜人，原魏国冀州刺史裴徽的后代。祖父名寿孙，寓居于寿阳，任宋武帝的前军长史。父亲仲穆，任骁骑将军。
裴邃十岁就能写诗文，喜爱《左氏春秋》。齐东昏侯继位，始安王萧遥光任扬州刺史，任用他当了参军。遥光兵败之后，裴邃回到寿阳，正值刺史裴叔业将寿阳向魏国投降，裴邃便随着众人北迁。魏宣武帝很敬重他。他在魏国担任魏郡太守。魏派王肃镇守寿阳时，裴邃坚决请求随同王肃一起，暗中打算回归南方。梁朝天监初年，他自己逃回南方，被任命为后军谘议参军。裴邃请求到边境去为国效力，朝廷委任他为庐江太守。
天监五年(506)，他进攻邵阳洲，魏人用长桥隔断淮河南渡，裴邃在近桥处修建城垒，每次出击都取得胜利。于是，他又暗暗制造了一种没突舰。正值大雨时节，淮河暴涨，裴邃乘坐没突舰直到桥边进击敌人，大败敌军。他因功而被封为夷陵县子。
改任广陵太守时，他和乡里人一起进入魏武帝庙，于是一起谈论帝王的功业。他的妻子的外甥王篆之秘密报告梁武帝说：“裴邃喜欢说大话，有不忠的迹象。”于是被贬为始安太守。裴邃决心要在边境建功立业，不愿担任清闲疏远的官职，便写信给吕僧珍说：“以前阮咸、颜延之有‘二始’的感叹，我才能比不上古人，如今已是‘三始’了，这不是我的本愿，有什么办法呢？”后来，他担任了竟陵太守，便开设屯田，公家和私人都得到好处。再迁任西戎校尉、北梁秦二州刺史，又开创屯田几千顷，仓库充实，减少往边境运输粮食的重负，民众官吏们都得到休息。于是，他们自发相互聚集起来，送给裴邃绢一千多匹。裴邃安详地对他们说：“你们不必这样做，不过我又不能有负你们的盛情。”于是他收下了二匹绢。后被召入朝担任大匠卿。
普通二年(521)，义州刺史文僧明以该州归附魏国。魏军前来援助，朝廷任命裴邃为信武将军，率领军队前去征讨。裴邃深入魏国境内，出其不意发动进攻。魏国任命的义州刺史封寿据守檀公岘，裴邃打败了他并进而包围了这座城。封寿请求归降，义州被讨平。改任裴邃为豫州刺史，加封都督，镇守合肥。
普通四年，梁军大举北征，任命裴邃总督征讨诸军事，他先领兵袭击寿阳，攻下外城后，破门而入，一天之内九次和敌人合战，但由于后军蔡秀成迷失道路没有按时赶到，裴邃因后援断绝，只得撤军而回。接着，裴邃又整顿军队，收集士卒，让众将各自穿上不同颜色的服装以相互区别。裴邃自己身穿黄袍率领骑兵，先攻下狄丘、甓城、黎浆，又扫平安成、马头、沙陵等戍地。第二年，所控制的地盘已经到了汝、颍地区了，各地均纷纷响应。魏国的寿阳守将长孙承业、河间王元琛出城挑战，裴邃到达淮水边叹息着说：“今日不破河间，就要被谢玄所取笑了！”他便布置了四甄的阵容来等待魏军到达，同时命令直阁将军李祖怜装出败逃的样子来引诱长孙承业，长孙承业等便率领全体人马追击，四翼的伏兵突然大起，魏军大败，被斩首一万多级。长孙承业逃走，关紧了城门不敢再出战。
裴邃在军中病重，下令众军严加防备，护送他回到合肥去安葬。不久去世，追赠为侍中、左卫将军，晋封爵位为侯，谥为烈。
裴邃善于思考，有深远的谋略，为政宽和明察，很能得到士民百姓之心，他自身正直无私，有很高的威望，将士们都怕他，很少有人敢违犯法令。当他去世后，淮河流域、合肥一带民众无不痛哭流涕，认为裴邃如果不是早死的话，必定会大大扩展土地。他的儿子裴之礼继承了他的爵位。