郭祖深是襄阳人。梁武帝初起兵时，以门客的身份跟随。后来又跟随蔡道恭在司州。北方沦陷后南归。上书陈说边境的情况，不被采用。后被选拔为县令兼南梁郡丞，改任后军行参军。梁武帝对家人溺爱疏于教育，朝政废弛，祖深就抬着棺材上殿上奏封事，大略如下：
“大梁应天命而生，功业盖过历代帝王，既广施慈悲，宪律便近于废弃；愚顽之人无知，懈怠之风从此而起；各人竞相奢侈，贪婪丑行就滋生起来。这多少是由于陛下恩宠赏赐过多，对下属过于宽大，故廉洁者入仕无路可走，而贪苛者作官门路很多。直如弦者饿死沟壑，曲如钩者升任成群。能说会道的，竞相推荐，口拙诚信的，空被埋没。劳苦功高的，奉禄赏赐不够，无功幸进的，反加宠爱提拔。以前宋国人卖酒，因为店里养狗太凶无人敢来，以至把酒放酸，陛下的狗，比他厉害多了。
“臣闻民为国家根本，食为百姓的命根子，所以《礼》说国家没有六年的积蓄，就不成为国家。据此而言，农业为当务之急。然而郡县官吏苛刻暴虐，对农耕不加鼓舞奖励，如今粮食丰收，百姓尚面有饥色，如果遇上水旱之灾，拿什么来赈救？陛下往年崇尚儒学，设立五经学馆，国内到处洋溢着读书声。近来却仰慕佛教，结果普天下都信奉皈依，家家持斋受戒，人人忏悔礼拜，不务农业，空谈佛理。耕种纺织是当前的生活必需，修行功德是来世的善果，怎么能够荒本劳末，舍近求远呢。如今经商者和吃闲饭的越来越多，种地的越来越少，织机空闲的一天比一天多。陛下如果广兴屯田，贱视金玉重视粮食，努力生产的加以提拔，懒于耕织的明正典刑。这样数年以后，则家家富足，廉洁礼让便有了产生的条件。
“君子和小人，所想的不一样：君子志于行道，小人盘算得利。志于道者安国济民，志于利者损人利己。僧人是害国的小人，忠良是卫国的君子。臣见患病的人去找道士治病便让你打醮画符，找僧尼则让你戒斋听讲经，民间巫师则要驱妖捉鬼，医生则用药外敷内服，这全在于你自己的事先选择。臣认为治国之本，和治病相似，治病应摒弃巫师鬼怪，去找华佗、扁鹊；治国应当黜退奸佞之徒，而用管仲、晏婴。如今所信用的人，只不过是腹背上的毛罢了。谈论外事则有徐勉、周扌舍，谈论内务则有云、..。云、..所说的都是败坏风俗扩张佛教，徐勉、周扌舍所想的只是苟安于江东。君主慈悲臣下怯懦，不图进取，使得中原百姓怀恨南望，如果贾谊重生，岂不为之痛哭。臣如今直言冒犯了陛下，可能还会被宽恕，而得罪贵臣，就有不测之祸。臣之所以不避死罪知无不言，正是以国家社稷为重而以个人性命为轻。假使能采纳臣的意见，杀了我也死而无憾。
“谋臣良将，哪个朝代没有？难得的是被了解，重要的在于任用罢了。陛下登基历时二十余年，有谁能尽臣节直言诤谏？百官只是表面苟同而不肯齐心合力，回答陛下询问不过惟惟喏喏而已。在朝廷上只说圣旨英明，出了门议论就说谁敢说逆耳之言。过失在下面而使上面受怪罪，于是使得皇上开诚布公，引咎自责，而宰辅大臣们都心安理得，一点儿没有自责之心。百官群僚，少有奉公尽职的，都是白食俸禄追逐私利，不重廉洁，家中积累金银；上朝列班侍立如同神仙，不种田不经商，为什么能够这样享受？刑法是人的父母，利禄是人的仇敌；刑法严厉就人心思善，好处多了就人生恶念，恶念不可助长，贪欲不可放纵。但愿能去除贪浊之官，任用廉洁之士，明法令，严刑罚，禁奢侈，薄赋敛，则天下幸甚。谨呈上封事二十九条，但愿圣上别忙于英明决断，先听听臣的愚见。”
当时武帝正在大兴佛教，要用它来改换中国的习俗，因此祖深特别说到这件事，上书的条目中认为：
“京都佛寺五百余所，都极为宏伟华丽。僧尼十余万，资产丰厚。至于各郡县，就数也数不清了。和尚又有不出家的俗弟子，叫作白徒，尼姑则都收留养女，都不在民籍注册，天下户口几乎减少一半。而僧尼多不守教规，养女都身穿绵缎，败坏世风，损伤佛门，大概都由此而生。请朝廷细加考查，如果没有什么道行，都令其还俗务农。废止白徒养女，听候发作奴婢，婢女只能穿青布衣，僧尼都令他们吃粗食。这样，才能使僧俗都得以兴盛，国家富足人民殷实。不然，恐怕将来处处都成寺庙，家家都剃发为僧，连一尺土一个人也都非国家所有了。
“朝廷任用前朝旧臣，作边境上州郡长官，这些人不顾为官之道，只会贪婪残暴，欺压良民，为害甚于豺狼。江、湘人民尤受其害。自三关以外，处处遭受荼毒。而且这些人来归顺时，只有光杆一个，等被任用以后，都各自招募部曲。而扬州、徐州的民众，被繁多的劳役逼迫，多来投奔，以获取一点儿钱财。但都大多是只署一个虚名，仅送出三津以外，名字在远方服役，本人又回到家乡。又怕上头查问，于是逃亡他乡，侨户的兴起，很大程度都是由于这个原因。另外梁朝以来，征发民众服役，称为三五。等编到将官属下，主将残暴无情，不顾其死活，丁役死亡很多，都被作为叛逃记录下来。有的甚至牺牲在战场，也记在叛逃名下，上边下文出来查办，都把他们作为叛逃者，扣押其家属。逼得全家叛逃，就抓捕同族的人；同族的都叛逃了，就抓捕同一比伍的；同比伍的都叛逃了，就把整个村子的人都抓起来。这样一人犯事，则全村皆空。虽然朝廷不时发布赦免令，表示既往不咎，但旧时的查办公文仍在下发，并限时严办。上司对下属信不过，逐级督促。朝廷使臣催到州里，州又派使者到郡，州郡一个比一个催得急，一同到县里催逼。县级长官多为庸才，上边有风吹草动就吓得不行。于是就搜刮民财，孝敬上官，逼人交重礼，答应在上司面前写报告遮掩。如果哪个县稍微想纠正一下这种风气，就会马上遭到上司严厉斥责，因此到处都在随心所欲贪谋私利，以侍奉上官。”
又有建议阻断界首关口，以阻止劫掠人口往北方贩运，以及当前许多关隘都已废弃，需加以整顿的建议。又说庐陵王年少，镇守襄阳不合适；左仆射王日柬居丧时，被起用为吴郡太守，却一点儿也没有推托。话说得都很重。又奏请让武帝再去郊祀四星。武帝虽不能都采用，但赞赏他的正直，提拔他为豫章钟陵县令，员外散骑常侍。
普通七年(526)，改南州津为南津校尉，让祖深去任职。加衔云骑将军，俸禄二千石。让他招募两千部曲。到了南州后，一切事秉公严断。以前王侯贵人出入关口，无视法令，挟带逃亡人口。祖深对于不法行为严格检查，不避权势，不行就动刑法。奏弹江州刺史邵陵王、太子詹事周扌舍有受贿罪。远近畏惧，无人敢于随意胡为，淮南太守竟像对上司那样怕他。
他常穿着旧外衣，用不油漆的白木桌子，每顿饭不超过一个肉食。有一位老妇人送他一个早摘的青瓜，祖深用一匹帛来回报她。后来有一个富人仿效此事用青瓜去贿赂他，被他鞭打示众。朝野人士都怕他这点儿，对他不敢行贿拉拢。他所带领的都是精兵，纪律严明。有什么讨伐追捕的任务，往往越境也要把人犯抓获。长江曾经有贼寇，祖深亲自带人去讨伐，列阵后无人敢向前进，他就命令他最亲近的人先上，不按要求前进的斩首。于是大破贼寇，威震远近，长江肃清。