王镇恶，北海剧县人。祖父王猛，在苻坚那里做官，兼任将相。父亲王休为河东太守。王镇恶是五月生，家里人因为风俗的忌讳，想让他出家去继承疏房远族。王猛说：“这不是一个平常的孩子。过去孟尝君在恶月出生而做了齐国的宰相，这孩子也将要使我们家门兴旺的。”所以名字叫镇恶。十三岁时苻氏失败，寄居在渑池人李方家吃饭。李方对他招待得很好，他对李方说：“如果遇到一个英雄的君主，邀取到万户侯，一定要厚厚地相报。”李方说：“您是丞相的孙子，人材这么出众，何愁不会富贵，到时候希望能聘我为本县的县令就足够了。”
后来随着叔父王曜归顺了晋朝，客居在荆州，很读了一些诸子的兵书，喜欢谈论军国大事，骑射不是他的特长，但是却善于果断地经营国家大事。宋武帝讨伐广固，王镇恶当时做天门郡临澧县令。有人把他推荐给武帝，武帝召见，和他交谈，很惊异，于是留他住下。早晨对诸位下属官员说：“王镇恶是王猛的孙子，正是所谓将门有将。”就把他安排在了前部的贼曹。因为抵抗卢循有功，封为博陆县五等子。
武帝计划讨伐刘毅，王镇恶说：“您如果要对付西楚，请拨给我一百只大船做前驱。”等到进行西讨，转调王镇恶为参军事，让他率领龙骧将军蒯恩的一百条大船在前面出发。王镇恶接受了命令，便昼夜兼程前进，声称是刘兖州西上。刘毅认为是真的，不知道却将要遭到袭击。
王镇恶离江陵城二十里，弃船登陆，蒯恩的军队在前面，王镇恶紧接在后头，每条大船上各留一二人，对着大船的岸上竖旗安鼓，告诉所留下的人说：“估计我们将到城下，便长久地戒严，让人看起来好像后面还有大军的样子。又分出一支军队留在后面，让他们烧掉江津的船只。王镇恶径直向前袭击城池，渡口守卫和百姓们都说是刘藩的军队真的到来了，心情安然毫不怀疑。将到城中，碰上了刘毅的重要将领朱显之驰马向前问刘藩在什么地方，军人回答说“在后面。”等到了军队的后面却不见刘藩，又望见江津的船舰被烧，而鼓声很大，知道不是刘藩到来，便飞马去告诉刘毅，让他关闭城门。王镇恶也驰马进入城内，便趁风放火，烧了大城的南门和东门。又派人拿上诏书以及赦免文书和武帝的手书共三封交给刘毅，刘毅都烧掉不看。城内牙城中的人也不信武帝亲自前来。等到短兵接战，王镇恶的军人和刘毅手下的将领有的是父兄子弟中表亲戚，他们且战且说，知道武帝就在后面，军人的情绪便离散懈怠了。
起初，刘毅平时所骑的马隔在了城外无法进来，他仓促之间没有马骑，便让人到他儿子刘肃那里去要马，刘肃不给。朱显之对他说：“别人要取你父亲的性命，而你却吝惜一匹马，你逃走想逃到什么地方去呢？”夺过马来给了刘毅，从大城东门出去，逃奔至牛牧佛寺，自缢而死。王镇恶身上中了五箭，手中所拿的长槊破折。江陵平定以后二十天，大军才到，王镇恶因战功封为汉寿县子。
后来武帝北伐，王镇恶担任镇西咨议，做龙骧将军，兼任前锋。将要出发，前将军刘穆之对他说：“从前晋文王把蜀地委托给邓艾，现在也要把关中委托给您了，希望您要好好努力。”王镇恶说：“我们借托风云，并且承蒙提拔，现在咸阳如不攻克，誓不再渡长江返回。三秦如果平定，而主公的九锡封赏不到，也就是您的责任了。”
王镇恶进入了贼军的辖地，战无不捷，攻破了虎牢关和柏谷坞。进军驻扎在渑池，到了故友李方家，进了堂屋见了他的母亲，丰厚地加以酬谢赏赐，当即授职李方担任渑池令。两车并行直接占据了潼关，将士缺乏食物，他便亲自到弘农去督促缴纳粮租。百姓们争着来送义谷，军粮重又丰足起来。
起初，武帝与王镇恶等人互相约定，如果攻克洛阳，必须等待大军，不可轻率前进。随后王镇恶等人到了潼关，被伪大将军姚绍所抵抗，不能前进，驰马报告武帝请求粮食和支援。当时武帝的军队进入黄河，魏军屯驻在河岸，军队不能前进。武帝叫过来被差遣的人，打开船上北面的门，指着河上的军队让他看说：“我说不要深入前进嘛，岸上是这个样子，怎么能够派遣军队！”王镇恶既然得到了义租，姚绍又病死，伪抚军将军姚赞代替姚绍守险，军力仍然很强。武帝到了湖城，姚赞撤退。
大军驻在潼关，谋划进攻夺取的计策，王镇恶自己请求率领水军从黄河进入渭河，直到渭桥。王镇恶所乘的都是蒙有牛皮的小舰，划船的人都在舰内，溯渭水前进，舰外看不见有划船的人。北方平时没有舟船，人们见了无不惊诧，以为是神怪。王镇恶到了以后，让将士吃过饭，便弃船登岸。渭水流水很急，那些舰船都随着河水流走，王镇恶抚慰士卒说：“这里是长安城北门外，离家万里，而船只衣粮全都随水流去，惟有死战，可以建立大功。”于是身先士卒，一直攻下了长安城。城内六万多户，王镇恶抚慰归附的人，号令严肃。在灞上迎接武帝，武帝慰劳他说：“成就我的大业的，真是爱卿啊。”王镇恶道谢说：“这是依靠明公您的威势，各位将官的力量。”武帝笑着说：“您是要学冯异啊？”
当时关中丰饶富有，王镇恶心性贪婪，收敛美女玉帛不可胜数，武帝因为他的功大而不管。当时有人告诉武帝说王镇恶收藏了姚泓的伪辇，有异志，武帝派人去窥视，知道王镇恶是剔取装饰在辇上的金银，而把辇丢弃在墙边，武帝才安心了。
武帝留下第二个儿子桂阳公刘义真为安西将军、秦雍二州刺史，镇守长安。王镇恶担任征虏将军兼安西司马、冯翊太守，委托给他捍卫的责任。
等大军东还，赫连勃勃逼迫北地，刘义真派遣中兵参军沈田子抵御他。敌军十分气盛，沈田子后退屯驻在刘因堡，派遣使者回来报告给王镇恶。王镇恶当着沈田子的使者的面对安西长史王修说：“您把个十岁的儿童交给我们，就应当同心尽力，现在却拥兵不进，贼军怎么能够扫平？”使者回去报告了，沈田子非常害怕。
王猛给苻坚做宰相，北国人把他比做诸葛亮。入关的功劳，又以王镇恶为首，当时的谈论者都非常害怕。沈田子的..柳之捷，威震长安，从而和王镇恶争功。武帝即将归去，留下沈田子和王镇恶，私下里对沈田子说：“钟会不能随心作乱，是因为有卫馞等人的缘故。常言说：‘猛兽不如群狐。’你们十几个人有什么惧怕王镇恶的！”所以他们二人常常互相都有猜忌。当时王镇恶驻军在泾水上，和沈田子一起聚会在傅弘之的军垒中，沈田子摒退其他人，于是就在军幕中将他斩首，另外还斩了王镇恶的哥哥王基、弟弟王鸿、王遵、王深，堂弟王昭、王朗、王弘，共七个人。傅弘之赶去告诉了刘义真，刘义真率领王智、王修披上盔甲登上横门来观察形势的变化。不一会沈田子到了，说王镇恶谋反。王修抓住了沈田子，以擅自杀人的罪名把他斩了。这一年，是义熙十四年正月十五日。追赠王镇恶为左将军、青州刺史。等武帝接受天命登了帝位，追封他为龙阳县侯，谥号为壮。传封国到曾孙王睿，齐王接受禅让，封国被废除。