十一年春正月丁丑，洪承疇敗賊於梓潼，賊還走陝西。丁亥，裁南京冗官。二月甲辰，改河南巡按御史張任學為總兵官。三月戊寅，賀逢聖致仕。是月，李自成自洮州出番地，總兵官曹變蛟追破之，復入塞，走西和、禮縣。 夏四月辛丑，張獻忠偽降於穀城，熊文燦受之。戊申，張至發致仕。己酉，熒惑逆行，諭廷臣修省。五月癸亥朔，策試考選官於中左門。六月癸巳，安民廠災，壞城垣，傷萬餘人。壬寅，孔貞運致仕。乙卯，兵部尚書楊嗣昌、戶部尚書程國祥、禮部侍郎方逢年、工部侍郎蔡國用俱禮部尚書，大理少卿范復粹為禮部侍郎，並兼東閣大學士，預機務。嗣昌仍掌兵部。是月，兩畿、山東、河南大旱蝗。秋七月乙丑，少詹事黃道周以論楊嗣昌奪情，謫按察司照磨。八月戊戌，以災異屢見，齋居永壽宮，諭廷臣修省。癸丑，傅冠致仕。戊午，停刑。流賊羅汝才等自陝州犯襄陽。九月，陝西、山西旱饑。辛巳，大清兵入牆子嶺，總督薊遼兵部侍郎吳阿衡死之。癸未，京師戒嚴。冬十月癸巳，盧象昇入援，召對於武英殿。甲午，括馬。盧象昇、高起潛分督援軍。是月，洪承疇、曹變蛟大破賊於潼關南原，李自成以數騎遁。十一月戊辰，大清兵克高陽，致仕大學士孫承宗死之。戊子，罷盧象昇，戴罪立功。劉宇亮自請視師，許之。是月，羅汝才降。十二月庚子，方逢年罷。盧象昇兵敗於鉅鹿，死之。戊申，孫傳庭為兵部侍郎督援軍，徵洪承疇入衞。是年，土魯番、琉球入貢。
十二年春正月己未朔，以時事多艱，却廷臣賀。庚申，大清兵入濟南，德王由樞被執，布政使張秉文等死之。戊辰，劉宇亮、孫傳庭會師十八萬於晉州，不敢進。丁丑，改洪承疇總督薊、遼，孫傳庭總督保定、山東、河北。二月乙未，劉宇亮罷。大清兵北歸。三月丙寅，出青山口。凡深入二千里，閱五月，下畿內、山東七十餘城。丙子，加上孝純皇太后諡，詔天下。夏四月戊申，程國祥致仕。是月，左良玉擊降賊首李萬慶。五月甲子，禮部侍郎姚明恭、張四知，兵部侍郎魏照乘，俱禮部尚書兼東閣大學士，預機務。乙丑，張獻忠叛於穀城，羅汝才等起應之，陷房縣。乙亥，削孫傳庭籍，尋逮下獄。六月，畿內、山東、河南、山西旱蝗。己酉，抽練各鎮精兵，復加徵練餉。秋七月壬申，右良玉討張獻忠，敗績於羅猴山，總兵官羅岱被執，死之。熊文燦削籍，尋逮下獄。八月癸巳，詔誅封疆失事巡撫都御史顏繼祖，總兵官倪寵、祖寬，內臣鄧希詔、孫茂霖等三十三人，俱棄市。己亥，免唐縣等四十州縣去年田租之半。壬子，大學士楊嗣昌督師討賊，總督以下並聽節制。冬十月甲申朔，楊嗣昌誓師襄陽。甲午，左良玉為平賊將軍。丙申，欽定保民四事全書成，頒布天下。十一月辛巳，祀天於南郊。十二月，羅汝才犯四川。丙午，下兵部尚書傅宗龍於獄。是年，琉球入貢。
十三年春閏正月乙酉，振真定饑。戊子，振京師饑民。癸卯，振山東饑。二月壬子朔，祀日於東郊。戊午，總督陝西三邊侍郎鄭崇儉，大破張獻忠於太平縣之瑪瑙山，獻忠走歸州。戊寅，以久旱求直言。三月甲申，禱雨。丙戌，大風霾，詔清刑獄。戊子，罷各鎮內臣。丙申，賜魏藻德等進士及第、出身有差。戊戌，振畿內饑。丁未，免河北三府逋賦。夏四月戊午，逮江西巡撫僉都御史解學龍及所舉黃道周。己卯，吏部尚書謝陞為禮部尚書，禮部侍郎陳演以原官並兼東閣大學士，預機務。五月，羅汝才犯夔州，石砫女官秦良玉連戰却之。甲申，祀地於北郊。庚戌，姚明恭致仕。六月辛亥朔，總兵官賀人龍等分道逐賊，敗之，羅汝才走大寧。庚午，蔡國用卒。辛未，薛國觀罷。秋七月庚辰朔，畿內捕蝗。己丑，發帑振被蝗州縣。辛卯，左良玉及京營總兵官孫應元等大破羅汝才於興山。汝才走巫山，與張獻忠合。八月甲戌，振江北饑。九月，陝西官軍圍李自成於巴西魚腹山中，自成走免。癸巳，張獻忠陷大昌，總兵官張令戰死。尋陷劍州、綿州。冬十月癸丑，熊文燦棄市。十一月，楊嗣昌進軍重慶。丁亥，祀天於南郊。戊子，南京地震。十二月丁未朔，嚴軍機抄傳之禁。辛亥，張獻忠陷瀘州。乙卯，逮薛國觀。是月，李自成自湖廣走河南，饑民附之，連陷宜陽、永寧，殺萬安王采鑋，陷偃師，勢大熾。是年，兩畿、山東、河南、山、陝旱蝗，人相食。
十四年春正月辛巳，祈穀於南郊。己丑，總兵官猛如虎追張獻忠及於開縣之黃陵城，敗績，參將劉士傑等戰死，賊遂東下。丙申，李自成陷河南，福王常洵遇害，前兵部尚書呂維祺等死之。二月己酉，詔以時事多艱，災異疊見，痛自刻責，停今歲行刑，諸犯俱減等論。庚戌，張獻忠陷襄陽，襄王翊銘、貴陽王常法並遇害，副使張克儉等死之。戊午，李自成攻開封，周王恭枵、巡按御史高名衡拒却之。乙丑，張獻忠陷光州。己巳，召閣臣、九卿、科道於乾清宮左室。命駙馬都尉冉興讓等齎帑金振恤河南被難宗室。三月丙子朔，楊嗣昌自四川還，至荊州卒。乙酉，禱雨。丙申，洪承疇會八鎮兵於寧遠。丁酉，逮鄭崇儉下獄，尋棄市。夏四月壬子，大清兵攻錦州，祖大壽拒守。己未，總督三邊侍郎丁啟睿為兵部尚書，督師討賊。五月庚辰，范復粹致仕。釋傅宗龍於獄，命為兵部侍郎，總督陝西三邊軍務，討李自成。戊子，祀地於北郊。六月，兩畿、山東、河南、浙江、湖廣旱蝗，山東寇起。秋七月己卯，李自成攻鄧州，楊文岳、總兵官虎大威擊敗之。壬寅，洪承疇援錦州，駐師松山。是月，臨清運河涸。京師大疫。八月乙巳，援兵戰於松山，陽和總兵官楊國柱敗沒。辛亥，賜薛國觀死。辛酉，重建太學成，釋奠於先師孔子。甲子，總兵官吳三桂、王樸自松山遁，諸軍夜潰。是月，左良玉大敗張獻忠於信陽。九月丁丑，傅宗龍帥師次新蔡，與總督保定侍郎楊文岳軍會。己卯，遇賊，賀人龍師潰，宗龍被圍，文岳走陳州。甲申，周延儒、賀逢聖復入閣。辛卯，封皇子慈炯為定王。壬辰，傅宗龍潰圍出，趨項城，被執，死之。賊屠項城及商水、扶溝。戊戌，李自成、羅汝才陷葉縣，守將劉國能死之。是月，官軍破張獻忠於英山之望雲寨。冬十月癸卯朔，日有食之。十一月丙子，李自成陷南陽，唐王聿鏌遇害，總兵官猛如虎等死之。十二月，李自成連陷洧川、許州、長葛、鄢陵。甲子，戍解學龍、黃道周。李自成、羅汝才合攻開封，周王恭枵、巡撫都御史高名衡拒守。
十五年春正月癸未，孫傳庭為兵部侍郎，督京軍救開封。乙酉，楊文岳援開封，賊解去，南陷西華。戊子，免天下十二年以前逋賦。是月，山東賊陷張秋、東平，劫漕艘。太監王裕民、劉元斌帥禁兵會兗東官軍討平之。二月戊申，振山東就撫亂民。癸丑，總督陝西都御史汪喬年次襄城，遇賊，賀人龍等奔入關，喬年被圍。丁巳，城陷，被執，死之。戊午，大清兵克松山，洪承疇降，巡撫都御史邱民仰，總兵官曹變蛟、王廷臣，副總兵江翥、饒勳等死之。是月，孫傳庭總督三邊軍務。三月，李自成陷陳州。丁丑，魏照乘致仕。己卯，祖大壽以錦州降於大清。辛卯，李自成陷睢州、太康、寧陵、考城。壬辰，封皇子慈炤為永王。丙申，李自成陷歸德。是春，江北賊陷含山、和州，南京戒嚴。夏四月癸亥，李自成復圍開封。乙丑，削謝陞籍。五月己巳，孫傳庭入關，誅賀人龍。甲戌，張獻忠陷廬州。丁亥，王樸棄市。六月戊申，賀逢聖致仕。癸丑，張四知致仕。甲寅，詔天下停刑三年。己未，詹事蔣德璟、黃景昉，戎政侍郎吳甡，俱禮部尚書兼東閣大學士，預機務。庚申，詔孫傳庭出關。兵部侍郎侯恂督左良玉軍援開封。壬戌，以會推閣臣下吏部尚書李日宣六人於獄，謫戍有差。甲子，祀地於北郊。是月，築壇親祭死事文武大臣。山西總兵官許定國援開封，潰於沁水，寧武兵潰於覃懷。秋七月己巳，左良玉、虎大威、楊德政、方國安四鎮兵潰於朱仙鎮。八月庚戌，安慶兵變，殺都指揮徐良憲，官軍討定之。乙丑，釋黃道周於戍所，復其官。丁卯，兵部尚書陳新甲下獄，尋棄市。九月壬午，賊決河灌開封。癸未，城圮，士民溺死者數十萬人。己丑，孫傳庭帥師赴河南。辛卯，鳳陽總兵官黃得功、劉良佐大敗張獻忠於潛山。冬十月辛酉，孫傳庭敗績於郟縣，走入關。十一月丁卯，援汴總兵官劉超據永城反。庚午，發帑振開封被難宗室兵民。壬申，大清兵分道入塞，京師戒嚴。命勳臣分守九門，太監王承恩督察城守。詔舉堪督師大將者。戊寅，徵諸鎮入援。庚辰，大清兵克薊州。丁亥，薊鎮總督趙光抃提調援兵。戊子，張獻忠陷無為。己丑，遼東督師侍郎范志完入援。閏月癸卯，下詔罪己，求直言。壬寅，大清兵南下，畿南郡邑多不守。丁巳，起廢將。是月，李自成陷汝寧，前總督侍郎楊文岳、僉事王世琮不屈，死。十二月，大清兵趨曹、濮，山東州縣相繼下，魯王以派自殺。己巳，李自成陷襄陽，據之。左良玉奔承天，尋走武昌。賊分兵下德安、彝陵，荊門，遂陷荊州。癸巳，焚獻陵。
十六年春正月丁酉，李自成陷承天，巡撫都御史宋一鶴、留守沈壽崇等死之。庚申，張獻忠陷蘄州。二月乙丑朔，日有食之。己巳，范志完、趙光抃會師於平原。三月庚子，李自成殺羅汝才，併其衆。壬寅，命大學士吳甡督師討賊。丁未，賊陷武岡，殺岷王企𨰘。張獻忠陷黃州。夏四月丁卯，周延儒自請督師，許之。辛卯，大清兵北歸，戰於螺山，總兵官張登科、和應薦敗沒，八鎮兵皆潰。是月，劉超平。五月癸巳朔，張獻忠陷漢陽。壬寅，周延儒還京師。丙午，修撰魏藻德為少詹事兼東閣大學士，預機務。戊申，吳甡罷。丁巳，周延儒罷。壬戌，張獻忠陷武昌，沈楚王華奎於江，在籍大學士賀逢聖等死之。六月癸亥，詔免直省殘破州縣三餉及一切常賦二年。己卯，逮范志完下獄。丙戌，雷震奉先殿獸吻，敕修省。秋七月丁酉，親鞫范志完於中左門。乙卯，親鞫前文選郎中吳昌時於中左門，徵周延儒聽勘。己未，戒廷臣私謁閣臣。京師自二月至於是月大疫，詔釋輕犯，發帑療治，瘞五城暴骸。八月壬戌朔，左良玉復武昌、漢陽。丙寅，張獻忠陷岳州。丙戌，陷長沙。庚寅，陷衡州。九月丙申，張獻忠陷寶慶。己亥，黃景昉致仕。辛丑，孫傳庭復寶豐，進次郟縣，李自成迎戰，擊敗之。庚戌，張獻忠陷永州，巡按御史劉熙祚死之。辛亥，賜楊廷鑑等進士及第、出身有差。壬子，孫傳庭兵以乏食引退，賊追及之，還戰，大敗，傳庭以餘衆退保潼關。是月，鳳陽地屢震。冬十月辛酉朔，享太廟。丙寅，李自成陷潼關，督師尚書孫傳庭死之。賊連陷華州、渭南、臨潼。命有司以贖鍰充餉。戊辰，李自成屠商州。庚午，張獻忠陷常德。壬申，李自成陷西安，秦王存樞降，巡撫都御史馮師孔、按察使黃炯等死之。丁丑，張獻忠陷吉安。十一月甲午，李自成陷延安，尋屠鳳翔。壬寅，祀天於南郊。辛亥，吏部侍郎李建泰、副都御史方岳貢並兼東閣大學士，預機務。癸丑，范志完、趙光抃棄市，戍吳甡於金齒。丁巳，李自成陷榆林，兵備副使都任、在籍總兵官尤世威等死之。寧夏、慶陽相繼陷，韓王亶塉被執。十二月壬戌，張獻忠陷建昌。乙丑，周延儒有罪，賜死。丁卯，張獻忠陷撫州。辛巳，賊渡河，陷平陽，山西州縣相繼潰降。甲申，賊陷甘州，巡撫都御史林日瑞、總兵官馬爌等死之。丙戌，左良玉復長沙。是年，暹羅，琉球、哈密入貢。
十七年春正月庚寅朔，大風霾，鳳陽地震。庚子，李建泰自請措餉治兵討賊，許之。乙卯，幸正陽門樓，餞李建泰出師。南京地震。丙辰，工部尚書范景文、禮部侍郎邱瑜並兼東閣大學士，預機務。是月，張獻忠入四川。二月辛酉，李自成陷汾州，別賊陷懷慶。丙寅，陷太原，執晉王求桂，巡撫都御史蔡懋德等死之。壬申，下詔罪己。癸酉，潞安陷。乙亥，議京師城守。李自成攻代州，總兵官周遇吉力戰，食盡，退守寧武關。丁丑，賊別將陷固關，犯畿南。己卯，遣內臣高起潛、杜勳等十人監視諸邊及近畿要害。壬午，真定知府邱茂華殺總督侍郎徐標，檄所屬降賊。甲申，賊至彰德，趙王常溲降。丁亥，詔天下勤王。命廷臣上戰守事宜。左都御史李邦華、右庶子李明睿請南遷及太子撫軍江南，皆不許。戊子，陳演致仕。李自成陷寧武，周遇吉力戰，死之。三月庚寅朔，賊至大同，總兵官姜瓖降賊，代王傳㸄遇害，巡撫都御史衞景瑗被執，自縊死。辛卯，李建泰疏請南遷。壬辰，召廷臣於平臺，示建泰疏，曰：「國君死社稷，朕將焉往？」李邦華等復請太子撫軍南京，不聽。蔣德璟致仕。癸巳，封總兵官吳三桂、左良玉、唐通、黃得功俱為伯。甲午，徵諸鎮兵入援。乙未，總兵官唐通入衞，命偕內臣杜之秩守居庸關。戊戌，太監王承恩提督城守。己亥，李自成至宣府，監視太監杜勳降，巡撫都御史朱之馮等死之。癸卯，唐通、杜之秩降於自成，賊遂入關。甲辰，陷昌平。乙巳，賊犯京師，京營兵潰。丙午，日晡，外城陷。是夕，皇后周氏崩。丁未，昧爽，內城陷。帝崩於萬歲山，王承恩從死。御書衣襟曰：「朕涼德藐躬，上干天咎，然皆諸臣誤朕。朕死無面目見祖宗，自去冠冕，以髮覆面。任賊分裂，無傷百姓一人。」自大學士范景文而下死者數十人。丙辰，賊遷帝、后梓宮於昌平。昌平人啟田貴妃墓以葬。明亡。是年夏四月，我大清兵破賊於山海關。五月，入京師，以帝禮改葬，令臣民為服喪三日，諡曰莊烈愍皇帝，陵曰思陵。
贊曰：帝承神、熹之後，慨然有為。即位之初，沈機獨斷，刈除奸逆，天下想望治平。惜乎大勢已傾，積習難挽。在廷則門戶糾紛，疆場則將驕卒惰。兵荒四告，流寇蔓延。遂至潰爛而莫可救，可謂不幸也已。然在位十有七年，不邇聲色，憂勤惕勵，殫心治理。臨朝浩歎，慨然思得非常之材，而用匪其人，益以僨事。乃復信任宦官，布列要地，舉措失當，制置乖方。祚訖運移，身罹禍變，豈非氣數使然哉。迨至大命有歸，妖氛盡掃，而帝得加諡建陵，典禮優厚。是則聖朝盛德度越千古，亦可以知帝之蒙難而不辱其身，為亡國之義烈矣。