樊子鹄，代郡平城人。其先人为荆州蛮人酋帅，被迁往代郡。父樊兴，为平城镇长史，归义侯。普泰年间(531～532)，子鹄显贵，其父被赠为征虏将军、荆州刺史。
樊子鹄在北镇动乱时，南至并州，..朱荣引荐他为都督府仓曹参军。孝昌三年(527)冬，..朱荣派子鹄到京城。灵太后接见他，询问..朱荣兵势，子鹄应对称旨，太后很是嘉许。除授直斋，封南和县开国子，食邑三百户，令他回到..朱荣处。..朱荣任他为行台郎中，行职上党郡。等到..朱荣挥军向洛，任他为假节、假平南将军、都督河东正平军事、行唐州事。刺史崔元珍闭门拒守，樊子鹄攻克下来。
建义初年(528)，拜平北将军、晋州刺史、封永安县开国伯，食邑一千户，又兼尚书行台。治州有威信，山胡纷纷服治。元颢军入洛阳，薛修义及降蜀陈双炽等人受元颢调遣，率领部队攻打州城。樊子鹄出城接战，大破敌人，又在土门大败薛修义等。以功拜授抚军将军。不久授都官尚书、西荆州大中正。后来兼右仆射，为行台，督领贾智等在东徐州讨伐吕文欣，平定他们。还朝后，除授车骑将军、左光禄大夫，进封南阳郡开国公，增加食邑六百户，尚书职仍旧，仍假骠骑大将军，率所部为都督，当时..朱荣在晋阳，京师事情，子鹄参与颇多，故在台..，征官不解。后来出除散骑常侍、本将军、殷州刺史。那年遭受干旱，收成大减，子鹄担心百姓流亡，于是强令有粮之家分粮贷给贫困人家，并派人牛易力，多种冬麦，州内因此比较安定。
等到..朱荣死后，..朱世隆等遣书召樊子鹄，要与他同到京师，子鹄不从。因母在晋阳，上启请求移镇河南。庄帝称赞他的行为，除任他为车骑大将军，豫州刺史，假骠骑大将军，都督二豫、郢三州诸军事，兼尚书右仆射，二豫、郢、颍四州行台。樊子鹄到相州，帝又赐赏绢五百匹。行达汲郡，听说..朱兆入洛阳，于是渡黄河见..朱仲远，仲远派他镇守汲郡。..朱兆征子鹄赴洛，既见，责备他不同心同德，夺其部下，命还晋阳。等到纥豆陵步藩起兵，命樊子鹄为都督，征发粮草器仗。元晔任命他为侍中、御史中尉、中军大都督，子鹄随元晔向洛阳。普泰初年(531)，仍除旧任。及赵修延在荆州反叛，帝诏樊子鹄经三亚鸟道还京。服母丧去职，前废帝听说他在洛阳没有房宅，治丧费用不周，赏给他绢四百匹、粟五百石，以本官起用他。
太昌初年(532)，兼任尚书左仆射、东南道大行台，总领大都督杜德等追讨..朱仲远。仲远已投奔萧衍，他们收其兵马甲仗。当时萧衍派元树入寇，攻陷占据谯城。帝下诏让樊子鹄与元德讨伐他。元树屯兵梁国，想来迎战，见到樊子鹄兵势强盛，夜晚退回谯城。樊子鹄带兵追击，元树又倚城摆阵迎战。子鹄统兵直趋城下，纵马冲突，元树人马大溃，奔入城门，城门十分狭小，敌人多被挤踏而死。这样斩敌千余首级，获得马匹数百，铠甲器仗无数，随后便把城池围了起来。朝廷加授他为仪同三司。元树统兵出战，就被痛打一顿，于是再不敢出城，自守城池而已。子鹄担心萧衍派人相救，于是分兵打击萧衍的苞州、然州、宕州、大涧、蒙县等五城，守军全都望风逃散。元树既无外援，计无所出，子鹄又派人劝说他，元树于是请求率众归南，抢来的地盘归还皇魏。子鹄等人答应了，共结盟约。等到元树军有一半出城，子鹄拦腰打击，破之，擒捉元树以及萧衍谯州刺史朱文开，俘敌很多。回师，出帝赐给马匹。迁任吏部尚书，转任尚书右仆射。不久加授骠骑大将军、开府，掌管选举。
当初，青州人耿翔聚众造反，逃到萧衍那里，萧衍给他兵马，让他偷据胶州。帝除樊子鹄为使持节，侍中，青、胶大使，督领济州刺史蔡隽讨伐耿翔。军至青州，耿翔拔城奔走。子鹄在军染病，帝诏派医生给药疗治。又除授兖州刺史，余官仍旧，抄近道至州。子鹄先派心腹深察民间，查验为政得失。入境，太山太守彭穆被查出失职，子鹄开罪彭穆，数其罪状，彭穆都一一伏受，于是州内震惊。
等出帝入关，子鹄据城叛逆。南青州刺史大野拔、徐州人刘粹各自统军归投子鹄。天平初年(534)，帝派仪同三司娄昭等人率军讨伐。子鹄先使前胶州刺史严思达镇守东平郡，娄昭攻下了，又继续围攻樊子鹄。城久攻不下，娄昭引水灌城。静帝想招慰子鹄投降，派散骑常侍陆琛、兼黄门郎张景征备玺书劳慰樊子鹄，而大野拔也一起前去与使者相见，左右斩杀子鹄投降朝廷。