元叉，是江阳王元继的长子，字伯俊，小名夜叉。世宗宣武帝元恪时，官拜员外郎。宣武胡太后临朝摄政时，因为元叉是她的妹夫，便提升他当了通直散骑侍郎。元叉的妻子也被封为新平郡君，后改封冯翊郡君，官拜女侍中。元叉倚仗着胡太后的宠爱，权势越来越大，不久又任散骑常侍、光禄少卿，兼尝食典御，后又升任光禄卿。元叉的女儿夭折时，胡太后下诏说：“元叉的长女，年龄将满十五岁，却突然夭亡，我心中充满哀痛思念之情，可追封她为乡主。”不久元叉升任侍中，其他官职不变，加授领军将军的职位。元叉既在门下省任要职，又总管京城的禁卫军，深受胡太后的信任和器重。
太傅、清河王元怿，品行端正，才干出众，以亲王的身份辅佐朝政，参预国家大政方针的制定，因为元叉倚仗胡太后的宠信，狂妄自大，贪得无厌，所以元怿常常用法律约束制裁他。元叉因此对元怿怀恨在心，常常想将他赶出朝廷。于是元叉就唆使通直郎宋维，控告司染都尉韩文殊阴谋起兵造反，要拥立元怿为帝，元怿便被胡太后软禁，行动失去自由。后来经过仔细调查，胡太后发现根本就没有这回事，于是释放元怿，但仍将他的活动范围限制于宫西别馆，外设士兵加以守卫。过了很久，元叉还是怕元怿以后会找自己算账，给自己带来杀身之祸，于是便与侍中刘腾密谋策划。趁胡太后身在嘉福殿，未去前殿之时，刘腾指使主食中黄门胡玄度、胡定作伪供，供词上说，元怿用金银财宝收买他们，让他们在皇帝的食物中下毒，想毒死孝明帝，自己当皇帝，答应事成之后，让他们享受荣华富贵。刘腾将这份伪供念给孝明帝元诩听，孝明帝深信不疑，于是驾临显阳殿。刘腾关闭永巷门，使胡太后无法出来。恰好元怿入朝，在含章殿后遇到元叉，元怿想进入徽章东阁，元叉厉声阻止。元怿说：“你想造反吗？”元叉说：“元叉不是造反，正是要捉拿造反的人。”于是元叉命令宗士和直斋三十人，拉着元怿的衣襟，将他拖进含章东省，派数十人看守。刘腾声称奉皇帝旨意，召集公卿大臣，宣布元怿的所谓罪状，提议将元怿按犯上谋反罪论处，大臣们都惧怕元叉，没人敢提出异议。只有仆射游肇坚决表示反对，这件事记载于《游肇传》中。元叉、刘腾拿着所谓公卿大臣的处理意见，入宫向孝明帝请示，很快就被孝明帝批准，当天夜晚便处死了元怿。接着，元叉、刘腾又伪造胡太后的诏书，声称她不再临朝摄政，于是，元叉便与太师高阳王元雍等人共同辅佐朝政，元叉常在宫中值夜班，孝明帝元诩称他为姨夫。
从此之后，元叉独揽军政大权，事无巨细一概由他决定，声威震动天下，文武百官战战兢兢，惟惟诺诺。相州刺史、中山王元熙起兵声讨元叉，但未能成功，惨遭杀害。不久，元叉升任卫将军，其他职务不变。后来，胡太后与孝明帝在西林园宴请群臣，日暮回宫时，右卫将军奚康生想借机除掉元叉，也没有成功，奚康生被杀。这件事记载于《奚康生传》。这件事发生以后，孝明帝迁居徽音殿，元叉也搬入徽音殿的右厢房居住。既然住得很近，元叉便千方百计地讨好孝明帝，以博取孝明帝的欢心，于是元叉深得孝明帝的宠信。元叉出入宫中时，总是命勇士手持刀剑在前后护卫，无论因公因私外出、停留，他都严加戒备。元叉在千秋门外的空地上，设置木栅栏围成的小院子，出入宫中，有时就到院中休息一下，每次必定命令心腹卫士把守四周，严防有人行刺，凡是求见元叉的人，只能站在远处与他对话。元叉授意朝廷封他的儿子元亮为平原郡开国公，食邑一千户。元亮受封的那天，孝明帝元诩亲临南门观礼，赐给元亮御马及布帛一千匹。
当初，元叉刚刚把持朝政时，将自己的本来面目掩盖起来，故意作出一副勤政爱民的姿态，待人接物谦逊有礼，对政事的得失非常关心，然而才疏学浅，始终没有什么大的建树。等到他完全控制了局面，大权独揽之后，便骄横狂妄，刚愎自用，沉迷于美酒美色，赏罚予夺全凭自己的好恶、喜怒。元叉还在宫中另外设立了一个库房，由自己掌握。他又曾把妇人藏在运送食品的轿子中，上面用手巾遮盖，命人抬入宫中，出来时也用这个办法，值勤的侍卫心里虽然明白，但没人敢说出来。于是那些趋炎附势的无耻之徒，竞相用美酒美色讨好元叉。一些妇女为了取悦元叉，甚至母女、姐妹当着彼此的面同时与元叉寻欢作乐，毫不避讳。朝廷政务荒废，法纪松弛，州、镇的行政、军事长官，大多都极不称职。从此，整个国家的局势日益陷入混乱。
自从刘腾死后，元叉等人对胡太后的防范戒备渐渐松懈，元叉也放宽了心，时常住宿于宫外，每日里东游西逛，甚至在去外地游玩时，流连忘返，乐不思归。胡太后暗中观察到了这一切。元叉却对这种逍遥自在的生活方式习以为常，高枕无忧，不再有戒心。他的亲信们向他发出警告，元叉却毫不理睬。正光五年(524)秋天，胡太后当着孝明帝的面，对大臣们说：“你们将我们母子隔绝，不准我探望儿子，还要我有什么用？让我出家当尼姑好了，我将与世隔绝，去嵩山闲居寺修道。先帝远见卓识，能够预见未来之事，当初兴建这座佛寺，正是为了我今天能有个安身之处。”说完，自己就要剪下头发。孝明帝与大臣们极为恐慌，一齐跪地叩头，痛哭流涕，竭力苦劝。而胡太后的声音、神色却显得更加怨愤凄惨，态度也更为坚决。于是孝明帝就陪母亲住在嘉福殿，一连几日，与胡太后秘密商议除掉元叉的办法。孝明帝虽处心积虑地要除掉元叉，但在表面上却与元叉显得更加亲密，把胡太后发怒时所说的话，与她想自由往来显阳殿的意思，都告诉了元叉。又对元叉哭诉他因胡太后想要出家修行所引起的忧伤恐惧之情。像这样，一天哭诉三、四次，元叉不但丝毫不起疑心，反而劝孝明帝遵从胡太后的意愿。于是胡太后时常来往于嘉福殿与显阳殿之间，元叉在南北二宫之间设置的警戒线，也就不复存在了。
元叉曾推荐他的亲戚元法僧担任徐州刺史，而元法僧却献出徐州，投降梁朝，胡太后经常提起此事，使元叉深感羞愧和悔恨。丞相、高阳王元雍，虽然官位比元叉高，但对元叉却十分畏惧忌惮，想向孝明帝提议除去元叉，但苦于没有机会。恰好胡太后与孝明帝南游洛水，元雍便向他们发出邀请，于是胡太后与孝明帝驾临元雍的府第。入夜之后，孝明帝与胡太后进入元雍的内室，随从们一概不许入内，于是三人商定了除去元叉的计划。其后，元雍随孝明帝朝见太后，对太后说：“臣并不忧虑天下群贼，惟独担忧元叉。为什么呢？元叉统率着禁卫军，京城的军队都归他指挥；他的父亲元继统帅着百万大军，在京城西面虎视眈眈；他的弟弟元罗身为都督，统辖着青、光、南青三州的兵马。元叉无谋反之心则已，若有谋反之心，朝廷将靠什么与他对抗呢？元叉嘴上虽然说不反叛朝廷，但谁知道他内心是怎么想的呢？这不能不让人感到恐惧。”胡太后说：“对。元郎如果真的效忠朝廷而无谋反之心，为什么不辞去领军的职务，而以其余的官职辅佐朝政呢？”元叉得知后，非常恐慌，马上请求解除领军将军的职务。于是朝廷将元叉提升为骠骑大将军、仪同三司、尚书令、侍中、领左右。元叉虽被解除了兵权，但仍然总管朝廷内外事务，根本没想象到自己正面临着被罢黜的命运。不久，趁元叉出宫留宿家中时，孝明帝下诏免除元叉侍中的职务。第二天清早，元叉要进宫时，守门的侍卫却拒绝他入内。接着，元叉被解除一切职务，取消作为皇族成员的资格，贬为平民。
后来，胡太后对左右的侍臣们说：“当初刘腾、元叉曾向朕索取免死铁券，希望犯了死罪时能够免于一死，朕幸好没有给他们。”中书舍人韩子熙说：“犯了罪只看该不该杀，怎能看是否给了免死铁券。陛下昔日虽然未给免死铁券，哪里知道今天并不会杀他呢？”胡太后听了，一副茫然若失的样子。不久，有人告发元叉与弟弟元瓜阴谋造反，想命令他的党羽攻占邻近京城的各县，破坏、焚烧城镇以震惊天下，计划先派他的堂弟元洪业，率领六镇中本是投降过来的镇民在定州造反，又派人勾结鲁阳诸蛮族袭击依阙，由元叉元瓜兄弟充当内应。事情发生已经有些日子，又查获了元叉的亲笔信。胡太后因为元叉是她妹夫的缘故，仍不忍心立刻作出死刑的判决。黄门侍郎李琰之说：“元叉的罪行，远近皆知，怎能迟迟疑疑不作出判决，而让人们感到迷惑不解。”黄门徐纥走上前来，想替元叉求情，但又犹犹豫豫不敢开口。大臣们再三请求，态度十分坚决，孝明帝也发言附和大臣们的意见，胡太后只得同意。于是，命元叉及其弟元瓜在家中自尽。胡太后还是因为妹妹的缘故，仍追赠元叉为侍中、骠骑大将军、仪同三司、尚书令、冀州刺史。